PDB-7ypp: Structural basis of a superoxide dismutase from a tardigrade, Ram...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ypp

タイトル

Structural basis of a superoxide dismutase from a tardigrade, Ramazzottius varieornatus strain YOKOZUNA-1.

要素

Superoxide dismutase [Cu-Zn]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / superoxide dismutase / SOD / CuZnSOD / Ramazzottius varieornatus / METAL BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ramazzottius varieornatus (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Sim, K.-S. / Fukuda, Y. / Inoue, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2023
タイトル: Structure of a superoxide dismutase from a tardigrade: Ramazzottius varieornatus strain YOKOZUNA-1.
著者: Sim, K.S. / Inoue, T.

履歴

登録	2022年8月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ypp.cif.gz	198.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ypp.ent.gz	157.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ypp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ypp_validation.pdf.gz	6.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ypp_full_validation.pdf.gz	6.1 MB	表示
XML形式データ	7ypp_validation.xml.gz	39.1 KB	表示
CIF形式データ	7ypp_validation.cif.gz	56 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/7ypp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/7ypp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yprC 1to4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

ヘテロ分子

122 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

ヘテロ分子

F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.102, 68.049, 68.135
Angle α, β, γ (deg.)	94.895, 108.385, 114.400
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	VAL	VAL	VAL	VAL	A	A	30 - 194	30 - 194
2	1	1	VAL	VAL	VAL	VAL	C	B	30 - 194	30 - 194
3	2	2	VAL	VAL	VAL	VAL	A	A	30 - 194	30 - 194
4	2	2	VAL	VAL	VAL	VAL	D	C	30 - 194	30 - 194
5	3	3	LEU	LEU	TYR	TYR	A	A	33 - 193	33 - 193
6	3	3	LEU	LEU	TYR	TYR	E	D	33 - 193	33 - 193
7	4	4	VAL	VAL	VAL	VAL	A	A	30 - 194	30 - 194
8	4	4	VAL	VAL	VAL	VAL	B	E	30 - 194	30 - 194
9	5	5	PHE	PHE	TYR	TYR	A	A	34 - 193	34 - 193
10	5	5	PHE	PHE	TYR	TYR	F	F	34 - 193	34 - 193
11	6	6	VAL	VAL	VAL	VAL	C	B	30 - 194	30 - 194
12	6	6	VAL	VAL	VAL	VAL	D	C	30 - 194	30 - 194
13	7	7	LEU	LEU	VAL	VAL	C	B	33 - 194	33 - 194
14	7	7	LEU	LEU	VAL	VAL	E	D	33 - 194	33 - 194
15	8	8	VAL	VAL	VAL	VAL	C	B	30 - 194	30 - 194
16	8	8	VAL	VAL	VAL	VAL	B	E	30 - 194	30 - 194
17	9	9	PHE	PHE	TYR	TYR	C	B	34 - 193	34 - 193
18	9	9	PHE	PHE	TYR	TYR	F	F	34 - 193	34 - 193
19	10	10	LEU	LEU	TYR	TYR	D	C	33 - 193	33 - 193
20	10	10	LEU	LEU	TYR	TYR	E	D	33 - 193	33 - 193
21	11	11	VAL	VAL	VAL	VAL	D	C	30 - 194	30 - 194
22	11	11	VAL	VAL	VAL	VAL	B	E	30 - 194	30 - 194
23	12	12	PHE	PHE	TYR	TYR	D	C	34 - 193	34 - 193
24	12	12	PHE	PHE	TYR	TYR	F	F	34 - 193	34 - 193
25	13	13	LEU	LEU	TYR	TYR	E	D	33 - 193	33 - 193
26	13	13	LEU	LEU	TYR	TYR	B	E	33 - 193	33 - 193
27	14	14	PHE	PHE	VAL	VAL	E	D	34 - 194	34 - 194
28	14	14	PHE	PHE	VAL	VAL	F	F	34 - 194	34 - 194
29	15	15	PHE	PHE	TYR	TYR	B	E	34 - 193	34 - 193
30	15	15	PHE	PHE	TYR	TYR	F	F	34 - 193	34 - 193

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30

#1: タンパク質	Superoxide dismutase [Cu-Zn] 分子量: 20129.818 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ramazzottius varieornatus (無脊椎動物) 遺伝子: RvY_13070-1 / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: A0A1D1VU85, superoxide dismutase
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.08 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 26% PEG 8000, 0.1 M MES pH 6.0, 0.2 M calcium acetate, TCEP addictive

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 1.28 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.28 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→45.37 Å / Num. obs: 48587 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 27.5 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.1 / R_pim(I) all: 0.1 / R_rim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.677 / Num. unique obs: 13486 / CC_1/2: 0.596 / R_pim(I) all: 0.677 / R_rim(I) all: 0.957 / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MrBUMP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1TO4

1to4

解像度: 2.2→45.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.314 / ESU R Free: 0.216 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2343	2354	4.862 %
R_work	0.1981	46066	-
all	0.2	-	-
obs	-	48420	96.045 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.538 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	-0.004 Å²	0.001 Å²
2-	-	-0.006 Å²	-0.004 Å²
3-	-	-	0.004 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7069	0	14	498	7581

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	7268
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.241	1.629	9888
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.577	5	975
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.91	22.027	301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.429	15	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.92	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	991
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5493
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	3201
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	4913
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	538
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.066	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.299	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.502	3.217	3915
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.749	4.813	4885
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.217	3.437	3353
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.499	5.035	5003
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.992	45.362	10735
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.102	0.05	4678
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.089	0.05	4886
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.093	0.05	4712
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.101	0.05	4762
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.078	0.05	4639
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.098	0.05	4720
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.105	0.05	4513
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.071	0.05	4789
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.102	0.05	4468
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.093	0.05	4666
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.093	0.05	4807
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.094	0.05	4557
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.101	0.05	4610
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.076	0.05	4680
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.099	0.05	4556

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10238	0.05009
1	2	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10238	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08866	0.0501
2	4	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08866	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09252	0.0501
3	6	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09252	0.0501
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10147	0.05009
4	8	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10147	0.05009
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07758	0.0501
5	10	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07758	0.0501
6	11	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0984	0.0501
6	12	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0984	0.0501
7	13	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10484	0.05009
7	14	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10484	0.05009
8	15	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07094	0.05011
8	16	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07094	0.05011
9	17	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10203	0.05009
9	18	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10203	0.05009
10	19	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.093	0.0501
10	20	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.093	0.0501
11	21	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09322	0.0501
11	22	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09322	0.0501
12	23	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09372	0.0501
12	24	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09372	0.0501
13	25	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10082	0.0501
13	26	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10082	0.0501
14	27	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07571	0.0501
14	28	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07571	0.0501
15	29	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09946	0.0501
15	30	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09946	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.257	0.323	186	0.277	3268	X-RAY DIFFRACTION	93.7568
2.257-2.319	0.283	182	0.264	3194	X-RAY DIFFRACTION	93.6477
2.319-2.386	0.301	173	0.255	3163	X-RAY DIFFRACTION	93.2886
2.386-2.459	0.264	140	0.248	3095	X-RAY DIFFRACTION	95.0073
2.459-2.54	0.319	161	0.253	3055	X-RAY DIFFRACTION	95.8855
2.54-2.629	0.304	149	0.24	2979	X-RAY DIFFRACTION	96.5432
2.629-2.728	0.234	144	0.217	2841	X-RAY DIFFRACTION	96.4771
2.728-2.839	0.242	130	0.215	2749	X-RAY DIFFRACTION	96.7406
2.839-2.965	0.279	143	0.218	2626	X-RAY DIFFRACTION	96.5481
2.965-3.109	0.24	133	0.205	2500	X-RAY DIFFRACTION	96.5176
3.109-3.277	0.277	111	0.187	2409	X-RAY DIFFRACTION	96.404
3.277-3.475	0.202	116	0.186	2253	X-RAY DIFFRACTION	96.4969
3.475-3.714	0.186	114	0.174	2125	X-RAY DIFFRACTION	97.5599
3.714-4.011	0.2	109	0.172	2059	X-RAY DIFFRACTION	98.1884
4.011-4.392	0.191	84	0.154	1835	X-RAY DIFFRACTION	97.6094
4.392-4.907	0.208	89	0.145	1679	X-RAY DIFFRACTION	98.3315
4.907-5.661	0.215	72	0.173	1480	X-RAY DIFFRACTION	97.5487
5.661-6.919	0.16	50	0.195	1220	X-RAY DIFFRACTION	96.7988
6.919-9.725	0.231	43	0.187	990	X-RAY DIFFRACTION	98.0076
9.725-45.3	0.186	25	0.218	532	X-RAY DIFFRACTION	96.5338

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
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