PDB-7ypf: Crystal structure of AsfvPCNA in space group of P1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ypf

タイトル

Crystal structure of AsfvPCNA in space group of P1

要素

E301R

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / sliding clamp / Proliferating cell nuclear antigen

機能・相同性

: / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / Uncharacterized protein E301R

機能・相同性情報

生物種

African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Shao, Z.W. / Gan, J.H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2023
タイトル: Structural and functional studies of PCNA from African swine fever virus.
著者: Shao, Z. / Yang, J. / Gao, Y. / Zhang, Y. / Zhao, X. / Shao, Q. / Zhang, W. / Cao, C. / Liu, H. / Gan, J.

履歴

登録	2022年8月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ypf.cif.gz	672.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ypf.ent.gz	557.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ypf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ypf_validation.pdf.gz	479 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ypf_full_validation.pdf.gz	504.3 KB	表示
XML形式データ	7ypf_validation.xml.gz	57.5 KB	表示
CIF形式データ	7ypf_validation.cif.gz	76.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/7ypf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/7ypf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ypeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

A: E301R

B: E301R

C: E301R

D: E301R

E: E301R

F: E301R

215 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: E301R

B: E301R

C: E301R

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
107 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: E301R

E: E301R

F: E301R

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.659, 118.873, 118.843
Angle α, β, γ (deg.)	60.03, 89.98, 89.96
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	E301R / PE301R / Proliferating cell nuclear antigen-like protein / PCNA 分子量: 35818.859 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) 遺伝子: E301R, AFSV47Ss_0191, ASFVARMWT4_00138 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A1E3R5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.9 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Sodium chloride, 0.1 M BICINE pH 9.0, 20% v/v PEG550

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 87599 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 32.17 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.061 / Χ²: 0.817 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 286920

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.5-2.59	2.8	0.406	8393	0.68	0.28	0.496	0.897	93.3
2.59-2.69	3.1	0.324	8716	0.81	0.213	0.389	0.933	97.3
2.69-2.82	3.2	0.242	8741	0.903	0.156	0.289	0.912	97.3
2.82-2.96	3.2	0.168	8786	0.979	0.109	0.201	0.915	97.6
2.96-3.15	3.1	0.119	8596	0.972	0.077	0.143	0.911	96.1
3.15-3.39	3.4	0.079	8935	0.988	0.049	0.093	0.883	98.4
3.39-3.73	3.5	0.055	8819	0.992	0.034	0.065	0.829	98.3
3.73-4.27	3.3	0.042	8806	0.994	0.026	0.05	0.709	98.1
4.27-5.38	3.6	0.038	8907	0.995	0.023	0.044	0.68	99.2
5.38-30	3.5	0.039	8900	0.995	0.024	0.045	0.59	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.1_4122: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
iMOSFLM		データ削減
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→29.73 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.05 / 位相誤差: 23.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2325	4429	5.27 %
R_work	0.2082	-	-
obs	0.2094	84025	93.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13825	0	0	110	13935

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	14154
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.019	19080
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.07	1812
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	2154
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.015	2400

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.53	0.2614	107	0.2514	1305	X-RAY DIFFRACTION	47
2.53-2.56	0.2751	74	0.265	1653	X-RAY DIFFRACTION	58
2.56-2.59	0.3512	36	0.2608	2259	X-RAY DIFFRACTION	76
2.59-2.62	0.2602	74	0.248	2643	X-RAY DIFFRACTION	88
2.62-2.65	0.2514	102	0.2363	2535	X-RAY DIFFRACTION	93
2.65-2.69	0.3129	212	0.2442	2640	X-RAY DIFFRACTION	95
2.69-2.73	0.2886	200	0.232	2789	X-RAY DIFFRACTION	96
2.73-2.77	0.2446	240	0.223	2611	X-RAY DIFFRACTION	97
2.77-2.81	0.2593	144	0.2274	2684	X-RAY DIFFRACTION	97
2.81-2.86	0.2446	167	0.2291	2820	X-RAY DIFFRACTION	98
2.86-2.91	0.3099	196	0.2394	2716	X-RAY DIFFRACTION	97
2.91-2.96	0.2599	153	0.248	2733	X-RAY DIFFRACTION	98
2.96-3.02	0.2756	159	0.2253	2732	X-RAY DIFFRACTION	97
3.02-3.08	0.3221	200	0.2344	2676	X-RAY DIFFRACTION	97
3.08-3.15	0.2166	116	0.2262	2725	X-RAY DIFFRACTION	95
3.15-3.22	0.3008	169	0.2116	2848	X-RAY DIFFRACTION	98
3.22-3.3	0.2294	155	0.2091	2753	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3-3.39	0.2435	119	0.2092	2880	X-RAY DIFFRACTION	98
3.39-3.49	0.2485	206	0.2176	2709	X-RAY DIFFRACTION	98
3.49-3.6	0.2664	120	0.2142	2816	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6-3.73	0.2426	95	0.1942	2870	X-RAY DIFFRACTION	99
3.73-3.88	0.2263	148	0.2079	2805	X-RAY DIFFRACTION	98
3.88-4.05	0.2093	161	0.1952	2755	X-RAY DIFFRACTION	98
4.05-4.27	0.1825	160	0.1862	2764	X-RAY DIFFRACTION	98
4.27-4.53	0.1295	143	0.1521	2854	X-RAY DIFFRACTION	99
4.54-4.88	0.1945	168	0.1587	2780	X-RAY DIFFRACTION	99
4.88-5.37	0.2905	138	0.1937	2831	X-RAY DIFFRACTION	99
5.37-6.14	0.2036	117	0.2143	2843	X-RAY DIFFRACTION	99
6.14-7.71	0.2613	235	0.2386	2754	X-RAY DIFFRACTION	99
7.72-29.73	0.127	115	0.1985	2813	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -8.6819 Å / Origin y: 87.8083 Å / Origin z: 53.5055 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1711 Å²	-0.0157 Å²	-0.0079 Å²	-	0.2014 Å²	0.0079 Å²	-	-	0.1917 Å²
L	0.0515 °²	-0.0708 °²	-0.0372 °²	-	0.229 °²	0.1177 °²	-	-	0.1061 °²
S	-0.0039 Å °	-0.0005 Å °	-0.0053 Å °	0.0042 Å °	0.0004 Å °	0.0123 Å °	0.0035 Å °	-0.0043 Å °	0.0055 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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