PDB-7yta: crystal structure of NtAGDP3 AGD1-2 in complex with an H3K9me2 peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yta

タイトル

crystal structure of NtAGDP3 AGD1-2 in complex with an H3K9me2 peptide

要素

AGDP3 AGD1-2
H3(1-15)K9me2 peptide

キーワード

GENE REGULATION / AGENET domain / ROS1 / H3K9me2 binding

機能・相同性

機能・相同性情報

chromocenter / plastid / structural constituent of chromatin / nucleosome / protein heterodimerization activity / DNA binding / extracellular region / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Nicotiana tabacum (タバコ)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Zhou, X. / Du, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J Integr Plant Biol / 年: 2022
タイトル: The H3K9me2-binding protein AGDP3 limits DNA methylation and transcriptional gene silencing in Arabidopsis.
著者: Zhou, X. / Wei, M. / Nie, W. / Xi, Y. / Peng, L. / Zheng, Q. / Tang, K. / Satheesh, V. / Wang, Y. / Luo, J. / Du, X. / Liu, R. / Yang, Z. / La, H. / Zhong, Y. / Yang, Y. / Zhu, J.K. / Du, J. / Lei, M.

履歴

登録	2022年8月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年1月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yta.cif.gz	198.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yta.ent.gz	160 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yta.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7yta_validation.pdf.gz	483.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yta_full_validation.pdf.gz	493.8 KB	表示
XML形式データ	7yta_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	7yta_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/7yta ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/7yta	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7yt9C 5zwxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: AGDP3 AGD1-2

P: H3(1-15)K9me2 peptide

B: AGDP3 AGD1-2

Q: H3(1-15)K9me2 peptide

C: AGDP3 AGD1-2

R: H3(1-15)K9me2 peptide

56.8 kDa, 6 ポリマー
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1

A: AGDP3 AGD1-2

P: H3(1-15)K9me2 peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
18.9 kDa, 2 ポリマー
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2

B: AGDP3 AGD1-2

Q: H3(1-15)K9me2 peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 2 ポリマー
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3

C: AGDP3 AGD1-2

R: H3(1-15)K9me2 peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.741, 70.741, 217.989
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	AGDP3 AGD1-2 / uncharacterized protein LOC107817772 isoform X2 分子量: 17335.512 Da / 分子数: 3 / 変異: L12I,T13A,A16S,V17I,L110M,E137Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: LOC107817772 / プラスミド: pET-Sumo / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1S4CD95
#2: タンパク質・ペプチド	H3(1-15)K9me2 peptide 分子量: 1592.843 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: P59226
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 25% PEG 1500, 0.1 M sodium chloride and 0.1 M bis-Tris propane, pH 9.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月25日

放射

モノクロメーター: silicon crystal (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9789 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 25568 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.6 % / B_iso Wilson estimate: 28.62 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.092 / Χ²: 0.495 / Net I/σ(I): 3.9 / Num. measured all: 629775

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.3-2.38	21	0.979	2505	0.977	0.215	1.003	0.416	100
2.38-2.48	22.8	0.873	2466	0.985	0.186	0.893	0.421	100
2.48-2.59	25.5	0.79	2504	0.991	0.158	0.806	0.422	100
2.59-2.73	26.7	0.577	2526	0.991	0.113	0.589	0.451	100
2.73-2.9	26.5	0.335	2497	0.997	0.066	0.342	0.455	100
2.9-3.12	25.7	0.193	2531	0.999	0.039	0.197	0.49	100
3.12-3.44	24.5	0.111	2537	1	0.023	0.114	0.539	100
3.44-3.93	26.5	0.078	2580	1	0.016	0.079	0.593	100
3.93-4.95	24	0.045	2612	1	0.009	0.046	0.561	99.9
4.95-50	23.1	0.038	2810	0.999	0.008	0.039	0.582	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ZWX

5zwx

解像度: 2.31→27.47 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 29.02 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: During refinment, the anisotropic correction was applied to truncate the data resolution in different axis. The finally used data were truncated to a*=2.7, b*=2.7, c*=2.3.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2708	980	5.11 %
R_work	0.2474	18213	-
obs	0.2487	19193	75.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 112.34 Å² / B_iso mean: 43.0766 Å² / B_iso min: 11.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.31→27.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3607	0	0	70	3677
B_iso mean	-	-	-	30.81	-
残基数	-	-	-	-	444

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.31-2.43	0.2607	12	0.3124	337	349	10
2.43-2.58	0.3401	68	0.3156	1134	1202	34
2.58-2.78	0.3365	168	0.3256	2895	3063	86
2.78-3.06	0.3357	166	0.2957	3412	3578	100
3.06-3.5	0.2711	186	0.2653	3413	3599	100
3.5-4.41	0.2419	203	0.216	3447	3650	100
4.41-27.47	0.2381	177	0.2068	3575	3752	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3816	-0.0331	0.8115	1.4444	-1.0461	1.2493	0.0128	0.0817	0.1033	-0.2101	0.0821	0.1109	-0.0357	-0.3371	-0.1891	0.4157	0.1348	0.084	0.418	0.1939	0.0319	8.1308	61.7109	66.4174
2	3.3864	0.8387	-1.7001	1.2275	0.1586	3.0567	-0.3521	0.3403	-0.5154	-0.2346	-0.0666	-0.3285	1.3779	0.7517	0.489	0.4638	0.2769	0.1349	0.5798	0.0806	0.1926	17.8313	47.2813	70.7588
3	2.4118	0.1098	1.1476	2.4741	-2.2895	3.2202	0.0016	0.1356	0.153	-0.133	-0.0521	0.0205	-0.155	-0.0361	-0.1255	0.3574	0.0698	0.1113	0.4851	0.1453	0.0932	13.7878	60.7154	64.8661
4	7.9384	-0.922	2.3769	3.0831	-3.4911	4.6346	0.2847	1.3162	-0.6029	-1.8186	-0.1735	0.6114	0.7518	-1.0806	-0.139	1.088	-0.2189	-0.2272	1.1776	-0.1264	0.5278	2.6649	51.853	55.5766
5	2.8336	0.5586	-0.5094	2.4018	0.0283	3.178	-0.1846	0.1919	-0.129	-0.4801	-0.1374	-0.6207	-0.0819	0.8688	0.114	0.4275	0.1457	0.2183	0.8541	0.2169	0.2694	22.1272	59.3424	61.892
6	0.3614	-0.4497	0.5464	0.5703	-0.6904	0.8205	0.1137	0.0449	0.0259	-0.1799	-0.1149	-0.0163	-0.4323	0.0675	0.0271	0.3918	0.0208	-0.0201	0.4417	-0.0046	-0.0843	12.3266	57.3583	79.0395
7	0.5407	-0.1958	-0.4986	2.1004	0.0566	1.3323	0.0289	0.3955	0.1476	-0.2775	-0.082	-0.1627	-0.1654	0.4293	-0.0151	0.0662	-0.1016	0.0965	0.6095	0.1863	-0.0189	20.9617	54.0158	84.2434
8	0.7301	0.0573	-0.8869	4.1284	0.6321	5.0611	0.0143	-0.0517	0.0368	0.2233	-0.0115	-0.1361	-0.1959	0.5231	-0.0346	0.1431	-0.1249	0.0081	0.6229	0.0519	0.0743	24.0461	52.1327	88.9044
9	2.356	-0.604	1.6176	2.6068	-0.6442	3.4117	-0.0697	-0.0744	0.0374	0.2327	0.0105	-0.2986	-0.2956	0.7005	0.1857	0.1863	-0.0507	-0.0302	0.5346	0.0301	0.051	22.1797	56.4765	86.2812
10	4.6785	-0.9199	2.1715	3.9548	-1.8181	5.2182	0.0143	-0.3041	-0.0544	-0.1539	0.1225	0.3502	-0.0948	-0.3667	-0.048	0.0767	0.0868	-0.0279	0.4822	0.0691	0.1429	4.4743	53.7237	79.7909
11	1.2699	0.8544	-1.3877	0.7166	-0.3674	3.7743	-0.2272	0.4223	-0.0674	-0.5076	0.1588	-0.5876	0.4275	0.4011	0.1061	0.5379	0.2726	0.3072	1.2188	0.158	0.6105	27.6995	51.5726	70.4192
12	1.3711	-0.0611	1.2053	1.195	0.4367	4.6272	0.0923	-0.3055	0.0459	0.4102	0.0167	0.0154	0.1442	0.1319	-0.0132	0.7504	-0.143	0.0743	0.5917	-0.2206	0.1299	16.7289	64.0155	130.3617
13	2.1108	-0.2306	-0.0394	1.6754	2.8512	6.7179	-0.118	-0.2373	0.259	-0.0717	0.2231	-0.1092	-0.8594	0.295	-0.0346	0.8728	-0.3439	0.0029	0.5989	-0.1072	0.1502	18.9451	71.0698	135.7398
14	0.9788	-0.0252	-0.835	0.632	0.2785	4.3335	0.0304	0.2902	-0.0018	-0.2191	0.0384	-0.0571	-0.0034	0.3843	0.0267	0.6825	-0.2181	-0.0064	0.6936	-0.1366	0.1453	20.909	63.2826	127.2299
15	3.0393	0.1455	-0.3403	2.3962	0.9802	6.2246	0.0766	-0.244	0.3061	0.0024	-0.0812	0.1333	-0.9351	-0.0402	0.0582	0.5553	0.0508	-0.0151	0.4213	-0.0728	0.0622	12.3393	63.1341	111.1774
16	4.5325	0.0638	0.2704	3.5516	2.1563	5.7384	-0.1373	-0.0304	0.2695	0.1343	-0.0429	0.283	-0.9832	-0.7437	0.3655	0.7411	0.0815	0.0199	0.4177	-0.1071	0.0896	9.4285	65.5765	110.4297
17	3.3158	2.9716	0.0763	4.1566	-0.2763	0.0813	0.2763	-0.0083	-0.3852	0.366	0.1345	-0.6817	0.3628	0.805	-0.309	0.6395	0.1775	-0.2408	0.7686	-0.1134	0.3276	20.0483	52.5527	120.0722
18	2.97	1.4887	1.8276	7.5331	4.8635	3.4706	-0.248	-1.0941	0.9184	1.6759	-0.6509	1.1219	-0.226	-0.7456	0.9264	1.2643	0.2713	-0.0989	1.1453	-0.3232	0.7286	5.6477	73.2541	126.8503
19	3.0268	1.6844	-3.402	2.9718	-0.3456	5.0031	0.1533	-0.1455	0.1528	0.7934	0.1854	0.6887	-0.3992	-1.4609	-0.3922	0.3957	0.1116	0.1297	0.7098	0.2292	0.2503	5.5929	37.5866	119.3214
20	2.9736	1.2609	-1.3653	2.6156	-1.4275	5.0917	0.1103	-0.2507	-0.0551	0.3094	-0.0043	-0.1129	-0.2009	0.2875	0.0747	0.2729	0.0457	-0.0958	0.4098	0.0736	0.065	17.2109	39.0424	115.2196
21	2.9345	-0.1529	-0.0746	2.657	-0.1188	6.9198	-0.1962	-0.5202	0.0616	0.5513	0.3842	0.0166	-0.0566	-0.1908	-0.1107	0.4863	0.1669	-0.0296	0.4343	0.0956	0.1259	15.6349	33.7528	122.6557
22	0.4422	-0.2432	-0.4267	1.0825	-0.7003	4.1439	-0.1304	-0.0948	-0.0632	0.2074	0.2044	0.1281	0.22	-0.5324	-0.1641	0.1862	0.0042	-0.0727	0.4701	0.1012	0.0182	10.6282	38.4328	105.3198
23	1.1724	0.5965	0.1595	1.9977	-1.6527	4.5556	0.1969	0.1727	-0.1282	0.0054	0.028	-0.0976	0.3509	0.4719	-0.3824	0.096	-0.0228	-0.0854	0.389	-0.0412	0.0566	16.2976	38.3141	95.6789
24	1.9636	-0.3102	-1.3448	3.113	-2.0589	2.604	0.1108	0.623	-0.0705	-0.5459	-0.0937	0.0906	0.5342	0.1187	-0.3042	0.1844	0.0609	-0.1233	0.52	0.0532	0.0485	18.6451	36.874	93.3996
25	5.2706	-0.4345	-0.9207	4.1482	1.0847	5.7113	0.1808	0.5359	-0.1803	-0.6882	-0.2431	-0.0931	0.395	0.3287	-0.0644	0.3015	-0.0023	-0.0627	0.3226	0.0539	0.0237	15.0701	34.533	96.6138
26	8.1932	-1.0035	-2.8714	6.5085	3.9724	5.6191	0.1955	0.1918	0.4316	-0.0734	-0.0308	0.4486	-0.5419	-0.911	-0.1406	0.0852	0.1018	0.0595	0.4847	0.0869	0.1954	5.0612	47.871	105.6589
27	6.6933	1.5567	3.6832	1.508	1.8302	2.8537	-0.0076	0.0702	0.0995	0.113	-0.5646	-0.5137	-0.3956	1.2722	0.6456	0.4885	0.0927	-0.115	0.5291	0.0695	0.1544	25.4785	32.6289	110.8182

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 20 )	A	10 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 31 )	A	21 - 31
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 32 through 39 )	A	32 - 39
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 40 through 47 )	A	40 - 47
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 48 through 66 )	A	48 - 66
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 67 through 91 )	A	67 - 91
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 92 through 110 )	A	92 - 110
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 111 through 123 )	A	111 - 123
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 124 through 135 )	A	124 - 135
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 136 through 147 )	A	136 - 147
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'P' and (resid 1 through 10 )	P	1 - 10
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 11 through 31 )	B	11 - 31
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 32 through 66 )	B	32 - 66
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 67 through 84 )	B	67 - 84
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 85 through 110 )	B	85 - 110
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 111 through 135 )	B	111 - 135
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 136 through 150 )	B	136 - 150
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'Q' and (resid 2 through 10 )	Q	2 - 10
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 10 through 20 )	C	10 - 20
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 21 through 39 )	C	21 - 39
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 40 through 66 )	C	40 - 66
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 67 through 99 )	C	67 - 99
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 100 through 110 )	C	100 - 110
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 111 through 123 )	C	111 - 123
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 124 through 135 )	C	124 - 135
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 136 through 149 )	C	136 - 149
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'R' and (resid 1 through 10 )	R	1 - 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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