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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ysz | ||||||
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タイトル | Spiroplasma melliferum FtsZ bound to GDP | ||||||
要素 | Cell division protein FtsZ | ||||||
キーワード | CELL CYCLE / FtsZ / GTP binding / GTPase / cytoskeletal / tubulin homolog | ||||||
機能・相同性 | GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Spiroplasma melliferum KC3 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.30004123971 Å | ||||||
データ登録者 | Chakraborty, J. / Pananghat, G. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural basis of kinetic polarity of FtsZ from a cell wall less bacterium Spiroplasma 著者: Chakraborty, J. / Pananghat, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ysz.cif.gz | 150.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ysz.ent.gz | 93.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ysz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ysz_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ysz_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ysz_validation.xml.gz | 24.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ysz_validation.cif.gz | 34.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/7ysz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/7ysz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2vxyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33630.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Spiroplasma melliferum KC3 (バクテリア) 遺伝子: ftsZ, SPM_000165 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 AI / 参照: UniProt: A0A037UPJ1 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-TRS / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.87 % / 解説: Needle-like crystals |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.5M ammonium sulphate, 0.1M Tris pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97623 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97623 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→49.1606915571 Å / Num. obs: 33121 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 41.7708032157 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 14.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.691 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 3217 / CC1/2: 0.808 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2VXY 解像度: 2.30004123971→49.1606915571 Å / SU ML: 0.242383543955 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36521938216 / 位相誤差: 23.7456102644 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.9619401453 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.30004123971→49.1606915571 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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