PDB-7yol: Crystal structure of tetra mutant (D67E, A68P, L98I, A301S) of O-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yol

タイトル

Crystal structure of tetra mutant (D67E, A68P, L98I, A301S) of O-acetylserine sulfhydrylase from Haemophilus influenzae in complex with high-affinity inhibitory peptide of serine acetyltransferase from Haemophilus influenzae at 2.4 A

要素

Cysteine synthase
Peptide from Serine acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Tetra mutant (D67E / A68P / L98I / A301S) / O-acetylserine sulfhydrylase / Haemophilus influenzae / high-affinity inhibitory peptide of serine acetyltransferase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

serine O-acetyltransferase / serine O-acetyltransferase activity / cysteine synthase / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Saini, N. / Kumar, N. / Rahisuddin, R. / Singh, A.K.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of tetra mutant (D67E, A68P, L98I, A301S) of O-acetylserine sulfhydrylase from Haemophilus influenzae in complex with high-affinity inhibitory peptide from serine ...
著者: Kumar, N. / Rahisuddin, R. / Saini, N. / Singh, A.K.

履歴

登録	2022年8月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yol.cif.gz	72.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yol.ent.gz	52.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yol.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/7yol ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/7yol	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1y7lS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (5) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Cysteine synthase

B: Peptide from Serine acetyltransferase

34.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cysteine synthase

B: Peptide from Serine acetyltransferase

A: Cysteine synthase

B: Peptide from Serine acetyltransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Dimer in solution
69 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.370, 112.370, 45.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

#1: タンパク質	Cysteine synthase / CSase / O-acetylserine (thiol)-lyase / OAS-TL / O-acetylserine sulfhydrylase / O-acetyl-L-serine sulfhydrylase 分子量: 33707.527 Da / 分子数: 1 / 変異: D67E, A68P, L98I, A301S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌) 遺伝子: cysK, HI_1103 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P45040, cysteine synthase
#2: タンパク質・ペプチド	Peptide from Serine acetyltransferase / SAT 分子量: 775.872 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌) 参照: UniProt: P43886
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.76 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES, 1.3M Sodium Citrate / PH範囲: 7.3-7.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54179 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年5月29日
放射	モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→42.33 Å / Num. obs: 11361 / % possible obs: 99.54 % / 冗長度: 15.5 % / CC_1/2: 0.886 / CC star: 0.969 / Net I/σ(I): 126.45
反射シェル	解像度: 2.5→2.589 Å / Num. unique obs: 970 / CC_1/2: 0.835

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1Y7L

1y7l

解像度: 2.4→42.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 6.489 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.579 / ESU R Free: 0.227
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1968	584	5.141 %
R_work	0.1679	10775	-
all	0.169	-	-
obs	-	11361	99.965 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.251 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.757 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.757 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.513 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→42.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2335	0	0	58	2393

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2370
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.559	1.633	3212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.187	5	310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.939	22.424	99
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.747	15	409
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.996	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	328
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1730
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	1654
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.152	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.318	2.802	1246
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.518	4.184	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.513	3.046	1124
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.044	4.394	1658
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.272	52.064	10262

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.53	0.263	44	0.188	768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.603	0.229	51	0.181	733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.603-2.683	0.199	43	0.173	752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.683-2.771	0.191	32	0.165	680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.771-2.868	0.276	27	0.177	702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.868-2.976	0.172	27	0.177	662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.976-3.097	0.222	40	0.173	636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.097-3.235	0.273	29	0.18	617	X-RAY DIFFRACTION	100
3.235-3.393	0.204	40	0.169	566	X-RAY DIFFRACTION	100
3.393-3.576	0.203	27	0.165	563	X-RAY DIFFRACTION	99.8308
3.576-3.792	0.196	27	0.161	530	X-RAY DIFFRACTION	100
3.792-4.053	0.16	31	0.153	498	X-RAY DIFFRACTION	100
4.053-4.377	0.158	25	0.146	456	X-RAY DIFFRACTION	100
4.377-4.793	0.188	29	0.144	420	X-RAY DIFFRACTION	99.7778
4.793-5.357	0.165	24	0.166	387	X-RAY DIFFRACTION	100
5.357-6.181	0.219	11	0.19	358	X-RAY DIFFRACTION	100
6.181-7.559	0.145	4	0.212	310	X-RAY DIFFRACTION	100
7.559-10.641	0.141	19	0.128	222	X-RAY DIFFRACTION	100
10.641-41.3	0.137	3	0.161	142	X-RAY DIFFRACTION	99.3151

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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