PDB-7yrs: Crystal structure of Lactobacillus rhamnosus 4-deoxy-L-threo-5-he...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yrs

タイトル

Crystal structure of Lactobacillus rhamnosus 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase KduI complexed with MOPS

要素

4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase

キーワード

ISOMERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

5-dehydro-4-deoxy-D-glucuronate isomerase / 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase activity / D-galacturonate catabolic process / D-glucuronate catabolic process / pectin catabolic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lacticaseibacillus rhamnosus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.802 Å

データ登録者

Yamamoto, Y. / Oiki, S. / Takase, R. / Mikami, B. / Hashimoto, W.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J Appl Glycosci (1999) / 年: 2023
タイトル: Crystal Structures of Lacticaseibacillus 4-Deoxy-L- threo- 5-hexosulose-uronate Ketol-isomerase KduI in Complex with Substrate Analogs.
著者: Iwase, H. / Yamamoto, Y. / Yamada, A. / Kawai, K. / Oiki, S. / Watanabe, D. / Mikami, B. / Takase, R. / Hashimoto, W.

履歴

登録	2022年8月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yrs.cif.gz	671.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yrs.ent.gz	558.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yrs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yrs_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yrs_full_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示
XML形式データ	7yrs_validation.xml.gz	67.2 KB	表示
CIF形式データ	7yrs_validation.cif.gz	88.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/7yrs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/7yrs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ye3C 7e4sS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase

B: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase

C: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase

D: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase

E: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase

F: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase

ヘテロ分子

201 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
33.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.4 kDa, 1 ポリマー
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5

E: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.6 kDa, 1 ポリマー
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6

F: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.404, 187.400, 108.934
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.490, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resseq 2:195 or resseq 200:266))
2	1	(chain B and (resseq 2:195 or resseq 200:266))
3	1	(chain C and (resseq 2:195 or resseq 200:266))
4	1	(chain E and (resseq 2:195 or resseq 200:266))
5	1	(chain F and (resseq 2:195 or resseq 200:266))
6	1	chain D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	MET	MET	(chain A and (resseq 2:195 or resseq 200:266))	A	A	2 - 195	2 - 195
1	2	HIS	HIS	ASN	ASN	(chain A and (resseq 2:195 or resseq 200:266))	A	A	200 - 266	200 - 266
2	1	SER	SER	MET	MET	(chain B and (resseq 2:195 or resseq 200:266))	B	B	2 - 195	2 - 195
2	2	HIS	HIS	ASN	ASN	(chain B and (resseq 2:195 or resseq 200:266))	B	B	200 - 266	200 - 266
3	1	SER	SER	MET	MET	(chain C and (resseq 2:195 or resseq 200:266))	C	C	2 - 195	2 - 195
3	2	HIS	HIS	ASN	ASN	(chain C and (resseq 2:195 or resseq 200:266))	C	C	200 - 266	200 - 266
4	1	SER	SER	MET	MET	(chain E and (resseq 2:195 or resseq 200:266))	E	E	2 - 195	2 - 195
4	2	HIS	HIS	ASN	ASN	(chain E and (resseq 2:195 or resseq 200:266))	E	E	200 - 266	200 - 266
5	1	SER	SER	MET	MET	(chain F and (resseq 2:195 or resseq 200:266))	F	F	2 - 195	2 - 195
5	2	HIS	HIS	ASN	ASN	(chain F and (resseq 2:195 or resseq 200:266))	F	F	200 - 266	200 - 266
6	1	SER	SER	ASN	ASN	chain D	D	D	2 - 266	2 - 266

#1: タンパク質	4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase / 5-keto-4-deoxyuronate isomerase / DKI isomerase 分子量: 33331.629 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lacticaseibacillus rhamnosus (バクテリア) 遺伝子: kduI, HMPREF0539_0625 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: C2JUP1, 5-dehydro-4-deoxy-D-glucuronate isomerase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS 分子量: 209.263 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₅NO₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MOPS (pH 6.5), 1 mM 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate, 1 mM rhamnose, 12% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2020年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 40666 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 2.02 % / R_merge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 6.36
反射シェル	解像度: 2.8→2.97 Å / 冗長度: 1.99 % / R_merge(I) obs: 0.391 / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / Num. unique obs: 12569 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7E4S

7e4s

解像度: 2.802→49.549 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2648	2034	5 %
R_work	0.1888	38610	-
obs	0.1926	40644	99.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 252.17 Å² / B_iso mean: 82.5576 Å² / B_iso min: 30 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.802→49.549 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13246	0	58	0	13304
B_iso mean	-	-	105.6	-	-
残基数	-	-	-	-	1647

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	13645
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.741	18479
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.105	1946
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	2395
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.448	8081

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	7520	X-RAY DIFFRACTION	17.853	TORSIONAL
1	2	B	7520	X-RAY DIFFRACTION	17.853	TORSIONAL
1	3	C	7520	X-RAY DIFFRACTION	17.853	TORSIONAL
1	4	E	7520	X-RAY DIFFRACTION	17.853	TORSIONAL
1	5	F	7520	X-RAY DIFFRACTION	17.853	TORSIONAL
1	6	D	7520	X-RAY DIFFRACTION	17.853	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.8024-2.8676	0.4318	131	0.3178	2477	96
2.8676-2.9393	0.3867	135	0.2823	2566	100
2.9393-3.0188	0.3835	138	0.2723	2613	100
3.0188-3.1076	0.3828	135	0.2626	2576	100
3.1076-3.2079	0.317	137	0.2427	2597	100
3.2079-3.3225	0.3353	135	0.23	2557	100
3.3225-3.4555	0.3396	137	0.2234	2597	100
3.4555-3.6127	0.3363	137	0.2083	2613	100
3.6127-3.8031	0.3062	134	0.1977	2550	99
3.8031-4.0413	0.2289	136	0.1798	2571	99
4.0413-4.3531	0.2523	134	0.1592	2550	98
4.3531-4.7909	0.2286	134	0.138	2548	98
4.7909-5.4834	0.2046	136	0.1504	2573	99
5.4834-6.9055	0.2153	136	0.1793	2591	99
6.9055-49.5	0.2126	139	0.1726	2631	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 9.9388 Å / Origin y: 0.0503 Å / Origin z: 25.3282 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.4026 Å²	0.0268 Å²	0.032 Å²	-	0.4389 Å²	0.0819 Å²	-	-	0.4194 Å²
L	0.6078 °²	0.2365 °²	0.0761 °²	-	1.1176 °²	0.0666 °²	-	-	0.3161 °²
S	-0.0738 Å °	0.0203 Å °	0.0917 Å °	-0.0419 Å °	-0.0073 Å °	0.2351 Å °	-0.0027 Å °	0.0008 Å °	0.08 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	2 - 280
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	2 - 279
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	2 - 280
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	2 - 266
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	2 - 279
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	2 - 280
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	301 - 306
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	1 - 4

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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