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万見
- PDB-7yr6: Cryo-EM structure of Pseudomonas aeruginosa RsmZ RNA in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yr6
タイトルCryo-EM structure of Pseudomonas aeruginosa RsmZ RNA in complex with two RsmA protein dimers
要素
  • RsmZ RNA
  • Translational regulator CsrA
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA-protein complex / RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of carbohydrate metabolic process / mRNA catabolic process / positive regulation of translational initiation / negative regulation of translational initiation / mRNA 5'-UTR binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translational regulator CsrA / Carbon storage regulator superfamily / Global regulator protein family
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Translational regulator CsrA
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Jia, X. / Pan, Z. / Yuan, Y. / Luo, B. / Luo, Y. / Mukherjee, S. / Jia, G. / Ling, X. / Yang, X. / Wu, Y. ...Jia, X. / Pan, Z. / Yuan, Y. / Luo, B. / Luo, Y. / Mukherjee, S. / Jia, G. / Ling, X. / Yang, X. / Wu, Y. / Liu, T. / Wei, X. / Bujnick, J.M. / Zhao, K. / Su, Z.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFA1301900 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070049 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970131 中国
Other government20822041D4057
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2023
タイトル: Structural basis of sRNA RsmZ regulation of Pseudomonas aeruginosa virulence.
著者: Xinyu Jia / Zhiling Pan / Yang Yuan / Bingnan Luo / Yongbo Luo / Sunandan Mukherjee / Guowen Jia / Liu Liu / Xiaobin Ling / Xiting Yang / Zhichao Miao / Xiawei Wei / Janusz M Bujnicki / Kelei ...著者: Xinyu Jia / Zhiling Pan / Yang Yuan / Bingnan Luo / Yongbo Luo / Sunandan Mukherjee / Guowen Jia / Liu Liu / Xiaobin Ling / Xiting Yang / Zhichao Miao / Xiawei Wei / Janusz M Bujnicki / Kelei Zhao / Zhaoming Su /
履歴
登録2022年8月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin
Item: _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Translational regulator CsrA
D: Translational regulator CsrA
C: Translational regulator CsrA
B: Translational regulator CsrA
A: RsmZ RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1945
ポリマ－63,1945
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance, native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Translational regulator CsrA / Carbon storage regulator


分子量: 6198.266 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: csrA, PAMH27_4484 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V6AK05
#2: RNA鎖 RsmZ RNA


分子量: 38400.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RNP1-4 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 59.7 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
13PHENIXモデル精密化
14Cootモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 211463 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
12MF0

2mf0

12MF01PDBexperimental model
24KJI

4kji

14KJI2PDBexperimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0034541
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.8166722
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.0452459
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.044871
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004412

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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