PDB-7yto: The Crystal Structure Analysis of Creatine Amidinohydrolase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yto

タイトル

The Crystal Structure Analysis of Creatine Amidinohydrolase from Alcaligenes sp. KS-85

要素

Creatine amidinohydrolase

キーワード

HYDROLASE / E.C.3.5.3.3 / Hydrolyzes creatine / sarcosine and urea

機能・相同性

機能・相同性情報

creatinase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Alcaligenes sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Chen, R.S.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2023
タイトル: Creatinase: Using Increased Entropy to Improve the Activity and Thermostability.
著者: Jiang, F. / Bian, J. / Liu, H. / Li, S. / Bai, X. / Zheng, L. / Jin, S. / Liu, Z. / Yang, G.Y. / Hong, L.

履歴

登録	2022年8月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb7yto.ent.gz	806.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	7yto_validation.pdf.gz	472.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
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XML形式データ	7yto_validation.xml.gz	80.4 KB	表示
CIF形式データ	7yto_validation.cif.gz	108.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/7yto ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/7yto	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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登録構造単位

D: Creatine amidinohydrolase

E: Creatine amidinohydrolase

F: Creatine amidinohydrolase

A: Creatine amidinohydrolase

B: Creatine amidinohydrolase

C: Creatine amidinohydrolase

276 kDa, 6 ポリマー
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1

D: Creatine amidinohydrolase

E: Creatine amidinohydrolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
92.1 kDa, 2 ポリマー
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2

F: Creatine amidinohydrolase

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92.1 kDa, 2 ポリマー
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3

A: Creatine amidinohydrolase

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4

C: Creatine amidinohydrolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	194.946, 113.761, 111.482
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.903, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Creatine amidinohydrolase 分子量: 46038.973 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Alcaligenes sp. (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RHU9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.82 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 15%(w/v) PEG 6000, 100mM Citric acid/Sodium hydroxide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.31→40 Å / Num. obs: 105747 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 48.26 Å² / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 3
反射シェル	解像度: 2.31→2.35 Å / Num. unique obs: 5251 / R_sym value: 0.718

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.31→40 Å / SU ML: 0.3157 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.4248
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2569	2005	1.9 %
R_work	0.2147	103694	-
obs	0.2155	105699	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.31→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19156	0	0	196	19352

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	19639
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4844	26599
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0418	2776
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0031	3481
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.2895	7135

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.31-2.37					X-RAY DIFFRACTION
2.37-2.43					X-RAY DIFFRACTION
2.43-2.51					X-RAY DIFFRACTION
2.51-2.59					X-RAY DIFFRACTION
2.59-2.68					X-RAY DIFFRACTION
2.68-2.79					X-RAY DIFFRACTION
2.79-2.91					X-RAY DIFFRACTION
2.91-3.07					X-RAY DIFFRACTION
3.07-3.26					X-RAY DIFFRACTION
3.26-3.51					X-RAY DIFFRACTION
3.51-3.86					X-RAY DIFFRACTION
3.86-4.42					X-RAY DIFFRACTION
4.42-5.57					X-RAY DIFFRACTION
5.57-35.75	0.2292	135	0.1807	7534	X-RAY DIFFRACTION	99.26

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.20648169498	1.43434588544	-0.321923082283	3.46548545732	0.483384926226	2.09636266597	0.621258924791	-0.879786197811	-0.101497337518	1.15696303495	-0.722862604098	-0.53674453298	0.377937300003	-0.489737949424	0.00662059116301	0.980144836735	-0.434052342539	-0.0535175302738	0.952581876243	0.101970336499	0.244972722518	-37.6596916674	4.07697570636	-37.8487764713
2	0.794993206381	-0.326747363738	1.48812204154	1.35010450478	-1.13016741991	3.02817926757	0.212752029623	-0.910128112604	-0.0084960417598	0.686179485488	-0.263476337288	-0.396120307973	-0.517621382572	-0.375481608325	-0.312826974445	1.09993811398	-0.664458352753	-0.22354892762	1.08279469386	0.316485607519	0.382150633502	-34.7092237172	0.436946007135	-35.4267814512
3	2.57501088435	0.291482241716	0.565331847457	2.17991572012	0.567731912391	0.288394540539	0.646075914564	-0.467515366138	-0.952786877726	0.971078443844	-0.725515786518	-0.510072277509	0.215388279492	-0.407186207605	-0.013427796693	1.06024520229	-0.576750833538	-0.111481743139	1.05971167297	0.142811444044	0.38992294617	-40.476611066	-6.54112780806	-40.7869935531
4	2.14477103161	1.39859632674	0.0736564855764	3.21135270772	-0.579363189823	1.07648163432	0.286180050133	-0.262688409728	0.0447343138804	0.632275105699	-0.32324800314	-0.209856863238	0.108783892693	-0.572995629838	0.00393811125764	0.497609680646	-0.172981955692	0.0539036490373	0.569163524735	-0.0326651630924	0.200465733752	-32.6426088717	14.1741176372	-48.9342428487
5	3.76471273877	0.118493367599	2.61594029539	2.7130843494	2.17894822848	4.05866711063	0.296240076404	-0.0761375604671	0.0759385105656	-0.194329281433	-0.187289272642	-0.589305098841	-0.155966873459	-0.37466692041	-0.0654797293142	0.292733876855	0.0232154897653	0.0483513478006	0.321869580633	0.0995325909503	0.508480680386	-22.6922484863	18.7007139055	-60.5352261765
6	2.74671197993	0.554364999928	-0.267509497189	3.88725074338	-0.495398511421	3.00315282175	0.354586396248	0.0900955720625	0.409888480645	0.012869489974	-0.291899512942	0.372279952464	-0.521716899106	-0.899957128218	-0.0620214504944	0.511008925749	0.202109398083	0.124655082333	0.599848365687	0.0148524437432	0.394369955739	-37.7764784295	27.268118553	-60.9952837729
7	3.08867160973	0.565399073411	0.104704283462	3.40944469802	-0.0979749221212	3.01971457899	0.220315137769	-0.11832668511	0.600496206984	0.1921384026	-0.335672401613	0.127718619108	-0.507468570135	-0.491528822761	0.0875344685974	0.590466403029	0.197900483348	0.154009717704	0.438943304951	0.00587961422236	0.45204714054	-34.0028887795	30.4360454679	-58.8587452033
8	2.1429934538	0.475229825618	-0.519076195113	7.04067415528	0.876665673339	2.93640621986	0.173185151378	0.166884273689	-0.119123665716	-0.347293785649	-0.0936491447679	-0.108053551251	0.0471560001269	-0.634171904679	-0.0569947585138	0.296707681876	0.011725817753	0.0372056042957	0.591203603991	0.0271402105425	0.216474705872	-34.5826426298	0.668963458351	-74.0391236065
9	3.53830270757	0.543652296509	0.712514534505	6.31472753999	0.440594674653	4.23035036645	0.160704638525	0.285644104047	-0.133109092286	-0.331664619406	-0.10773990552	0.093360738688	-0.21131073392	-0.579583777175	-0.0260626675417	0.317880548451	0.104237752332	0.108252943943	0.615710903827	0.093566136191	0.293956877648	-37.2241478544	6.44441250079	-69.1001414354
10	3.17756575789	1.96056049346	-0.252114445848	5.17412691912	-1.2366407507	2.05381382066	-0.0522077966439	0.49159722449	0.20481968302	0.249002397044	0.0859303706332	0.394239159582	-0.157168477415	-0.757688065313	-0.0208949676796	0.320082797596	0.089819981748	0.0615466738906	0.81534247104	0.0235620832153	0.258243753092	-42.9372435078	6.10384020888	-70.4467261534
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Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'D' and (resid 4 through 68 )	D	A	4 - 68	1 - 65
2	2	chain 'D' and (resid 69 through 92 )	D	A	69 - 92	66 - 89
3	3	chain 'D' and (resid 93 through 130 )	D	A	93 - 130	90 - 127
4	4	chain 'D' and (resid 131 through 210 )	D	A	131 - 210	128 - 207
5	5	chain 'D' and (resid 211 through 245 )	D	A	211 - 245	208 - 242
6	6	chain 'D' and (resid 246 through 348 )	D	A	246 - 348	243 - 345
7	7	chain 'D' and (resid 349 through 404 )	D	A	349 - 404	346 - 401
8	8	chain 'E' and (resid 4 through 57 )	E	C	4 - 57	1 - 54
9	9	chain 'E' and (resid 58 through 85 )	E	C	58 - 85	55 - 82
10	10	chain 'E' and (resid 86 through 130 )	E	C	86 - 130	83 - 127
11	11	chain 'E' and (resid 131 through 292 )	E	C	131 - 292	128 - 289
12	12	chain 'E' and (resid 293 through 312 )	E	C	293 - 312	290 - 309
13	13	chain 'E' and (resid 313 through 371 )	E	C	313 - 371	310 - 368
14	14	chain 'E' and (resid 372 through 404 )	E	C	372 - 404	369 - 401
15	15	chain 'F' and (resid 4 through 57 )	F	D	4 - 57	1 - 54
16	16	chain 'F' and (resid 58 through 92 )	F	D	58 - 92	55 - 89
17	17	chain 'F' and (resid 93 through 210 )	F	D	93 - 210	90 - 207
18	18	chain 'F' and (resid 211 through 245 )	F	D	211 - 245	208 - 242
19	19	chain 'F' and (resid 246 through 381 )	F	D	246 - 381	243 - 378
20	20	chain 'F' and (resid 382 through 404 )	F	D	382 - 404	379 - 400
21	21	chain 'A' and (resid 4 through 245 )	A	E	4 - 245	1 - 242
22	22	chain 'A' and (resid 246 through 404 )	A	E	246 - 404	243 - 401
23	23	chain 'B' and (resid 5 through 57 )	B	F	5 - 57	1 - 53
24	24	chain 'B' and (resid 58 through 104 )	B	F	58 - 104	54 - 100
25	25	chain 'B' and (resid 105 through 130 )	B	F	105 - 130	101 - 126
26	26	chain 'B' and (resid 131 through 245 )	B	F	131 - 245	127 - 241
27	27	chain 'B' and (resid 246 through 371 )	B	F	246 - 371	242 - 367
28	28	chain 'B' and (resid 372 through 404 )	B	F	372 - 404	368 - 400
29	29	chain 'C' and (resid 4 through 57 )	C	G	4 - 57	1 - 54
30	30	chain 'C' and (resid 58 through 130 )	C	G	58 - 130	55 - 127
31	31	chain 'C' and (resid 131 through 272 )	C	G	131 - 272	128 - 269
32	32	chain 'C' and (resid 273 through 313 )	C	G	273 - 313	270 - 310
33	33	chain 'C' and (resid 314 through 382 )	C	G	314 - 382	311 - 379
34	34	chain 'C' and (resid 383 through 404 )	C	G	383 - 404	380 - 401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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