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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yrf | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of compact CA16 empty particle in complex with a neutralizing antibody 8C4 | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / coxsackievirus A16 / antibody 8C4 / cryo-EM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / channel activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / protein complex oligomerization ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / channel activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / protein complex oligomerization / endocytosis involved in viral entry into host cell / monoatomic ion channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / symbiont entry into host cell / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å | ||||||
データ登録者 | Cong, Y. / Liu, C.X. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Molecular mechanism of antibody neutralization of coxsackievirus A16. 著者: Chao Zhang / Caixuan Liu / Jinping Shi / Yalei Wang / Cong Xu / Xiaohua Ye / Qingwei Liu / Xue Li / Weihua Qiao / Yannan Yin / Yao Cong / Zhong Huang / 要旨: Coxsackievirus A16 (CVA16) causes hand, foot and mouth disease in infants and young children. However, no vaccine or anti-viral agent is currently available for CVA16. Here, the functions and working ...Coxsackievirus A16 (CVA16) causes hand, foot and mouth disease in infants and young children. However, no vaccine or anti-viral agent is currently available for CVA16. Here, the functions and working mechanisms of two CVA16-specific neutralizing monoclonal antibodies (MAbs), 9B5 and 8C4, are comprehensively investigated. Both 9B5 and 8C4 display potent neutralization in vitro and prophylactic and therapeutic efficacy in a mouse model of CVA16 infection. Mechanistically, 9B5 exerts neutralization primarily through inhibiting CVA16 attachment to cell surface via blockade of CVA16 binding to its attachment receptor, heparan sulfate, whereas 8C4 functions mainly at the post-attachment stage of CVA16 entry by interfering with the interaction between CVA16 and its uncoating receptor SCARB2. Cryo-EM studies show that 9B5 and 8C4 target distinct epitopes located at the 5-fold and 3-fold protrusions of CVA16 capsids, respectively, and exhibit differential binding preference to three forms of naturally occurring CVA16 particles. Moreover, 9B5 and 8C4 are compatible in formulating an antibody cocktail which displays the ability to prevent virus escape seen with individual MAbs. Together, our work elucidates the functional and structural basis of CVA16 antibody-mediated neutralization and protection, providing important information for design and development of effective CVA16 vaccines and antibody therapies. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7yrf.cif.gz | 211.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7yrf.ent.gz | 170 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7yrf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7yrf_validation.pdf.gz | 839.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7yrf_full_validation.pdf.gz | 855.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7yrf_validation.xml.gz | 39.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7yrf_validation.cif.gz | 58.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/7yrf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/7yrf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 34054MC 7y7mC 7ymsC 7yrhC 7yv2C 7yv7C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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| x 60
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| x 5
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| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 25623.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) 発現宿主: Mus sp. (ネズミ) / 参照: UniProt: A0A2D2CJS7 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 33772.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) 発現宿主: Mus sp. (ネズミ) 参照: UniProt: M4TAU2, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase |
#5: タンパク質 | 分子量: 26646.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) 発現宿主: Mus sp. (ネズミ) 参照: UniProt: A9LXZ4, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase |
-抗体 , 2種, 2分子 EF
#2: 抗体 | 分子量: 23619.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) 発現宿主: Mus sp. (ネズミ) |
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#4: 抗体 | 分子量: 22743.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) 発現宿主: Mus sp. (ネズミ) |
-非ポリマー , 1種, 1分子
#6: 化合物 | ChemComp-SPH / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of compact CA16 empty particle in complex with a neutralizing antibody 8C4 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Cercopithecus (オナガザル) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 20196 / 対称性のタイプ: POINT |