[日本語] English
万見
- PDB-7yt9: crystal structure of AGD1-4 of Arabidopsis AGDP3 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yt9
タイトルcrystal structure of AGD1-4 of Arabidopsis AGDP3
要素AGD1-4 of Arabidopsis AGDP3
キーワードGENE REGULATION / AGENET domain / ROS1 / H3K9me2 binding
機能・相同性Protein of unknown function DUF724 / Protein of unknown function (DUF724) / Agenet domain, plant type / Tudor-like domain present in plant sequences. / Agenet-like domain / Agenet domain / nucleus / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zhou, X. / Du, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other governmentJCYJ20200109110403829 中国
引用ジャーナル: J Integr Plant Biol / 年: 2022
タイトル: The H3K9me2-binding protein AGDP3 limits DNA methylation and transcriptional gene silencing in Arabidopsis.
著者: Zhou, X. / Wei, M. / Nie, W. / Xi, Y. / Peng, L. / Zheng, Q. / Tang, K. / Satheesh, V. / Wang, Y. / Luo, J. / Du, X. / Liu, R. / Yang, Z. / La, H. / Zhong, Y. / Yang, Y. / Zhu, J.K. / Du, J. / Lei, M.
履歴
登録2022年8月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: AGD1-4 of Arabidopsis AGDP3
B: AGD1-4 of Arabidopsis AGDP3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7842
ポリマ－66,7842
非ポリマー00
水1086
1
A: AGD1-4 of Arabidopsis AGDP3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3921
ポリマ－33,3921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: AGD1-4 of Arabidopsis AGDP3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3921
ポリマ－33,3921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.538, 129.205, 167.049
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

-
要素

#1: タンパク質 AGD1-4 of Arabidopsis AGDP3


分子量: 33391.902 Da / 分子数: 2 / 変異: K261A,K262A,E263A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: DUF6, ATDUF6, At2g47230, T8I13.7 / プラスミド: pET-Sumo / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F4IL23
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M lithium sulfate, 20% PEG1000 and 0.1M sodium citrate, pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月13日
放射モノクロメーター: silicon crystal (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 26390 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 78.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.045 / Χ2: 0.621 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 116578
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.6-2.694.50.70526110.8340.3680.7980.44399.7
2.69-2.84.60.45326170.9160.2330.5110.45499.7
2.8-2.934.60.28926170.9570.1490.3260.4699.7
2.93-3.084.40.16626150.9840.0880.1890.49899.9
3.08-3.284.10.126100.9910.0550.1150.57998.8
3.28-3.534.60.06926360.9950.0360.0780.67699.5
3.53-3.884.60.04626470.9970.0240.0530.72999.9
3.88-4.454.40.03126390.9980.0170.0360.79998.8
4.45-5.64.30.02726470.9990.0150.0310.79997.9
5.6-504.30.02427510.9990.0130.0280.78298.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→47.81 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 31.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2722 1326 5.04 %
Rwork0.2447 25005 -
obs0.2461 26331 99.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 194.32 Å2 / Biso mean: 91.7452 Å2 / Biso min: 49.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→47.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4419 0 0 6 4425
Biso mean---78.47 -
残基数----544
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.70.36861440.349127392883100
2.7-2.830.42681400.379327732913100
2.83-2.980.43041500.379727532903100
2.98-3.160.30781650.311927332898100
3.16-3.410.33551450.29852759290499
3.41-3.750.31641630.284927752938100
3.75-4.290.30511190.22662815293499
4.29-5.410.21841600.19062749290998
5.41-47.810.20831400.21172909304998
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.6359-0.41120.50378.6375-0.17847.9497-0.39870.03860.3772-0.81030.42520.1683-0.52790.3438-0.07670.8614-0.1371-0.07380.59510.04830.602216.008714.1464-56.4433
23.6761.6017-0.86763.7463-0.51618.41240.03190.1525-0.0032-0.36820.2092-0.2593-0.04580.6509-0.17450.4727-0.01280.07550.52140.03540.596618.094712.0955-47.4932
34.42740.2108-2.82311.5098-1.43936.49670.178-0.7665-0.11030.2628-0.06790.2334-0.20240.1429-0.29250.5998-0.05730.02050.4616-0.02780.54376.711413.9761-28.5619
44.9846-5.8789-4.07436.89565.85556.3276-0.2901-0.072-0.760.124-0.12280.65610.2536-0.18240.33040.5634-0.03340.07930.4730.05430.76412.74514.8311-31.7518
52.2627-1.73760.43757.4212-1.13877.9372-0.4699-0.89170.01831.75050.4448-0.1842-0.70530.0231-0.56910.7796-0.02990.16311.07280.05220.76273.40864.5964-9.9277
62.2347-1.68082.10848.7003-5.2564.889-0.1828-0.1489-0.61690.1530.74331.05420.0456-0.077-0.37720.97750.06820.20390.9160.19460.82142.8623-3.8755-7.0352
74.05830.6649-2.73046.3622-5.3848.89590.6240.0438-0.21310.9311-0.69060.3546-0.1977-0.07720.26890.9475-0.36330.20340.9873-0.33250.754847.75390.1105-21.4734
81.11690.3535-0.51474.3136-2.86213.36950.2955-0.45690.02720.8244-0.52350.8537-0.1813-0.09570.20430.756-0.16880.15491.0375-0.33680.820245.818.0325-28.5828
98.17342.6419-1.00877.6671-3.85564.98840.03850.1550.3949-0.3096-0.1789-0.3369-0.22260.46370.06360.50370.0057-0.05060.6080.04760.575465.888818.4616-51.4702
101.25991.1841-0.13272.9677-0.75981.6694-0.08560.03410.1177-0.2307-0.1760.0152-0.20450.01580.30360.68920.037-0.08690.6894-0.00090.645261.473318.21-53.5611
113.89990.4083-0.20655.57235.24485.3916-0.1405-0.0313-0.16020.2355-0.3938-0.02150.6277-0.33830.4370.7333-0.0725-0.07710.63150.11160.513261.240822.1004-68.725
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 29 )A4 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 132 )A30 - 132
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 133 through 180 )A133 - 180
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 181 through 205 )A181 - 205
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 206 through 229 )A206 - 229
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 230 through 284 )A230 - 284
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 4 through 29 )B4 - 29
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 30 through 154 )B30 - 154
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 155 through 180 )B155 - 180
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 181 through 229 )B181 - 229
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 230 through 284 )B230 - 284

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る