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- PDB-7yr9: Crystal structure of the immature form of TtPetA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yr9
タイトルCrystal structure of the immature form of TtPetA
要素Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
キーワードELECTRON TRANSPORT / Rieske / iron-sulfur cluster / metal binding
機能・相同性
機能・相同性情報


quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ubiquitinol-cytochrome C reductase, Fe-S subunit, TAT signal / Ubiquitinol-cytochrome C reductase Fe-S subunit TAT signal / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Tsutsumi, E. / Niwa, S. / Takeda, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Other private 日本
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2023
タイトル: Structure of a putative immature form of a Rieske-type iron-sulfur protein in complex with zinc chloride.
著者: Tsutsumi, E. / Niwa, S. / Takeda, R. / Sakamoto, N. / Okatsu, K. / Fukai, S. / Ago, H. / Nagao, S. / Sekiguchi, H. / Takeda, K.
履歴
登録2022年8月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
B: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,93316
ポリマ－32,9002
非ポリマー1,03314
水2,612145
1
A: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
ヘテロ分子

B: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,93316
ポリマ－32,9002
非ポリマー1,03314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_546-x,y-1/2,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)32.596, 98.711, 51.052
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.030, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / TtPetA


分子量: 16449.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)
遺伝子: petA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1MZ11, quinol-cytochrome-c reductase

-
非ポリマー , 5種, 159分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.6 M AmS, 20% glycerol, 0.1 M Na-Ac pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 15 K / Ambient temp details: He cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1.2825 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2825 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.256
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 34104 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 7.09 % / Biso Wilson estimate: 21.741 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 15.94
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.7-1.87.0040.3034.7237318576153280.9640.32792.5
1.8-1.927.2150.216.9336586538850710.9850.22694.1
1.92-2.087.3050.15110.2734954503347850.9910.16295.1
2.08-2.286.9290.11313.7730607460844170.9930.12295.9
2.28-2.547.0170.09117.328383419640450.9960.09896.4
2.54-2.947.3860.0821.4626559369835960.9960.08697.2
2.94-3.597.1050.05729.4222018316230990.9980.06298
3.59-5.066.7140.04635.6816127243124020.9990.04998.8
5.06-506.9110.04736.139406137413610.9990.0599.1

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 33923
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
7-10044.80.75505
5.54-741.40.797508
4.75-5.5433.20.818608
4.22-4.7533.50.843698
3.84-4.2234.50.827757
3.54-3.8439.20.805822
3.31-3.5437.90.807895
3.11-3.3137.50.799963
2.95-3.11380.796975
2.81-2.9538.20.7641045
2.69-2.8140.50.7611075
2.58-2.6943.20.751159
2.48-2.5837.80.7631171
2.4-2.4840.60.7411251
2.32-2.440.60.7521206
2.25-2.3239.70.741316
2.19-2.2540.50.7271315
2.13-2.1940.90.7241393
2.07-2.1342.20.7191380
2.02-2.0744.90.7021412
1.98-2.0247.90.6771479
1.93-1.9847.80.681494
1.89-1.9348.50.6411498
1.85-1.89520.6081569
1.82-1.8553.20.591535
1.78-1.8257.30.5431626
1.75-1.7859.60.5271654
1.7-1.7562.60.4952614

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
SOLVE2.13位相決定
直接法7.0.078位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2885
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2341 1655 4.5 %
Rwork0.2037 61062 -
obs-34104 91.7 %
溶媒の処理Bsol: 57.4944 Å2
原子変位パラメータBiso max: 75 Å2 / Biso mean: 15.9042 Å2 / Biso min: 4.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.693 Å20 Å21.893 Å2
2--6.066 Å20 Å2
3----2.374 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2272 0 48 145 2465
Biso mean--46.09 19.1 -
残基数----292
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.9481.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7022
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.4312
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.4552.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.78 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.2962 -
Rwork0.2705 -
obs-7529
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION6so4.param
X-RAY DIFFRACTION7gol.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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