PDB-7yrt: Crystal structure of PAS like domain of FlrB, the histidine kinas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yrt

タイトル

Crystal structure of PAS like domain of FlrB, the histidine kinase involved in flagellar synthesis of Vibrio cholerae

要素

histidine kinase

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Vibrio cholerae / Flagellar gene transcription / Sensor histidine kinase / PAS like domain / Phosphorylation

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to phosphate starvation / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphoprotein phosphatase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Dasgupta, J. / Mukherjee, P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: PAS domain of flagellar histidine kinase FlrB has a unique architecture and binds heme as a sensory ligand in an unconventional fashion.
著者: Mukherjee, P. / Agarwal, S. / Mallick, S.B. / Dasgupta, J.

履歴

登録	2022年8月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.0	2024年5月1日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / citation_author / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range Item: _atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id ..._atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yrt.cif.gz	565.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yrt.ent.gz	469.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yrt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yrt_validation.pdf.gz	535.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yrt_full_validation.pdf.gz	551.1 KB	表示
XML形式データ	7yrt_validation.xml.gz	46.8 KB	表示
CIF形式データ	7yrt_validation.cif.gz	64 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/7yrt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/7yrt	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (8) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (8)

登録構造単位

A: histidine kinase

B: histidine kinase

C: histidine kinase

D: histidine kinase

E: histidine kinase

F: histidine kinase

G: histidine kinase

H: histidine kinase

I: histidine kinase

J: histidine kinase

K: histidine kinase

L: histidine kinase

187 kDa, 12 ポリマー
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1

A: histidine kinase

E: histidine kinase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: cross-linking
31.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: histidine kinase

F: histidine kinase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.1 kDa, 2 ポリマー
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3

C: histidine kinase

K: histidine kinase

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31.1 kDa, 2 ポリマー
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4

D: histidine kinase

L: histidine kinase

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5

G: histidine kinase

I: histidine kinase

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31.1 kDa, 2 ポリマー
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6

H: histidine kinase

J: histidine kinase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	212.644, 49.556, 146.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.53, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	histidine kinase 分子量: 15544.545 Da / 分子数: 12 / 断片: PAS domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae O395 (コレラ菌) / 株: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / 遺伝子: flrB, VC0395_A1720 / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3AMQ9, histidine kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

histidine kinase

分子量: 15544.545 Da / 分子数: 12 / 断片: PAS domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Vibrio cholerae O395 (コレラ菌) / 株: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / 遺伝子: flrB, VC0395_A1720 / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3AMQ9, histidine kinase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.8 M Ammonium sulfate, 0.1 M Citric Acid pH 5, 10% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972423 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.972423 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.27→48.26 Å / Num. obs: 69328 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 2.6 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 2.27→2.35 Å / Num. unique obs: 6819 / CC_1/2: 0.526

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Alphafold2

解像度: 2.27→48.26 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2507	3383	4.89 %
R_work	0.1849	-	-
obs	0.1883	69160	96.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.27→48.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10946	0	0	85	11031

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	11076
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.062	15011
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.677	4249
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	1796
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1961

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.27-2.3024	0.4395	112	0.3666	2688	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3024-2.3368	0.4342	147	0.351	2747	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3368-2.3733	0.4338	131	0.3242	2801	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3733-2.4122	0.4065	136	0.3136	2678	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4122-2.4538	0.3484	109	0.3113	2834	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4538-2.4984	0.3759	112	0.2949	2797	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4984-2.5465	0.3479	121	0.2781	2738	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5465-2.5985	0.3159	127	0.2826	2726	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5985-2.655	0.3434	154	0.2656	2671	X-RAY DIFFRACTION	97
2.655-2.7167	0.3038	153	0.2654	2797	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7167-2.7847	0.326	157	0.2625	2729	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7847-2.8599	0.3791	155	0.2706	2764	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8599-2.9441	0.36	154	0.2668	2776	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9441-3.0391	0.3542	149	0.2539	2732	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0391-3.1477	0.3058	151	0.2453	2733	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1477-3.2737	0.3053	167	0.2269	2768	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2737-3.4227	0.2832	153	0.2111	2719	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4227-3.603	0.2535	128	0.1986	2753	X-RAY DIFFRACTION	96
3.603-3.8287	0.2574	137	0.1693	2681	X-RAY DIFFRACTION	94
3.8287-4.1242	0.2194	153	0.1466	2743	X-RAY DIFFRACTION	96
4.1242-4.5389	0.1905	123	0.1255	2768	X-RAY DIFFRACTION	96
4.5389-5.1951	0.1653	130	0.1245	2734	X-RAY DIFFRACTION	95
5.1951-6.5426	0.2143	163	0.1533	2721	X-RAY DIFFRACTION	95
6.5426-48.26	0.1672	161	0.1089	2679	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3027	3.2539	1.2491	3.1978	1.2807	9.9757	-0.4899	0.1984	1.7705	-1.3364	1.1941	1.3394	-0.8981	-0.6747	-0.2791	0.8071	-0.0251	-0.1804	0.5734	0.1873	1.3569	-13.9419	16.0117	51.052
2	3.6477	1.3653	3.7648	9.9088	-1.3248	5.953	-0.246	-0.4036	0.2374	0.1621	0.4362	0.7832	-0.0539	-0.7515	-0.2371	0.3669	-0.0383	0.0621	0.4891	-0.067	0.6096	-3.5919	7.8836	59.0589
3	4.1947	-4.0594	0.7335	4.9584	-2.199	8.5531	-0.7695	-1.2534	1.631	0.4722	0.8641	-0.7171	-0.731	0.4897	0.0211	0.3908	0.0451	-0.0946	0.5385	-0.2375	0.6224	8.4782	9.6221	68.0138
4	9.5236	-5.5145	0.1947	6.4021	-2.5877	5.7393	0.1957	-1.3216	-0.5268	0.0683	0.1472	0.3703	0.512	-0.7659	-0.4025	0.5205	-0.148	-0.0227	0.6244	0.0729	0.4887	1.9314	-4.2537	66.5207
5	6.7946	-2.1101	1.1547	2.6221	-0.3882	6.6049	0.3782	-1.1098	-0.0318	0.1859	-0.0179	-0.3149	0.124	-0.2554	-0.1278	0.5056	-0.0401	-0.0348	0.6248	-0.0314	0.5058	11.8621	0.811	72.2604
6	6.169	-6.0605	-6.0531	5.906	5.9201	5.9381	-0.2316	0.1107	-0.3163	0.483	0.688	-0.0163	0.8649	0.6472	-0.2654	0.7263	-0.0553	-0.1795	0.5364	-0.0013	0.945	18.0752	-12.5833	65.0452
7	2.989	-2.6605	1.5641	7.6442	-2.4626	5.6286	0.2937	-0.0522	-0.0972	-0.3845	0.1638	0.7834	0.6242	-0.1498	-0.452	0.4113	-0.0771	-0.0175	0.3782	0.0268	0.5258	11.9343	-4.4768	61.1783
8	1.5193	-2.7797	0.9402	8.8909	-1.2628	5.5715	0.3038	-0.2781	-0.3897	-0.4406	0.0044	0.8737	0.2111	-0.3251	-0.4687	0.3543	-0.0664	-0.0037	0.4837	0.0641	0.6947	8.7107	-0.4941	59.3188
9	5.5299	-4.5061	-2.8916	9.8355	6.4562	4.1953	-0.4097	-0.0436	-0.6695	0.5427	0.2913	-0.0761	0.9235	0.2592	0.1855	0.7133	-0.0442	-0.021	0.488	0.0548	0.8243	10.2977	-23.837	54.093
10	7.6896	-2.1574	-3.021	2.5949	-0.8523	2.6907	0.3794	-0.8172	0.6203	1.0807	-0.3124	-1.1198	-0.6663	0.9536	-0.0107	0.6948	0.0224	-0.092	0.7993	-0.0503	0.9177	10.4659	34.263	21.8943
11	7.295	-1.8987	2.8281	6.963	-0.6347	4.6326	-0.2334	-0.147	-0.0875	0.0049	0.2107	-0.6122	0.185	0.5229	-0.0636	0.4535	0.0451	0.1	0.5378	0.0293	0.5186	-0.6442	26.7268	13.3558
12	4.9124	-0.7602	-2.7605	5.9211	4.9421	6.4672	-0.4817	0.3612	-0.1645	0.2863	0.7444	-0.1512	0.0964	0.6156	-0.2419	0.3979	0.0221	0.1049	0.6129	0.0324	0.4816	-8.8242	21.8184	5.3108
13	2.8237	2.6022	1.4923	3.9749	-2.0406	7.829	0.4844	1.3507	0.482	-0.2716	0.0688	-0.0786	-0.093	0.3703	-0.3528	0.442	0.0252	0.1046	0.5391	-0.0477	0.5593	-15.4734	19.6168	0.6084
14	8.2105	0.75	1.0446	5.0727	-4.9345	5.0817	-0.0904	-0.1415	-0.9107	0.0991	0.6449	1.3662	0.7991	-0.5827	-0.4361	0.5835	0.0062	0.0928	0.5079	-0.0206	0.8582	-21.2376	6.9751	10.5662
15	5.9725	0.5747	-0.2457	3.3407	4.5246	6.2669	-0.1522	0.2577	-0.1699	-0.1051	0.0824	-0.5909	0.5337	0.1819	0.0723	0.5484	0.046	0.0786	0.3707	0.1222	0.4067	-14.8127	15.2141	10.7464
16	-0.0878	0.5438	-0.4476	6.619	-2.3272	2.2704	0.0651	0.0511	-0.1757	-0.2603	-0.188	0.5416	0.5278	0.0775	0.0342	0.7033	0.1354	0.0689	0.4077	0.0448	0.8648	-13.4546	2.584	16.7918
17	5.6778	-1.0426	-1.1601	2.0796	0.0162	2.3074	0.0426	-0.0295	0.0959	-0.1639	0.0008	-0.0183	-0.0562	-0.0047	-0.0825	0.4388	-0.0604	-0.0234	0.3587	-0.0064	0.3325	-42.059	2.1011	57.6349
18	2.4271	-3.4585	3.8278	5.9024	-6.394	7.3946	0.4599	0.1617	0.4668	-0.3686	-0.2032	0.1224	-0.6219	-0.5698	-0.3323	0.7374	0.0012	0.081	0.7494	0.052	0.6762	-47.2175	15.7217	33.5736
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 15 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 37 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 38 through 47 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 48 through 54 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 55 through 70 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 71 through 77 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 78 through 98 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 99 through 107 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 108 through 123 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 9 through 15 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 16 through 38 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 39 through 54 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 55 through 70 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 71 through 80 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 81 through 98 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 99 through 123 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 6 through 107 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 108 through 123 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 6 through 70 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 71 through 75 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 76 through 107 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 108 through 122 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 7 through 29 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 30 through 70 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 71 through 80 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 81 through 107 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 108 through 122 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 8 through 29 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 30 through 75 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 76 through 107 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 108 through 123 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 9 through 54 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 55 through 75 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 76 through 107 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 108 through 123 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'H' and (resid 9 through 15 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'H' and (resid 16 through 37 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'H' and (resid 38 through 47 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'H' and (resid 48 through 54 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'H' and (resid 55 through 70 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid 71 through 80 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resid 81 through 107 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 108 through 123 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'I' and (resid 9 through 29 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'I' and (resid 30 through 70 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'I' and (resid 71 through 88 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'I' and (resid 89 through 107 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'I' and (resid 108 through 122 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'J' and (resid 14 through 70 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'J' and (resid 71 through 98 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'J' and (resid 99 through 122 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'K' and (resid 8 through 29 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'K' and (resid 30 through 75 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'K' and (resid 76 through 98 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'K' and (resid 99 through 123 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'L' and (resid 7 through 15 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'L' and (resid 16 through 37 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'L' and (resid 38 through 70 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'L' and (resid 71 through 75 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'L' and (resid 76 through 98 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'L' and (resid 99 through 122 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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