PDB-7yok: Crystal Structure of Tetra mutant (D67E, A68P, L98I, A301S) tetra...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yok

タイトル

Crystal Structure of Tetra mutant (D67E, A68P, L98I, A301S) tetra mutant of O-acetyl-L-serine sulfhydrylase from Haemophilus influenzae at 2.8 A

要素

Cysteine synthase

キーワード

TRANSFERASE / Tetra mutant (D67E / A68P / L98I / A301S) / O-acetyl-L-serine sulfhydrylase / Haemophilus influenzae

機能・相同性

機能・相同性情報

L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine synthase / cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.799 Å

データ登録者

Saini, N. / Kumar, N. / Rahisuddin, R. / Singh, A.K.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Tetra mutant (D67E, A68P, L98I, A301S) tetra mutant of O-acetyl-L-serine sulfhydrylase from Haemophilus influenzae at 2.8 A
著者: Kumar, N. / Rahisuddin, R. / Saini, N. / Singh, A.K.

履歴

登録	2022年8月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yok.cif.gz	70.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yok.ent.gz	51.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yok.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yok_validation.pdf.gz	408.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yok_full_validation.pdf.gz	410.4 KB	表示
XML形式データ	7yok_validation.xml.gz	8.4 KB	表示
CIF形式データ	7yok_validation.cif.gz	11.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/7yok ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/7yok	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1y7lS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Cysteine synthase

33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cysteine synthase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Dimer in solution
67.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.043, 113.043, 44.343
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

#1: タンパク質	Cysteine synthase / CSase / O-acetylserine (thiol)-lyase / OAS-TL / O-acetylserine sulfhydrylase / O-acetyl-L-serine sulfhydrylase 分子量: 33707.527 Da / 分子数: 1 / 変異: D67E, A68P, L98I, A301S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌) 遺伝子: cysK, HI_1103 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P45040, cysteine synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.7 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES, 1.3M Sodium Citrate / PH範囲: 7.3-7.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54179 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年9月11日
放射	モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→39.97 Å / Num. obs: 6815 / % possible obs: 87.33 % / 冗長度: 1.1 % / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 31.05
反射シェル	解像度: 2.802→2.902 Å / Mean I/σ(I) obs: 12.88 / Num. unique obs: 505 / CC_1/2: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1Y7L

1y7l

解像度: 2.799→39.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.912 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 18.843 / SU ML: 0.371 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.493
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.265	294	4.747 %
R_work	0.2286	5900	-
all	0.23	-	-
obs	-	6194	87.154 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75.712 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.107 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-7.107 Å²	0 Å²
3-	-	-	14.213 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.799→39.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2286	0	0	14	2300

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	2320
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.505	1.634	3144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.242	5	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.682	22.396	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.897	15	402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.026	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	321
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1695
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	1019
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	1612
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.318	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.243	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.801	7.556	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	11.922	11.307	1532
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.022	7.625	1093
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	13.127	11.302	1612
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	19.185	142.785	9932

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.799-2.871	0.267	12	0.201	353	X-RAY DIFFRACTION	69.26
2.871-2.95	0.301	15	0.24	365	X-RAY DIFFRACTION	73.0769
2.95-3.035	0.336	23	0.302	360	X-RAY DIFFRACTION	79.7917
3.035-3.129	0.34	29	0.283	379	X-RAY DIFFRACTION	84.8233
3.129-3.231	0.308	32	0.276	390	X-RAY DIFFRACTION	93.9866
3.231-3.344	0.337	11	0.254	431	X-RAY DIFFRACTION	94.6467
3.344-3.47	0.366	12	0.292	379	X-RAY DIFFRACTION	90.3002
3.47-3.612	0.268	23	0.277	354	X-RAY DIFFRACTION	91.7275
3.612-3.772	0.321	14	0.234	313	X-RAY DIFFRACTION	80.9406
3.772-3.955	0.174	12	0.229	321	X-RAY DIFFRACTION	88.8
3.955-4.169	0.327	10	0.204	336	X-RAY DIFFRACTION	93.7669
4.169-4.421	0.185	18	0.183	296	X-RAY DIFFRACTION	91.8129
4.421-4.725	0.214	11	0.196	301	X-RAY DIFFRACTION	95.7055
4.725-5.102	0.262	16	0.198	269	X-RAY DIFFRACTION	93.1373
5.102-5.587	0.358	11	0.22	252	X-RAY DIFFRACTION	91.0035
5.587-6.243	0.385	13	0.246	222	X-RAY DIFFRACTION	91.7969
6.243-7.201	0.267	8	0.248	202	X-RAY DIFFRACTION	92.1053
7.201-8.802	0.192	6	0.192	168	X-RAY DIFFRACTION	90.1554
8.802-12.373	0.188	13	0.186	131	X-RAY DIFFRACTION	91.7197
12.373-39.97	0.275	5	0.248	78	X-RAY DIFFRACTION	88.2979

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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