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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yud | ||||||
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タイトル | FTY720p-bound human SPNS2 | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / transporter | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of eye pigmentation / regulation of humoral immune response / regulation of T cell migration / sphingolipid transporter activity / lymphocyte migration / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / lipid transport / T cell homeostasis ...regulation of eye pigmentation / regulation of humoral immune response / regulation of T cell migration / sphingolipid transporter activity / lymphocyte migration / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / lipid transport / T cell homeostasis / B cell homeostasis / transmembrane transporter activity / lymph node development / sensory perception of sound / bone development / endosome membrane / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物)![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å | ||||||
![]() | He, Y. / Duan, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of Sphingosine-1-phosphate transport via human SPNS2. 著者: Yaning Duan / Nancy C P Leong / Jing Zhao / Yu Zhang / Dat T Nguyen / Hoa T T Ha / Na Wang / Ruixue Xia / Zhenmei Xu / Zhengxiong Ma / Yu Qian / Han Yin / Xinyan Zhu / Anqi Zhang / Changyou ...著者: Yaning Duan / Nancy C P Leong / Jing Zhao / Yu Zhang / Dat T Nguyen / Hoa T T Ha / Na Wang / Ruixue Xia / Zhenmei Xu / Zhengxiong Ma / Yu Qian / Han Yin / Xinyan Zhu / Anqi Zhang / Changyou Guo / Yu Xia / Long N Nguyen / Yuanzheng He / ![]() ![]() | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 202.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 157.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-抗体 , 4種, 4分子 HLNK
#1: 抗体 | 分子量: 26644.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 23389.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: 抗体 | 分子量: 14001.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#5: 抗体 | 分子量: 13764.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 2分子 R![](data/chem/img/J89.gif)
![](data/chem/img/J89.gif)
#4: タンパク質 | 分子量: 58096.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8IVW8 |
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#6: 化合物 | ChemComp-J89 / ( |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: SPNS2 nanobody complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 362400 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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