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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yuf | ||||||
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タイトル | apo human SPNS2 | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / transporter | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of eye pigmentation / regulation of humoral immune response / regulation of T cell migration / sphingolipid transporter activity / lymphocyte migration / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / lipid transport / T cell homeostasis ...regulation of eye pigmentation / regulation of humoral immune response / regulation of T cell migration / sphingolipid transporter activity / lymphocyte migration / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / lipid transport / T cell homeostasis / B cell homeostasis / transmembrane transporter activity / lymph node development / sensory perception of sound / bone development / endosome membrane / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) Lama glama (ラマ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å | ||||||
データ登録者 | He, Y. / Duan, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2024 タイトル: Structural basis of Sphingosine-1-phosphate transport via human SPNS2. 著者: Yaning Duan / Nancy C P Leong / Jing Zhao / Yu Zhang / Dat T Nguyen / Hoa T T Ha / Na Wang / Ruixue Xia / Zhenmei Xu / Zhengxiong Ma / Yu Qian / Han Yin / Xinyan Zhu / Anqi Zhang / Changyou ...著者: Yaning Duan / Nancy C P Leong / Jing Zhao / Yu Zhang / Dat T Nguyen / Hoa T T Ha / Na Wang / Ruixue Xia / Zhenmei Xu / Zhengxiong Ma / Yu Qian / Han Yin / Xinyan Zhu / Anqi Zhang / Changyou Guo / Yu Xia / Long N Nguyen / Yuanzheng He / | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7yuf.cif.gz | 199.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7yuf.ent.gz | 156.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7yuf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7yuf_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7yuf_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7yuf_validation.xml.gz | 42.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7yuf_validation.cif.gz | 63.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/7yuf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/7yuf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 26644.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: 抗体 | 分子量: 23389.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#3: 抗体 | 分子量: 14001.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#4: タンパク質 | 分子量: 58096.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPNS2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8IVW8 |
#5: 抗体 | 分子量: 13764.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: SPNS2 nanobody complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 196088 / 対称性のタイプ: POINT |