PDB-7yqb: Functional and Structural Characterization of Norovirus GII.6 in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yqb

タイトル

Functional and Structural Characterization of Norovirus GII.6 in Recognizing Histo-blood Group Antigens

要素

VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / proein

機能・相同性

Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / VP1

機能・相同性情報

生物種

Norovirus GII (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.704 Å

データ登録者

Cong, X. / Duan, Z.J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Virol Sin / 年: 2023
タイトル: Functional and structural characterization of Norovirus GII.6 in recognizing histo-blood group antigens.
著者: Cong, X. / Li, H.B. / Sun, X.M. / Qi, J.X. / Zhang, Q. / Duan, Z.J. / Xu, Y. / Liu, W.L.

履歴

登録	2022年8月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yqb.cif.gz	252.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yqb.ent.gz	202.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yqb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yqb_validation.pdf.gz	435.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yqb_full_validation.pdf.gz	440.7 KB	表示
XML形式データ	7yqb_validation.xml.gz	29.7 KB	表示
CIF形式データ	7yqb_validation.cif.gz	45.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/7yqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/7yqb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yqgC 4rlzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: VP1

B: VP1

69.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.444, 94.777, 109.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	VP1 / norovirus P domain protein 分子量: 34835.855 Da / 分子数: 2 / 変異: Q304P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norovirus GII (ウイルス) / 遺伝子: ORF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2U9GLY1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 710 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.87 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M calcium chloride dihydrate, 0.1 M sodium acetate trihydrate pH4.6, 20% (vol/vol) 2-propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 71255 / % possible obs: 92.72 % / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 24.843
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / Num. unique obs: 66173 / CC_1/2: 0.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4RLZ

4rlz

解像度: 1.704→47.389 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1943	3308	5 %
R_work	0.1725	62865	-
obs	0.1735	66173	92.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 109.7 Å² / B_iso mean: 18.8428 Å² / B_iso min: 4.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.704→47.389 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4656	0	0	710	5366
B_iso mean	-	-	-	26.79	-
残基数	-	-	-	-	599

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.728-1.7538	0.2297	109	0.221	1853	67
1.7538-1.7812	0.2418	98	0.2022	2009	71
1.7812-1.8104	0.215	105	0.1965	2128	77
1.8104-1.8416	0.2019	112	0.1908	2273	80
1.8751-1.9111	0.2032	123	0.1958	2514	90
1.9111-1.9502	0.2608	145	0.1897	2645	94
1.9502-1.9926	0.1947	134	0.1881	2719	97
1.9926-2.0389	0.192	141	0.184	2733	98
2.0389-2.0899	0.1951	148	0.1746	2807	100
2.0899-2.1464	0.2125	174	0.1776	2798	100
2.1464-2.2096	0.2197	130	0.1763	2822	100
2.2096-2.2809	0.2314	167	0.1719	2790	100
2.2809-2.3624	0.1986	150	0.1701	2803	100
2.3624-2.457	0.178	141	0.1761	2825	100
2.457-2.5688	0.1994	150	0.1809	2824	100
2.5688-2.7042	0.2116	144	0.1822	2845	100
2.7042-2.8736	0.2134	140	0.1856	2839	100
2.8736-3.0955	0.1936	122	0.17	2860	100
3.0955-3.4069	0.1704	157	0.1638	2864	100
3.4069-3.8997	0.1922	144	0.1513	2889	100
3.8997-4.9124	0.1428	159	0.1356	2890	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.177	-0.0952	0.0021	0.3279	0.1741	0.6841	-0.0142	-0.0154	0.0072	0.0421	0.0266	-0.029	-0.0344	0.0116	-0.06	0.0524	0.0025	-0.0048	0.0562	-0.0024	0.0672	80.7992	102.2513	24.5242
2	0.2601	-0.071	0.1295	0.2373	-0.0727	0.4936	0.0108	0.0136	0.0026	-0.0452	0.0096	0.0218	0.0485	-0.0528	-0.0127	0.0591	-0.0035	0.0012	0.0658	-0.0021	0.065	70.094	94.5604	4.6354

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	4 - 317
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	4 - 317

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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