PDB-7ypm: Crystal structure of transaminase CC1012 complexed with PLP and L...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ypm

タイトル

Crystal structure of transaminase CC1012 complexed with PLP and L-alanine

要素

Aspartate aminotransferase family protein

キーワード

TRANSFERASE / Complex / Tranaminase

機能・相同性

機能・相同性情報

transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Caulobacter sp. D5 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.984 Å

データ登録者

Yang, L. / Wang, H. / Wei, D.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Mechanism-Guided Computational Design of omega-Transaminase by Reprograming of High-Energy-Barrier Steps.
著者: Yang, L. / Zhang, K. / Xu, M. / Xie, Y. / Meng, X. / Wang, H. / Wei, D.

履歴

登録	2022年8月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ypm.cif.gz	382.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ypm.ent.gz	308.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ypm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ypm_validation.pdf.gz	514.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ypm_full_validation.pdf.gz	524.6 KB	表示
XML形式データ	7ypm_validation.xml.gz	76 KB	表示
CIF形式データ	7ypm_validation.cif.gz	109.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/7ypm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/7ypm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ypnC 6gwiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aspartate aminotransferase family protein

B: Aspartate aminotransferase family protein

C: Aspartate aminotransferase family protein

D: Aspartate aminotransferase family protein

ヘテロ分子

209 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aspartate aminotransferase family protein

ヘテロ分子

C: Aspartate aminotransferase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Aspartate aminotransferase family protein

D: Aspartate aminotransferase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.968, 79.272, 173.845
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.310, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and resid 502)
2	1	(chain B and resid 502)
3	1	(chain D and resid 502)
4	1	(chain D and resid 503)
5	1	(chain B and resid 503)
6	1	(chain C and resid 503)
1	2	(chain A and (resid 8 through 420 or resid 422 through 461))
2	2	(chain B and (resid 8 through 420 or resid 422 through 461))
3	2	(chain C and (resid 8 through 420 or resid 422 through 461))
4	2	(chain D and (resid 8 through 420 or resid 422 through 461))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	(chain A and resid 502)
2	1	1	(chain B and resid 502)
3	1	1	(chain D and resid 502)
4	1	1	(chain D and resid 503)
5	1	1	(chain B and resid 503)
6	1	1	(chain C and resid 503)
1	1	2	(chain A and (resid 8 through 420 or resid 422 through 461))
1	2	2	(chain A and (resid 8 through 420 or resid 422 through 461))
2	1	2	(chain B and (resid 8 through 420 or resid 422 through 461))
2	2	2	(chain B and (resid 8 through 420 or resid 422 through 461))
3	1	2	(chain C and (resid 8 through 420 or resid 422 through 461))
3	2	2	(chain C and (resid 8 through 420 or resid 422 through 461))
4	1	2	(chain D and (resid 8 through 420 or resid 422 through 461))
4	2	2	(chain D and (resid 8 through 420 or resid 422 through 461))

NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Aspartate aminotransferase family protein 分子量: 51943.254 Da / 分子数: 4 / 変異: D44E, Y138F, P192Q, T377V, A448R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Caulobacter sp. D5 (バクテリア) / 遺伝子: DMC18_08975 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A318BC23

-
非ポリマー , 5種, 1300分子

#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-ALA / ALANINE / アラニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.07 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.69 詳細: 100 mM Tris-HCl, pH 8.69, 0.8 M LiCl, 29% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.984→50 Å / Num. obs: 117255 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.936 / Net I/σ(I): 11.762
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 5815 / CC_1/2: 0.936 / CC star: 0.983 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.12_2829	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6GWI

6gwi

解像度: 1.984→46.606 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 40.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2369	5909	5.05 %
R_work	0.216	111030	-
obs	0.2171	116939	98.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.33 Å² / B_iso mean: 26.501 Å² / B_iso min: 10.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.984→46.606 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13944	0	107	1288	15339
B_iso mean	-	-	28.99	35.17	-
残基数	-	-	-	-	1816

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	14380
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.776	19472
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	2107
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2552
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.445	9297

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	6	X-RAY DIFFRACTION	5.159	TORSIONAL
1	2	B	6	X-RAY DIFFRACTION	5.159	TORSIONAL
1	3	D	6	X-RAY DIFFRACTION	5.159	TORSIONAL
1	4	D	6	X-RAY DIFFRACTION	5.159	TORSIONAL
1	5	B	6	X-RAY DIFFRACTION	5.159	TORSIONAL
1	6	C	6	X-RAY DIFFRACTION	5.159	TORSIONAL
2	1	A	8693	X-RAY DIFFRACTION	5.159	TORSIONAL
2	2	B	8693	X-RAY DIFFRACTION	5.159	TORSIONAL
2	3	C	8693	X-RAY DIFFRACTION	5.159	TORSIONAL
2	4	D	8693	X-RAY DIFFRACTION	5.159	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.9843-2.0068	0.3424	165	0.3024	2575	70
2.0068-2.0304	0.3705	211	0.2988	3734	100
2.0304-2.0552	0.3021	222	0.2953	3678	100
2.0552-2.0812	0.279	206	0.2767	3729	100
2.0812-2.1086	0.2731	186	0.2544	3688	100
2.1086-2.1375	0.2889	178	0.2477	3798	100
2.1375-2.168	0.2608	175	0.2418	3708	100
2.168-2.2004	0.2427	193	0.2441	3775	100
2.2004-2.2348	0.2685	215	0.2454	3643	100
2.2348-2.2714	0.2526	200	0.2355	3755	100
2.2714-2.3106	0.2511	174	0.2272	3760	100
2.3106-2.3526	0.2299	199	0.2247	3748	100
2.3526-2.3978	0.262	175	0.2285	3738	100
2.3978-2.4468	0.2855	195	0.2171	3724	100
2.4468-2.5	0.2617	186	0.2164	3726	100
2.5-2.5581	0.2399	201	0.2124	3788	100
2.5581-2.6221	0.2681	152	0.2131	3741	100
2.6221-2.693	0.2142	194	0.2069	3727	100
2.693-2.7722	0.2328	195	0.2042	3757	100
2.7722-2.8617	0.2431	188	0.2095	3730	100
2.8617-2.9639	0.2156	222	0.2086	3714	100
2.9639-3.0826	0.2263	233	0.1962	3730	100
3.0826-3.2229	0.2171	222	0.1949	3709	100
3.2229-3.3927	0.216	192	0.1921	3760	100
3.3927-3.6052	0.2006	187	0.1978	3758	100
3.6052-3.8835	0.193	204	0.1883	3739	100
3.8835-4.274	0.1862	202	0.1954	3788	100
4.274-4.8919	0.2406	188	0.1996	3786	100
4.8919-6.161	0.2554	209	0.2216	3767	100
6.161-46.606	0.2519	240	0.2361	3757	97

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 5種, 1300分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-非ポリマー , 5種, 1300分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 5種, 1300分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)