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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ysi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of thioredoxin 2 | ||||||
![]() | Thiol disulfide reductase thioredoxin | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Trx2 / thioredoxin2 | ||||||
機能・相同性 | Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / protein-disulfide reductase activity / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily / Thiol disulfide reductase thioredoxin![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, Y.J. / Park, H.H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Comparison of the structure and activity of thioredoxin 2 and thioredoxin 1 from Acinetobacter baumannii. 著者: Chang, Y.J. / Sung, J.H. / Lee, C.S. / Lee, J.H. / Park, H.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3p2aS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16736.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: trxC, AYR68_15440, B7L45_02985, BAA1790NC_0521, BS065_02615, CBL15_02595, CTZ19_02595, D8O08_003970, DLI71_14475, DLI72_02635, E2532_03525, E2533_03310, E2534_07555, E2535_02615, E2536_ ...遺伝子: trxC, AYR68_15440, B7L45_02985, BAA1790NC_0521, BS065_02615, CBL15_02595, CTZ19_02595, D8O08_003970, DLI71_14475, DLI72_02635, E2532_03525, E2533_03310, E2534_07555, E2535_02615, E2536_10370, E2538_07040, E2539_06760, E2540_11860, E2541_06480, EA720_013275, FDN00_17805, FE003_02610, IAG11_14015 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.58 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES/NaOH pH 7.0, 15% PEG 20000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 125 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.202→27.42 Å / Num. obs: 45597 / % possible obs: 96.64 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 14.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09366 / Net I/σ(I): 15.42 |
反射 シェル | 解像度: 1.202→27.42 Å / Rmerge(I) obs: 2.435 / Num. unique obs: 4106 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3p2a 解像度: 1.202→27.418 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.78 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 50.49 Å2 / Biso mean: 19.4527 Å2 / Biso min: 9.91 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.202→27.418 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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