+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yr8 | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Lloviu cuevavirus nucleoprotein(1-450 residues)-RNA complex | |||||||||||||||||||||
![]() |
| |||||||||||||||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / nucleoprotein | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | Ebola nucleoprotein / Ebola nucleoprotein / viral RNA genome packaging / viral nucleocapsid / RNA / Nucleoprotein![]() | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Hu, S.F. / Fujita-Fujiharu, Y. / Sugita, Y. / Wendt, L. / Muramoto, Y. / Nakano, M. / Hoenen, T. / Noda, T. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryoelectron microscopic structure of the nucleoprotein-RNA complex of the European filovirus, Lloviu virus. 著者: Shangfan Hu / Yoko Fujita-Fujiharu / Yukihiko Sugita / Lisa Wendt / Yukiko Muramoto / Masahiro Nakano / Thomas Hoenen / Takeshi Noda / ![]() ![]() 要旨: Lloviu virus (LLOV) is a novel filovirus detected in Schreiber's bats in Europe. The isolation of the infectious LLOV from bats has raised public health concerns. However, the virological and ...Lloviu virus (LLOV) is a novel filovirus detected in Schreiber's bats in Europe. The isolation of the infectious LLOV from bats has raised public health concerns. However, the virological and molecular characteristics of LLOV remain largely unknown. The nucleoprotein (NP) of LLOV encapsidates the viral genomic RNA to form a helical NP-RNA complex, which acts as a scaffold for nucleocapsid formation and de novo viral RNA synthesis. In this study, using single-particle cryoelectron microscopy, we determined two structures of the LLOV NP-RNA helical complex, comprising a full-length and a C-terminally truncated NP. The two helical structures were identical, demonstrating that the N-terminal region determines the helical arrangement of the NP. The LLOV NP-RNA protomers displayed a structure similar to that in the Ebola and Marburg virus, but the spatial arrangements in the helix differed. Structure-based mutational analysis identified amino acids involved in the helical assembly and viral RNA synthesis. These structures advance our understanding of the filovirus nucleocapsid formation and provide a structural basis for the development of antifiloviral therapeutics. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 84.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 62.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 34049MC ![]() 7ypwC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 | ![]()
| x 90
2 |
|
3 |
|
対称性 | らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 90 / Rise per n subunits: 3.16 Å / Rotation per n subunits: -15.11 °) |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43197.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
---|---|
#2: RNA鎖 | 分子量: 1792.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Lloviu cuevavirus nucleoprotein (1-450 residues) RNA complex タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: JEC-3000FC / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: Apply 1.5 micro litters of sample from each side of the grid and blot for 6 seconds before plugging |
-
電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
---|---|
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 150000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3780 |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 |
-
解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 442067 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 399761 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7YPW PDB chain-ID: A / Accession code: 7YPW / Chain residue range: 20-406 / Pdb chain residue range: 20-406 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |