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- PDB-7yro: Crystal structure of mango fucosyltransferase 13 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yro
タイトルCrystal structure of mango fucosyltransferase 13
要素Fucosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / fucosyltransferase / FUT13 / mango
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-(1->3)-fucosyltransferase activity / fucosylation / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation
類似検索 - 分子機能
Alpha-(1, 3)-fucosyltransferase/alpha-(1, 4)-fucosyltransferase, plant / Glycosyl transferase family 10 / GT10-like, C-terminal domain superfamily / Glycosyltransferase family 10 (fucosyltransferase) C-term
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / PHOSPHATE ION / PYROPHOSPHATE / Fucosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mangifera indica (マンゴウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Okada, T. / Teramoto, T. / Ihara, H. / Ikeda, Y. / Kakuta, Y.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K06019 日本
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of mango alpha 1,3/ alpha 1,4-fucosyltransferase elucidates unique elements that regulate Lewis A-dominant oligosaccharide assembly.
著者: Okada, T. / Teramoto, T. / Ihara, H. / Ikeda, Y. / Kakuta, Y.
履歴
登録2022年8月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fucosyltransferase
B: Fucosyltransferase
C: Fucosyltransferase
D: Fucosyltransferase
E: Fucosyltransferase
F: Fucosyltransferase
G: Fucosyltransferase
H: Fucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)374,09049
ポリマ－369,2898
非ポリマー4,80141
水8,485471
1
A: Fucosyltransferase
B: Fucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,21310
ポリマ－92,3222
非ポリマー8918
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5070 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area26410 Å2
手法PISA
2
C: Fucosyltransferase
D: Fucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,10217
ポリマ－92,3222
非ポリマー1,77915
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area26590 Å2
手法PISA
3
E: Fucosyltransferase
F: Fucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,79314
ポリマ－92,3222
非ポリマー1,47112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6060 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area26560 Å2
手法PISA
4
G: Fucosyltransferase
H: Fucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,9838
ポリマ－92,3222
非ポリマー6606
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area26530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.700, 163.610, 274.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 13分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Fucosyltransferase


分子量: 46161.164 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mangifera indica (マンゴウ) / 遺伝子: FUT13
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A292GKJ7, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 507分子

#2: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸


分子量: 177.975 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.41 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Calcium acetate hydrate and 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→50 Å / Num. obs: 149646 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.78 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 8.55
反射 シェル解像度: 2.42→2.56 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / Num. unique obs: 24409 / CC1/2: 0.544

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: predicted model

解像度: 2.42→46.86 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2476 2000 1.34 %
Rwork0.2104 --
obs0.2109 149503 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→46.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21036 0 292 471 21799
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00421944
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69729834
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8277797
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0543211
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053794
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.42-2.480.3271410.317110435X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.550.32971420.307110420X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.620.37671410.305210423X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.710.35791420.292310431X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.80.3311410.285210457X-RAY DIFFRACTION100
2.8-2.920.33011420.271910408X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.050.3181410.256510467X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.210.2991430.24710527X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.410.27871420.235310482X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.670.2161420.202810518X-RAY DIFFRACTION100
3.67-4.040.22811440.191810581X-RAY DIFFRACTION100
4.04-4.630.19991440.163710602X-RAY DIFFRACTION100
4.63-5.830.19611460.167110717X-RAY DIFFRACTION100
5.83-46.860.2081490.17711035X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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