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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7yrp | ||||||
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Title | Crystal structure of VIM-28 metallo-beta-lactamase | ||||||
![]() | Metallo-beta-lactamase VIM-28 | ||||||
![]() | HYDROLASE / beta-lactamase | ||||||
Function / homology | Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / CITRATE ANION / Metallo-beta-lactamase VIM-28![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shimizu-Ibuka, A. / Sato, H. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of VIM-28 metallo-beta-lactamase Authors: Shimizu-Ibuka, A. / Sato, H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 110.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 79.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 21.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 30.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2whgS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 26117.021 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.86 Å3/Da / Density % sol: 56.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: 1.4 M ammonium citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Nov 22, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→67.73 Å / Num. obs: 43247 / % possible obs: 99.66 % / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 8.3 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.494 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 6128 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2WHG Resolution: 2→63.483 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.596 / SU ML: 0.097 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.125 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL PLUS MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.233 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→63.483 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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