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- PDB-7ysx: Crystal structure of PDE4D complexed with licoisoflavone A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ysx
タイトルCrystal structure of PDE4D complexed with licoisoflavone A
要素cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
キーワードHYDROLASE / PDE4D / complex / licoisoflavone A / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / establishment of endothelial barrier / regulation of cardiac muscle cell contraction / negative regulation of cAMP-mediated signaling / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel ...signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / establishment of endothelial barrier / regulation of cardiac muscle cell contraction / negative regulation of cAMP-mediated signaling / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / voltage-gated calcium channel complex / positive regulation of heart rate / heterocyclic compound binding / adrenergic receptor signaling pathway / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / DARPP-32 events / calcium channel regulator activity / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / beta-2 adrenergic receptor binding / cAMP binding / cellular response to cAMP / calcium channel complex / cellular response to epinephrine stimulus / positive regulation of interleukin-2 production / regulation of heart rate / cAMP-mediated signaling / positive regulation of type II interferon production / T cell receptor signaling pathway / ATPase binding / scaffold protein binding / G alpha (s) signalling events / transmembrane transporter binding / apical plasma membrane / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JU3 / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase 4D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Liu, J.Y. / Li, M.J. / Xu, Y.C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Bioactive compounds from Huashi Baidu decoction possess both antiviral and anti-inflammatory effects against COVID-19.
著者: Xu, H. / Li, S. / Liu, J. / Cheng, J. / Kang, L. / Li, W. / Zhong, Y. / Wei, C. / Fu, L. / Qi, J. / Zhang, Y. / You, M. / Zhou, Z. / Zhang, C. / Su, H. / Yao, S. / Zhou, Z. / Shi, Y. / Deng, ...著者: Xu, H. / Li, S. / Liu, J. / Cheng, J. / Kang, L. / Li, W. / Zhong, Y. / Wei, C. / Fu, L. / Qi, J. / Zhang, Y. / You, M. / Zhou, Z. / Zhang, C. / Su, H. / Yao, S. / Zhou, Z. / Shi, Y. / Deng, R. / Lv, Q. / Li, F. / Qi, F. / Chen, J. / Zhang, S. / Ma, X. / Xu, Z. / Li, S. / Xu, Y. / Peng, K. / Shi, Y. / Jiang, H. / Gao, G.F. / Huang, L.
履歴
登録2022年8月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
B: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,39113
ポリマ－80,1932
非ポリマー1,19811
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.479, 80.642, 163.274
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D / PDE4D / DPDE3 / PDE43


分子量: 40096.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE4D, DPDE3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q08499, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase

-
非ポリマー , 5種, 237分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-JU3 / 3-[3-(3-methylbut-2-enyl)-2,4-bis(oxidanyl)phenyl]-5,7-bis(oxidanyl)chromen-4-one / Licoisoflavone A / リコイソフラボンA


分子量: 354.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H18O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.69 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES, 0.2 M MgCl2, 10 % (v/v) Isopropanol, 30 % (v/v) Ethylene glycol, 18 %(w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→81.64 Å / Num. obs: 92084 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 19.5 / Num. measured all: 1004244 / Scaling rejects: 90
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.65-1.748.70.981114922132660.7820.3481.0432.6100
5.22-81.6411.10.0343532631700.9990.0110.03654.999.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.01 Å81.64 Å
Translation5.01 Å81.64 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
SCALA0.7.4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CBQ

7cbq


解像度: 1.65→36.42 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2171 4573 4.97 %
Rwork0.1966 87398 -
obs0.1976 91971 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.02 Å2 / Biso mean: 33.2469 Å2 / Biso min: 8.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→36.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5062 0 76 226 5364
Biso mean--36.7 34.55 -
残基数----639
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.65-1.670.29811440.264928462990
1.67-1.690.27961450.255129033048
1.69-1.710.24081640.247828543018
1.71-1.730.28271570.232128533010
1.73-1.750.27271390.228529243063
1.75-1.780.27191390.223528693008
1.78-1.80.25431780.2228823060
1.8-1.830.23771640.216528443008
1.83-1.860.24311210.211829273048
1.86-1.890.27071280.207428803008
1.89-1.920.22831480.207729183066
1.92-1.960.22821620.202528643026
1.96-1.990.22181450.206228873032
1.99-2.030.21861480.199229063054
2.03-2.080.21831650.200528643029
2.08-2.130.19951520.188329273079
2.13-2.180.21761580.186128703028
2.18-2.240.21361670.188329073074
2.24-2.310.23661580.195829243082
2.31-2.380.23551510.196428833034
2.38-2.470.21181430.188929053048
2.47-2.560.25271320.197329423074
2.56-2.680.2111450.198229273072
2.68-2.820.23071530.194829293082
2.82-30.20591560.200229443100
3-3.230.21551650.209229393104
3.23-3.550.20281380.194829643102
3.55-4.070.21891710.190329743145
4.07-5.120.19071700.174730033173
5.12-36.420.19151670.188631393306
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.80781.87020.24298.8792-1.82395.88820.1220.55150.4222-0.9886-0.02940.2427-0.5078-0.3175-0.07380.32280.05870.01710.2462-0.00280.143210.582612.361912.929
22.2327-0.4821-0.74072.26980.47812.48370.09170.12550.1788-0.1561-0.07340.2302-0.2672-0.2256-0.0240.14840.0222-0.00760.12090.00920.15567.958411.390727.2876
33.6533-1.88310.02772.4998-0.11791.9328-0.0324-0.16510.38730.14120.033-0.2606-0.19350.16840.01440.1389-0.04890.01190.1244-0.01470.156920.913311.344738.3895
41.94881.5956-6.9719.36885.08088.0205-0.0049-0.1722-0.19780.3806-0.03860.25470.1542-0.11290.08960.1155-0.0068-0.01960.15260.02480.11567.74867.683341.4651
51.40870.2307-0.84592.2668-0.29232.9137-0.1141-0.0932-0.2470.2301-0.00530.33950.4799-0.28380.05940.2111-0.05180.04610.16010.00250.27027.2598-6.976333.301
66.11410.22445.31371.75060.70985.6980.03380.3706-0.0692-0.20710.0774-0.2908-0.04580.7326-0.06770.1563-0.00670.07240.23250.00570.200729.46131.524320.4986
79.76785.85284.57493.61833.58414.4370.03960.2202-0.33750.09880.2901-0.4230.25830.6751-0.34210.20940.09320.01840.279-0.00020.365232.5836-7.03923.8764
82.85890.0098-2.22442.2364-0.42126.6714-0.290.2099-0.4054-0.0221-0.13620.16830.8856-0.24680.39060.2641-0.03830.03450.1206-0.03350.243612.8334-11.403219.0905
91.927-0.0098-1.13690.9395-0.07182.5159-0.3292-0.85660.02570.28510.4942-0.44750.51971.4322-0.13540.3640.3398-0.08890.7944-0.10560.305535.57634.731469.3563
103.0573-0.60150.18862.85370.35914.2116-0.07330.07220.2924-0.05170.2156-0.2797-0.10110.2794-0.09860.130.00120.01680.1603-0.03370.153526.197210.484454.1186
110.9141-0.23080.40394.2256-0.73240.6581-0.74820.2206-0.46160.31010.39370.04931.16390.01520.27970.67830.09650.14590.2297-0.04420.268824.6407-8.176857.7639
123.3424-0.7986-2.1091.46380.22043.0566-0.0461-0.13610.1706-0.21780.0021-0.15420.33620.03590.03180.42560.14880.03050.24360.00580.203218.91225.251169.0141
132.6858-2.74711.93742.1696-6.41727.23350.28420.60310.1977-0.075-0.0310.4512-0.0012-1.1279-0.2210.39090.12530.03820.47840.05640.31136.1719.326671.5797
140.733-0.7323-0.62411.60941.43381.5187-0.4671-0.7277-0.1683-0.0412-0.12760.03492.05590.15830.31171.18320.30030.2060.06350.25310.202216.6331-6.498277.9462
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 88 through 116 )A88 - 116
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 117 through 199 )A117 - 199
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 200 through 253 )A200 - 253
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 254 through 271 )A254 - 271
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 272 through 325 )A272 - 325
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 326 through 349 )A326 - 349
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 350 through 375 )A350 - 375
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 376 through 410 )A376 - 410
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 88 through 199 )B88 - 199
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 200 through 253 )B200 - 253
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 254 through 302 )B254 - 302
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 303 through 350 )B303 - 350
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 351 through 375 )B351 - 375
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 376 through 410 )B376 - 410

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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