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万見
- PDB-7yst: Crystal Structure of UDP-glucose 4-epimerase (Rv3634c) in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yst
タイトルCrystal Structure of UDP-glucose 4-epimerase (Rv3634c) in complex with both UDP-glucose and UDP-galactose in chain B from Mycobacterium tuberculosis
要素UDP-glucose 4-epimerase along with EC 5.1.3.2
キーワードISOMERASE / GalE1
機能・相同性dTDP-glucose 4,6-dehydratase / dTDP-glucose 4,6-dehydratase activity / GDP-mannose 4,6 dehydratase / NAD(P)-binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily / GALACTOSE-URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / NAD-dependent epimerase/dehydratase
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Yadav, S. / Bhatia, I. / Biswal, B.K.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Indian Council of Medical ResearchR.12014/03/2019-HR インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of UDP-glucose 4-epimerase (Rv3634c) in complex with both UDP-glucose and UDP-galactose in chain B from Mycobacterium tuberculosis
著者: Yadav, S. / Bhatia, I. / Biswal, B.K.
履歴
登録2022年8月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-glucose 4-epimerase along with EC 5.1.3.2
B: UDP-glucose 4-epimerase along with EC 5.1.3.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,11910
ポリマ－68,9072
非ポリマー3,2128
水16,520917
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8290 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area22410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.626, 81.385, 146.363
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 UDP-glucose 4-epimerase along with EC 5.1.3.2 / UDP-glucose 4-epimerase


分子量: 34453.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: galE1 / 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A045H759, dTDP-glucose 4,6-dehydratase

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非ポリマー , 5種, 925分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス


分子量: 566.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GDU / GALACTOSE-URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-D-GALACTOPYRANOSE / UDP-ガラクト-ス


分子量: 566.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 917 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Sodium acetate trihydrate, 0.1M Tris pH 8.5 30% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 54985 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.16 / Χ2: 1.139 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 765291
反射 シェル解像度: 1.88→1.91 Å / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 1.261 / Num. unique obs: 2713 / CC1/2: 0.762 / Rpim(I) all: 0.374 / Rrim(I) all: 1.317 / Χ2: 0.809 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7YS8

7ys8


解像度: 1.88→33.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.2093 / WRfactor Rwork: 0.1654 / FOM work R set: 0.8677 / SU R Cruickshank DPI: 0.1461 / SU Rfree: 0.1358 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2093 2687 4.9 %RANDOM
Rwork0.1654 ---
obs0.1675 52222 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.89 Å2 / Biso mean: 24.573 Å2 / Biso min: 13.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å2-0 Å20 Å2
2--0.21 Å2-0 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.88→33.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4696 0 208 917 5821
Biso mean--23.4 35.95 -
残基数----624
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0125250
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.921.6497234
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.929 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 199 -
Rwork0.289 3805 -
all-4004 -
obs--99.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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