PDB-7yrp: Crystal structure of VIM-28 metallo-beta-lactamase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yrp

タイトル

Crystal structure of VIM-28 metallo-beta-lactamase

要素

Metallo-beta-lactamase VIM-28

キーワード

HYDROLASE / beta-lactamase

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Shimizu-Ibuka, A. / Sato, H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of VIM-28 metallo-beta-lactamase
著者: Shimizu-Ibuka, A. / Sato, H.

履歴

登録	2022年8月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yrp.cif.gz	110.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yrp.ent.gz	79.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yrp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yrp_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yrp_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	7yrp_validation.xml.gz	21.6 KB	表示
CIF形式データ	7yrp_validation.cif.gz	30.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/7yrp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/7yrp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2whgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (3)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (2)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Metallo-beta-lactamase VIM-28

B: Metallo-beta-lactamase VIM-28

ヘテロ分子

53.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Metallo-beta-lactamase VIM-28

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Metallo-beta-lactamase VIM-28

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.360, 45.910, 103.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.590, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Metallo-beta-lactamase VIM-28 分子量: 26117.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: blaVIM-28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F8UTU0
#2: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.95 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.4 M ammonium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→67.73 Å / Num. obs: 43247 / % possible obs: 99.66 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / R_merge(I) obs: 0.494 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 6128

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2WHG

2whg

解像度: 2→63.483 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 3.596 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.125 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2037	2147	4.965 %
R_work	0.1718	41098	-
all	0.173	-	-
obs	-	43245	99.677 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.233 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.001 Å²	0 Å²	0.002 Å²
2-	-	0.002 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→63.483 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3389	0	66	244	3699

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	3527
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.044	0.016	3171
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.39	1.642	4823
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.968	1.559	7375
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.973	5	455
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.11	5	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.135	10	502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.509	10	150
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	559
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4077
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	659
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	618
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	2688
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	1705
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1824
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	247
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.083	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.394	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.175	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.206	3.003	1814
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.206	3.003	1814
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.144	4.481	2265
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.144	4.485	2266
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.056	3.376	1713
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.055	3.377	1714
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.69	4.914	2556
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.689	4.915	2557
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.646	38.927	3828
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.524	37.573	3767

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.276	143	0.257	2991	0.258	3148	0.945	0.954	99.5553	0.232
2.052-2.108	0.266	155	0.234	2926	0.236	3090	0.949	0.963	99.7087	0.212
2.108-2.169	0.209	159	0.226	2870	0.225	3042	0.969	0.966	99.5726	0.2
2.169-2.236	0.24	153	0.219	2738	0.22	2916	0.959	0.968	99.1427	0.191
2.236-2.309	0.23	148	0.201	2677	0.202	2828	0.966	0.974	99.8939	0.174
2.309-2.39	0.243	145	0.195	2618	0.197	2773	0.964	0.976	99.6394	0.166
2.39-2.48	0.246	120	0.183	2503	0.186	2626	0.964	0.978	99.8858	0.158
2.48-2.581	0.225	109	0.171	2475	0.174	2585	0.971	0.982	99.9613	0.149
2.581-2.696	0.21	123	0.178	2329	0.179	2463	0.967	0.98	99.5534	0.155
2.696-2.827	0.211	110	0.173	2243	0.174	2363	0.97	0.981	99.5768	0.151
2.827-2.98	0.274	87	0.17	2089	0.174	2204	0.964	0.982	98.7296	0.154
2.98-3.16	0.225	105	0.158	2013	0.161	2127	0.972	0.984	99.5769	0.144
3.16-3.378	0.178	109	0.157	1896	0.158	2006	0.978	0.985	99.9501	0.148
3.378-3.647	0.165	111	0.151	1758	0.152	1869	0.981	0.986	100	0.144
3.647-3.994	0.159	93	0.146	1614	0.147	1707	0.985	0.987	100	0.144
3.994-4.463	0.176	75	0.135	1496	0.137	1571	0.98	0.989	100	0.137
4.463-5.15	0.153	72	0.131	1340	0.132	1412	0.988	0.99	100	0.137
5.15-6.297	0.189	53	0.164	1114	0.165	1167	0.983	0.986	100	0.164
6.297-8.861	0.193	48	0.154	889	0.156	937	0.984	0.986	100	0.159
8.861-63.483	0.193	29	0.168	518	0.169	548	0.979	0.98	99.8175	0.196

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関連情報:EMDBヘッダ

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