PDB-7ypr: Structural basis of a superoxide dismutase from a tardigrade, Ram...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ypr

タイトル

Structural basis of a superoxide dismutase from a tardigrade, Ramazzottius varieornatus strain YOKOZUNA-1.

要素

Superoxide dismutase [Cu-Zn]

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

superoxide dismutase (スーパーオキシドディスムターゼ) / SOD / CuZnSOD / Ramazzottius varieornatus / METAL BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

スーパーオキシドディスムターゼ /

superoxide dismutase activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ramazzottius varieornatus (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.101 Å

データ登録者

Sim, K.-S. / Fukuda, Y. / Inoue, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2023
タイトル: Structure of a superoxide dismutase from a tardigrade: Ramazzottius varieornatus strain YOKOZUNA-1.
著者: Sim, K.S. / Inoue, T.

履歴

登録	2022年8月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ypr.cif.gz	209.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ypr.ent.gz	166 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ypr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/7ypr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/7ypr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yppC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

ヘテロ分子

122 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

ヘテロ分子

D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.6 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

ヘテロ分子

F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.825, 105.825, 76.956
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ASN	ASN	TYR	TYR	A	A	31 - 193	31 - 193
2	1	1	ASN	ASN	TYR	TYR	B	B	31 - 193	31 - 193
3	2	2	VAL	VAL	VAL	VAL	A	A	30 - 194	30 - 194
4	2	2	VAL	VAL	VAL	VAL	C	C	30 - 194	30 - 194
5	3	3	ASN	ASN	TYR	TYR	A	A	31 - 193	31 - 193
6	3	3	ASN	ASN	TYR	TYR	D	D	31 - 193	31 - 193
7	4	4	VAL	VAL	VAL	VAL	A	A	30 - 194	30 - 194
8	4	4	VAL	VAL	VAL	VAL	E	E	30 - 194	30 - 194
9	5	5	VAL	VAL	VAL	VAL	A	A	30 - 194	30 - 194
10	5	5	VAL	VAL	VAL	VAL	F	F	30 - 194	30 - 194
11	6	6	ASN	ASN	TYR	TYR	B	B	31 - 193	31 - 193
12	6	6	ASN	ASN	TYR	TYR	C	C	31 - 193	31 - 193
13	7	7	ASN	ASN	VAL	VAL	B	B	31 - 194	31 - 194
14	7	7	ASN	ASN	VAL	VAL	D	D	31 - 194	31 - 194
15	8	8	ASN	ASN	TYR	TYR	B	B	31 - 193	31 - 193
16	8	8	ASN	ASN	TYR	TYR	E	E	31 - 193	31 - 193
17	9	9	ASN	ASN	TYR	TYR	B	B	31 - 193	31 - 193
18	9	9	ASN	ASN	TYR	TYR	F	F	31 - 193	31 - 193
19	10	10	ASN	ASN	TYR	TYR	C	C	31 - 193	31 - 193
20	10	10	ASN	ASN	TYR	TYR	D	D	31 - 193	31 - 193
21	11	11	VAL	VAL	VAL	VAL	C	C	30 - 194	30 - 194
22	11	11	VAL	VAL	VAL	VAL	E	E	30 - 194	30 - 194
23	12	12	VAL	VAL	VAL	VAL	C	C	30 - 194	30 - 194
24	12	12	VAL	VAL	VAL	VAL	F	F	30 - 194	30 - 194
25	13	13	ASN	ASN	TYR	TYR	D	D	31 - 193	31 - 193
26	13	13	ASN	ASN	TYR	TYR	E	E	31 - 193	31 - 193
27	14	14	ASN	ASN	TYR	TYR	D	D	31 - 193	31 - 193
28	14	14	ASN	ASN	TYR	TYR	F	F	31 - 193	31 - 193
29	15	15	VAL	VAL	VAL	VAL	E	E	30 - 194	30 - 194
30	15	15	VAL	VAL	VAL	VAL	F	F	30 - 194	30 - 194

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30

#1: タンパク質	Superoxide dismutase [Cu-Zn] 分子量: 20168.834 Da / 分子数: 6 / 変異: V87H / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ramazzottius varieornatus (無脊椎動物) 遺伝子: RvY_13070-1, RvY_13070.1, RvY_13070 / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) 参照: UniProt: A0A1D1VU85, スーパーオキシドディスムターゼ
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.17 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 18% PEG 6000, 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M Potassium chloride, and TCEP addictive

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→45.89 Å / Num. obs: 56839 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 25.7 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.051 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 18.4
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.225 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique obs: 4490 / CC_1/2: 0.954 / R_pim(I) all: 0.121 / R_rim(I) all: 0.256 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.101→45.866 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.188 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2281	2800	5.002 %
R_work	0.1803	53183	-
all	0.183	-	-
obs	-	55983	99.653 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.165 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.002 Å²	-0.001 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.002 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.005 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.101→45.866 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7210	0	13	427	7650

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	7641
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.487	1.626	10436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.48	5	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.702	21.994	321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.084	15	1153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.867	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1043
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5893
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	3513
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.321	0.2	5151
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	469
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.091	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.206	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.168	4.179	4119
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.83	6.218	5186
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.173	4.444	3522
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.227	6.489	5249
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.775	58.464	11402
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.155	0.05	4778
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.141	0.05	4993
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.158	0.05	4757
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.175	0.05	4757
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.157	0.05	4885
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.142	0.05	4851
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.147	0.05	4983
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.153	0.05	4892
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.162	0.05	4711
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.148	0.05	4617
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.168	0.05	4619
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.15	0.05	4748
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.154	0.05	4834
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.163	0.05	4627
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.185	0.05	4634

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15544	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15544	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14091	0.05008
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14091	0.05008
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1582	0.05007
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1582	0.05007
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17533	0.05007
4	8	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17533	0.05007
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15724	0.05007
5	10	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15724	0.05007
6	11	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14243	0.05008
6	12	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14243	0.05008
7	13	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14723	0.05008
7	14	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14723	0.05008
8	15	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15299	0.05007
8	16	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15299	0.05007
9	17	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16226	0.05007
9	18	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16226	0.05007
10	19	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14816	0.05007
10	20	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14816	0.05007
11	21	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16832	0.05006
11	22	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16832	0.05006
12	23	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15028	0.05007
12	24	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15028	0.05007
13	25	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15442	0.05007
13	26	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15442	0.05007
14	27	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1634	0.05007
14	28	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1634	0.05007
15	29	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.18527	0.05006
15	30	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.18527	0.05006

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.101-2.156	0.375	207	0.319	3933	X-RAY DIFFRACTION	99.3521
2.156-2.215	0.334	203	0.258	3839	X-RAY DIFFRACTION	99.5566
2.215-2.279	0.321	195	0.225	3721	X-RAY DIFFRACTION	99.6184
2.279-2.349	0.245	191	0.192	3624	X-RAY DIFFRACTION	99.6864
2.349-2.426	0.245	185	0.18	3508	X-RAY DIFFRACTION	99.7838
2.426-2.511	0.238	178	0.182	3384	X-RAY DIFFRACTION	99.8039
2.511-2.606	0.252	172	0.179	3275	X-RAY DIFFRACTION	99.8262
2.606-2.712	0.248	168	0.186	3189	X-RAY DIFFRACTION	99.881
2.712-2.833	0.276	159	0.185	3024	X-RAY DIFFRACTION	99.7806
2.833-2.971	0.25	153	0.194	2899	X-RAY DIFFRACTION	99.8691
2.971-3.131	0.253	143	0.186	2721	X-RAY DIFFRACTION	99.7215
3.131-3.321	0.229	137	0.186	2611	X-RAY DIFFRACTION	99.2058
3.321-3.55	0.224	129	0.181	2452	X-RAY DIFFRACTION	99.8453
3.55-3.834	0.232	120	0.168	2269	X-RAY DIFFRACTION	99.7911
3.834-4.199	0.181	110	0.147	2088	X-RAY DIFFRACTION	99.6825
4.199-4.693	0.141	99	0.133	1894	X-RAY DIFFRACTION	99.4511
4.693-5.417	0.169	88	0.15	1658	X-RAY DIFFRACTION	99.4305
5.417-6.629	0.25	74	0.19	1407	X-RAY DIFFRACTION	99.396
6.629-9.35	0.215	58	0.2	1097	X-RAY DIFFRACTION	99.6549
9.35-45.866	0.231	31	0.195	590	X-RAY DIFFRACTION	98.8854

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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