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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yqa | ||||||
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タイトル | Crystal structure of D-threonine aldolase from Chlamydomonas reinhardtii | ||||||
![]() | D-threonine aldolase | ||||||
![]() | LYASE / aldolase / plp-dependent enzyme / D-amino acid metabolism | ||||||
機能・相同性 | D-serine dehydratase-like domain / D-serine dehydratase-like domain superfamily / Putative serine dehydratase domain / Putative serine dehydratase domain / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / PLP-binding barrel / lyase activity / D-threonine aldolase![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hirato, Y. / Goto, M. / Mizobuchi, T. / Muramatsu, H. / Tanigawa, M. / Nishimura, K. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structure of pyridoxal 5'-phosphate-bound D-threonine aldolase from Chlamydomonas reinhardtii. 著者: Hirato, Y. / Goto, M. / Mizobuchi, T. / Muramatsu, H. / Tanigawa, M. / Nishimura, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 311.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 248.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4v15S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45350.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pET41b(+) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.9 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 1540, 2-methyl-2,4-pentanediol, Magnesium nitrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月27日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.85→83.46 Å / Num. obs: 111548 / % possible obs: 88.6 % / 冗長度: 1.6 % / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.062 / Rsym value: 0.044 / Net I/av σ(I): 11.8 / Net I/σ(I): 9.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4V15 解像度: 1.85→83.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / WRfactor Rfree: 0.2565 / WRfactor Rwork: 0.2215 / FOM work R set: 0.845 / SU B: 3.494 / SU ML: 0.109 / SU R Cruickshank DPI: 0.2002 / SU Rfree: 0.1672 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 80.67 Å2 / Biso mean: 25.556 Å2 / Biso min: 9.3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.85→83.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.898 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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