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- PDB-7yqa: Crystal structure of D-threonine aldolase from Chlamydomonas rein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yqa
タイトルCrystal structure of D-threonine aldolase from Chlamydomonas reinhardtii
要素D-threonine aldolase
キーワードLYASE / aldolase / plp-dependent enzyme / D-amino acid metabolism
機能・相同性D-serine dehydratase-like domain / D-serine dehydratase-like domain superfamily / Putative serine dehydratase domain / Putative serine dehydratase domain / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / PLP-binding barrel / lyase activity / D-threonine aldolase
機能・相同性情報
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Hirato, Y. / Goto, M. / Mizobuchi, T. / Muramatsu, H. / Tanigawa, M. / Nishimura, K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2023
タイトル: Structure of pyridoxal 5'-phosphate-bound D-threonine aldolase from Chlamydomonas reinhardtii.
著者: Hirato, Y. / Goto, M. / Mizobuchi, T. / Muramatsu, H. / Tanigawa, M. / Nishimura, K.
履歴
登録2022年8月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-threonine aldolase
B: D-threonine aldolase
C: D-threonine aldolase
D: D-threonine aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,4988
ポリマ－181,4014
非ポリマー974
水12,358686
1
A: D-threonine aldolase
B: D-threonine aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,7494
ポリマ－90,7002
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6640 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area26550 Å2
手法PISA
2
C: D-threonine aldolase
D: D-threonine aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,7494
ポリマ－90,7002
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6750 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area26640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.792, 74.096, 89.939
Angle α, β, γ (deg.)77.070, 69.340, 71.930
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
D-threonine aldolase


分子量: 45350.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
プラスミド: pET41b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1C9ZZ39, D-threonine aldolase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 686 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.9 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 1540, 2-methyl-2,4-pentanediol, Magnesium nitrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→83.46 Å / Num. obs: 111548 / % possible obs: 88.6 % / 冗長度: 1.6 % / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.062 / Rsym value: 0.044 / Net I/av σ(I): 11.8 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.85-1.951.60.1425.426299168310.1420.2010.142391.3
1.95-2.071.60.1067.324805157630.1060.1490.1064.290.8
2.07-2.211.60.0789.323504148030.0780.1110.0785.990.4
2.21-2.391.60.06610.621991136970.0660.0930.0667.289.8
2.39-2.621.60.05712.120187124120.0570.0810.0578.488.9
2.62-2.931.60.04713.718452112000.0470.0660.04710.888
2.93-3.381.70.03815.61625496930.0380.0540.0381586.9
3.38-4.141.70.03217.81371380180.0320.0450.03219.885
4.14-5.851.70.0318.21054660520.030.0420.0320.883.1
5.85-42.2811.80.02423554930790.0240.0340.02420.577.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4V15

4v15


解像度: 1.85→83.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / WRfactor Rfree: 0.2565 / WRfactor Rwork: 0.2215 / FOM work R set: 0.845 / SU B: 3.494 / SU ML: 0.109 / SU R Cruickshank DPI: 0.2002 / SU Rfree: 0.1672 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 5566 5 %RANDOM
Rwork0.2171 ---
obs0.2187 105911 88.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.67 Å2 / Biso mean: 25.556 Å2 / Biso min: 9.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→83.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11654 0 4 686 12344
Biso mean--21.14 29.68 -
残基数----1584
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01911966
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3841.96716284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.24651605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.4223.443517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.484151796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.24615113
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21815
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219279
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 427 -
Rwork0.238 8059 -
all-8486 -
obs--91.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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