PDB-7ypd: Discovery and characterization of a new carbonyl reductase from R...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ypd

タイトル

Discovery and characterization of a new carbonyl reductase from Rhodotorula toluroides reducing fluoroketones, and X-ray analysis of the variant by rational engineering

要素

Carbonyl reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Carbonyl reductase / dimer / short-chain-reductase / fluorinated ketone reductase

機能・相同性

short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / RHTO0S28e01354g1_1

機能・相同性情報

生物種

Rhodotorula toruloides (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.27 Å

データ登録者

Watanabe, Y. / Asano, Y. / Hibi, M.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Discovery and characterization of a new carbonyl reductase from Rhodotorula toluroides reducing fluoroketones, and X-ray analysis of the variant by rational engineering
著者: Watanabe, Y. / Asano, Y. / Hibi, M.

履歴

登録	2022年8月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ypd.cif.gz	143.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ypd.ent.gz	89.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ypd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/7ypd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/7ypd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wxbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Carbonyl reductase

A: Carbonyl reductase

ヘテロ分子

53.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.362, 65.084, 79.769
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.834, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Carbonyl reductase 分子量: 26727.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodotorula toruloides (菌類) / 遺伝子: RHTO0S_28e01354g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A061BJP9
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 559 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM Tris-Hydroxychloride pH8.5, 30%(w/v)PEG4,000, Magnesium Chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.267→40.56 Å / Num. obs: 106918 / % possible obs: 92.29 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 14.85 Å² / R_sym value: 0.067 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 1.267→1.312 Å / Num. unique obs: 5789 / R_sym value: 0.923

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WXB

3wxb

解像度: 1.27→40.56 Å / SU ML: 0.1603 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.3985
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1999	5445	5.09 %
R_work	0.1745	101473	-
obs	0.1759	106918	92.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.27→40.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3554	0	3	559	4116

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0061	3792
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9061	5194
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	615
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	677
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.2603	542

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.27-1.28	0.3577	77	0.3737	1220	X-RAY DIFFRACTION	33.49
1.28-1.3	0.3764	103	0.3617	1984	X-RAY DIFFRACTION	54.65
1.3-1.31	0.3744	141	0.3458	2264	X-RAY DIFFRACTION	62.08
1.31-1.33	0.3817	137	0.3529	2580	X-RAY DIFFRACTION	70.94
1.33-1.35	0.3513	153	0.3323	2853	X-RAY DIFFRACTION	78.24
1.35-1.36	0.3677	157	0.3252	3082	X-RAY DIFFRACTION	84.88
1.36-1.38	0.35	179	0.3096	3332	X-RAY DIFFRACTION	90.96
1.38-1.41	0.2874	193	0.2959	3468	X-RAY DIFFRACTION	95.29
1.41-1.43	0.2992	210	0.2871	3621	X-RAY DIFFRACTION	99.12
1.43-1.45	0.3078	196	0.2654	3701	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.45-1.48	0.2513	180	0.2478	3641	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.48-1.5	0.2823	182	0.2401	3651	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.5-1.53	0.2517	192	0.2241	3649	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.53-1.56	0.2214	210	0.2122	3652	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.56-1.6	0.2584	183	0.2022	3660	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.6-1.63	0.2089	183	0.1935	3653	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.63-1.67	0.2257	175	0.1919	3689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.72	0.2178	201	0.189	3652	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.72-1.77	0.1879	182	0.1879	3669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.83	0.1997	179	0.1776	3662	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.83-1.89	0.2117	196	0.1814	3665	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.89-1.97	0.1944	188	0.1683	3693	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.97-2.06	0.1813	209	0.16	3668	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.06-2.17	0.1819	199	0.161	3667	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.17-2.3	0.174	194	0.1477	3643	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.3-2.48	0.1671	211	0.1523	3648	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.48-2.73	0.2005	198	0.1613	3699	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.73-3.12	0.1949	204	0.1582	3692	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.12-3.94	0.1698	216	0.1389	3671	X-RAY DIFFRACTION	99.51
3.94-40.56	0.1645	217	0.142	3744	X-RAY DIFFRACTION	99.82

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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