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- PDB-7ytq: Human langerin carbohydrate recognition domain in complex with an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ytq
タイトルHuman langerin carbohydrate recognition domain in complex with an alpha-mannoside ligand
要素
  • CD207 molecule
  • SER-TRP
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Langerin / lectin (レクチン) / innate immunity (自然免疫系) / C-type
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / defense response to virus / membrane => GO:0016020 / external side of plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD209-like, C-type lectin-like domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JMI / トリプトファン / CD207 molecule
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Wangkanont, K.
資金援助 タイ, 1件
組織認可番号国
Chulalongkorn University タイ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human langerin carbohydrate recognition domain in complex with an alpha-mannoside ligand
著者: Wangkanont, K.
履歴
登録2022年8月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CD207 molecule
B: CD207 molecule
C: CD207 molecule
D: CD207 molecule
E: SER-TRP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,16319
ポリマ－72,0875
非ポリマー2,07614
水11,890660
1
A: CD207 molecule
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3664
ポリマ－17,9491
非ポリマー4173
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area7430 Å2
手法PISA
2
B: CD207 molecule
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3664
ポリマ－17,9491
非ポリマー4173
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area7510 Å2
手法PISA
3
C: CD207 molecule
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5705
ポリマ－17,9491
非ポリマー6214
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area7060 Å2
手法PISA
4
D: CD207 molecule
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5705
ポリマ－17,9491
非ポリマー6214
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area7290 Å2
手法PISA
5
E: SER-TRP


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 291 Da, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2911
ポリマ－2911
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.030, 80.030, 90.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number77
Space group name H-MP42
Space group name HallP4c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/2
#3: y,-x,z+1/2
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-517-

HOH

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
CD207 molecule


分子量: 17949.035 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD207 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3QPX8
#2: タンパク質・ペプチド SER-TRP


分子量: 291.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 674分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-JMI / ~{N}-[2-[4-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxyphenyl]ethyl]ethanamide


分子量: 341.356 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H23NO7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 660 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM HEPES, 200 mM MgCl2, 28% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2022年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→19.94 Å / Num. obs: 74724 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 17.28 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
8.76-19.946.80.054274390.9970.0230.05991.9
1.6-1.637.41.0022.137210.6860.3951.078100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Aimlessデータスケーリング
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3C22

3c22


解像度: 1.6→19.94 Å / SU ML: 0.1848 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.6538
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2134 3921 5.25 %
Rwork0.1825 70761 -
obs0.1841 74682 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4278 0 132 660 5070
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00644666
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87786365
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0557625
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051806
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.58461721
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.660.28393920.26447035X-RAY DIFFRACTION99.97
1.66-1.720.26943580.23897073X-RAY DIFFRACTION99.97
1.72-1.80.27453630.23017110X-RAY DIFFRACTION99.97
1.8-1.90.26783880.22257025X-RAY DIFFRACTION100
1.9-2.020.24964620.21427011X-RAY DIFFRACTION99.97
2.02-2.170.23764110.2027052X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.390.23753550.19447079X-RAY DIFFRACTION99.99
2.39-2.730.23453970.18717118X-RAY DIFFRACTION100
2.73-3.440.19963870.1687101X-RAY DIFFRACTION100
3.44-19.940.16044080.14437157X-RAY DIFFRACTION99.92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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