PDB-7yuj: Crystal structure of HOIL-1L(365-510)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yuj

タイトル

Crystal structure of HOIL-1L(365-510)

要素

RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1

キーワード

LIGASE / E3 / ubiquitination / RBR

機能・相同性

機能・相同性情報

protein linear polyubiquitination / LUBAC complex / cytoplasmic sequestering of protein / RBR-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin ligase activator activity / negative regulation of necroptotic process / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / TNFR1-induced proapoptotic signaling / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein sequestering activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.865 Å

データ登録者

Xiao, L. / Pan, L.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Mechanistic insights into the enzymatic activity of E3 ligase HOIL-1L and its regulation by the linear ubiquitin chain binding.
著者: Xu, X. / Wang, Y. / Zhang, Y. / Wang, Y. / Yin, Y. / Peng, C. / Gong, X. / Li, M. / Zhang, Y. / Zhang, M. / Tang, Y. / Zhou, X. / Liu, H. / Pan, L.

履歴

登録	2022年8月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yuj.cif.gz	138.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yuj.ent.gz	108.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yuj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yuj_validation.pdf.gz	5.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yuj_full_validation.pdf.gz	5.3 MB	表示
XML形式データ	7yuj_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	7yuj_validation.cif.gz	22.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/7yuj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/7yuj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yuiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (6) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (4) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (4) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (3)

登録構造単位

A: RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1

B: RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1

ヘテロ分子

34.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.252, 59.870, 57.818
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.920, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	RanBP-type and C3HC4-type zinc finger-containing protein 1 / HOIL-1 分子量: 16785.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBCK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BYM8, RBR-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.19 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 22 % w/v Poly(acrylic acid sodium salt) 5,100, 100 mM HEPES(pH 7.5), 20 mM Magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.865→57.81 Å / Num. obs: 27779 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 1.87→1.97 Å / R_merge(I) obs: 0.39 / Num. unique obs: 2558

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.865→26.623 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1868	1355	4.89 %
R_work	0.1531	26370	-
obs	0.1547	27725	91.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 105.1 Å² / B_iso mean: 39.5712 Å² / B_iso min: 17.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.865→26.623 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2314	0	17	220	2551
B_iso mean	-	-	43.39	43.54	-
残基数	-	-	-	-	299

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.8655-1.9321	0.2735	76	0.2315	1539	54
1.9321-2.0095	0.2384	119	0.197	2029	71
2.0095-2.1009	0.2324	109	0.1839	2560	88
2.1009-2.2116	0.2168	159	0.175	2851	99
2.2116-2.3501	0.2107	139	0.1594	2872	100
2.3501-2.5314	0.2407	131	0.1614	2899	100
2.5314-2.7859	0.2018	154	0.1649	2884	100
2.7859-3.1885	0.2028	208	0.1714	2839	100
3.1885-4.0149	0.1698	113	0.1426	2936	100
4.0149-26.623	0.139	147	0.1245	2961	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0393	-1.2669	0.8419	1.4529	1.5474	6.723	-0.092	0.1322	0.3461	-0.3313	0.0267	-0.1758	-0.2555	0.372	-0.0086	0.3644	-0.0101	-0.0569	0.2362	0.0252	0.2432	4.4	5.9387	-20.1421
2	1.2226	-1.175	0.1871	5.5555	2.6784	2.44	0.101	-0.3021	-0.379	0.4982	-0.2817	0.2352	0.6932	-0.013	0.112	0.5133	-0.0042	-0.0596	0.2253	0.0218	0.2274	-1.8974	-3.7947	-15.6643
3	5.5131	-3.0207	0.2244	5.5013	-0.4657	6.375	0.1885	0.1671	-0.1762	-0.6539	-0.2338	0.4372	0.3361	-0.0806	0.0257	0.3936	0.0242	-0.0841	0.2282	-0.0107	0.1998	-2.6888	1.0027	-26.3267
4	5.423	-0.8753	-0.45	4.349	1.6796	3.9404	0.0094	0.5778	0.3082	-0.4	0.0298	-0.183	-0.5162	0.3256	-0.0377	0.5048	-0.0307	-0.0004	0.3065	0.0393	0.2265	9.3302	-8.2017	-32.2153
5	3.5153	1.781	-0.9318	5.6725	-2.2358	3.0596	0.053	-0.2041	0.1687	0.106	-0.2069	-0.8292	-0.5834	0.8737	0.1187	0.3901	-0.1326	0.0031	0.3816	-0.0207	0.3452	16.7138	-10.9677	-22.8537
6	1.6613	-0.7667	-1.1861	1.8481	-1.2683	4.6025	-0.0122	0.0681	-0.0028	-0.4032	-0.0022	0.088	-0.111	-0.026	0.0091	0.2537	-0.011	-0.0607	0.1875	-0.003	0.1773	3.9176	-17.6452	-15.5374
7	6.6179	1.878	-2.4125	5.2099	2.9122	3.7737	-0.1379	-0.3221	-0.2566	0.3791	-0.0876	0.1427	0.8152	0.2289	0.1962	0.3319	0.0401	-0.0037	0.202	0.0498	0.2254	3.7374	-26.6091	-4.1032
8	8.158	-0.4284	2.4153	4.8091	-0.1897	7.8921	-0.2401	-0.5073	0.3283	0.0322	0.0226	0.2589	-0.4721	-0.1822	0.1829	0.2344	-0.0017	-0.0474	0.2089	-0.0016	0.2337	4.8071	-17.062	-2.9422
9	5.7674	-4.7053	3.4816	5.3246	-1.7435	4.6112	-0.0824	-0.5172	-0.7445	-0.3369	0.6641	0.7695	0.1608	-0.6009	-0.3562	0.3585	-0.0088	-0.1386	0.3063	0.1404	0.5266	8.2802	-5.8456	-4.4647
10	4.3576	2.3142	1.2245	1.9792	-1.1043	4.4321	0.1658	0.0471	-0.3137	-0.2	-0.1226	0.0986	0.0098	-0.0723	0.0234	0.1648	-0.0032	-0.0818	0.2289	0.0238	0.3834	17.5367	-6.9616	-0.8577
11	6.2045	-1.7818	0.1774	6.3966	-3.4516	5.5473	-0.1699	0.0266	0.4678	0.3345	0.0085	-0.7547	-0.0948	-0.0038	0.1249	0.2294	-0.0095	-0.0967	0.2131	0.0427	0.4189	23.7497	-6.9633	2.9806
12	4.0772	-0.3871	-0.0302	4.0993	-2.028	3.572	0.2131	0.4124	-0.6394	-0.0513	-0.1886	-0.8249	-0.0327	0.4787	-0.0117	0.2165	0.0153	-0.0143	0.2994	-0.057	0.5488	30.8337	2.1046	-8.6503
13	3.1605	-2.8501	0.0871	6.8154	1.1382	4.7318	0.1318	1.0125	-0.4772	-0.9876	-0.3738	-0.1205	0.1247	0.0537	0.1251	0.3739	-0.0121	0.0649	0.4909	-0.1481	0.4884	22.3633	5.1268	-16.5396
14	5.2453	0.1762	-0.4156	1.2279	-1.0028	1.6054	-0.0251	-0.1032	0.1629	0.0432	-0.038	-0.4238	-0.1126	0.0837	0.0968	0.2261	-0.0014	-0.0546	0.1971	-0.0053	0.2587	13.4995	11.7984	-4.8552
15	3.0437	1.6649	-3.3226	3.52	1.3721	8.7662	-0.0689	0.2621	0.8876	0.2512	-0.0339	0.0107	-0.2034	-0.665	0.0697	0.274	0.0576	-0.0916	0.261	0.0114	0.34	1.7941	19.9852	-5.0239
16	3.1121	0.0561	0.6828	3.851	0.3709	4.6721	0.0418	-0.0848	0.0799	0.1679	-0.1177	-0.2248	0.2746	-0.3481	0.0258	0.2359	-0.0072	-0.0106	0.2391	-0.006	0.1937	1.363	11.09	-6.9251

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 362 through 378 )	A	362 - 378
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 379 through 387 )	A	379 - 387
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 388 through 399 )	A	388 - 399
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 400 through 425 )	A	400 - 425
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 426 through 451 )	A	426 - 451
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 452 through 488 )	A	452 - 488
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 489 through 499 )	A	489 - 499
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 500 through 510 )	A	500 - 510
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 361 through 370 )	B	361 - 370
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 371 through 387 )	B	371 - 387
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 388 through 399 )	B	388 - 399
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 400 through 425 )	B	400 - 425
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 426 through 452 )	B	426 - 452
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 453 through 488 )	B	453 - 488
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 489 through 499 )	B	489 - 499
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 500 through 510 )	B	500 - 510

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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