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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ys9 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of UDP-glucose 4-epimerase (Rv3634c) in complex with both UDP-Glucose and UDP-Galactose in chainA from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
要素 | UDP-glucose 4-epimerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / GalE1 / UDP-glucose 4-epimerase / Rv3634c / UDP-Glucose / UDP-Galactose / Mycobacterium tuberculosis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UDP-L-rhamnose synthase activity / UDP-glucose 4,6-dehydratase activity / UDP-rhamnose biosynthetic process / dTDP-glucose 4,6-dehydratase activity / flavonol biosynthetic process / UDP-glucose 4-epimerase / UDP-glucose 4-epimerase activity / galactose metabolic process / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Yadav, S. / Bhatia, I. / Biswal, B.K. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal Structure of UDP-glucose 4-epimerase (Rv3634c) in complex with both UDP-Glucose and UDP-Galactose in chainA from Mycobacterium tuberculosis 著者: Yadav, S. / Bhatia, I. / Biswal, B.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ys9.cif.gz | 158.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ys9.ent.gz | 120.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ys9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ys9_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ys9_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ys9_validation.xml.gz | 34.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ys9_validation.cif.gz | 53.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/7ys9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/7ys9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ys8S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 34453.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: galE1, Rv3634c / 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: P9WN67, UDP-glucose 4-epimerase |
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-非ポリマー , 5種, 906分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-UPG / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.39 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M Sodium acetate trihydrate, 0.1M Tris pH 8.5 30% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年3月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→35 Å / Num. obs: 67055 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.051 / Χ2: 1.902 / Net I/σ(I): 24.4 / Num. measured all: 198448 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.156 / Num. unique obs: 6764 / CC1/2: 0.963 / Rpim(I) all: 0.106 / Rrim(I) all: 0.19 / Χ2: 1.162 / % possible all: 90.5 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7YS8 解像度: 1.65→24.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.024 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 55.3 Å2 / Biso mean: 19.08 Å2 / Biso min: 8.96 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.65→24.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.692 Å / Rfactor Rfree error: 0
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