PDB-7yof: Crystal Structure of Triple mutant (D67E, A68P, I88L) of O-acetyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yof

タイトル

Crystal Structure of Triple mutant (D67E, A68P, I88L) of O-acetyl-L-serine sulfhydrylase from Haemophilus influenzae at 2.3 A

要素

Cysteine synthase

キーワード

TRANSFERASE / Triple mutant (D67E / A68P / I88L) / O-acetyl-L-serine sulfhydrylase / Haemophilus influenzae

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine synthase / cystathionine beta-synthase activity / cysteine synthase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Kumar, N. / Rahisuddin, R. / Saini, N. / Singh, A.K.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of I88L single mutant of O-acetyl-L-serine sulfhydrylase from Haemophilus influenzae at 2.3 A
著者: Kumar, N. / Rahisuddin, R. / Saini, N. / Singh, A.K.

履歴

登録	2022年8月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yof.cif.gz	71.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yof.ent.gz	52.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yof.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yof_validation.pdf.gz	433.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yof_full_validation.pdf.gz	436.6 KB	表示
XML形式データ	7yof_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	7yof_validation.cif.gz	17 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/7yof ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/7yof	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yogC 1y7lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Cysteine synthase

33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cysteine synthase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Dimer in solution
67.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.200, 112.200, 43.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

#1: タンパク質	Cysteine synthase / CSase / O-acetylserine (thiol)-lyase / OAS-TL / O-acetylserine sulfhydrylase / O-acetyl-L-serine sulfhydrylase 分子量: 33691.527 Da / 分子数: 1 / 変異: D67E, A68P, I88L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌) 遺伝子: cysK, HI_1103 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P45040, cysteine synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.06 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES, 1.3M sodium citrate / PH範囲: 7.3-7.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54179 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年8月27日
放射	モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→40.75 Å / Num. obs: 235300 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 19.1 % / CC_1/2: 0.847 / CC star: 0.958 / Net I/σ(I): 66.54
反射シェル	解像度: 2.3→2.382 Å / Mean I/σ(I) obs: 13.29 / Num. unique obs: 1178 / CC_1/2: 0.781 / CC star: 0.936

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1Y7L

1y7l

解像度: 2.3→40.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 6.273 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.406 / ESU R Free: 0.233
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.222	575	4.677 %
R_work	0.171	11719	-
all	0.173	-	-
obs	-	12294	99.951 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.432 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.135 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.135 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→40.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2319	0	0	38	2357

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	2355
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.481	1.634	3193
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.764	5	309
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.468	22.347	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.106	15	406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.321	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	323
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1722
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	1631
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.244	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.742	3.163	1239
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.338	4.736	1547
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.49	3.334	1115
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.151	4.834	1646
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.055	58.598	10249

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.36	0.265	45	0.22	835	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.424	0.26	35	0.205	846	X-RAY DIFFRACTION	100
2.424-2.495	0.25	35	0.192	817	X-RAY DIFFRACTION	100
2.495-2.571	0.217	49	0.204	802	X-RAY DIFFRACTION	100
2.571-2.655	0.265	44	0.18	747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.655-2.749	0.248	31	0.185	750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.749-2.852	0.177	45	0.171	699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.852-2.969	0.271	27	0.159	689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.969-3.1	0.189	27	0.165	664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.251	0.199	33	0.166	645	X-RAY DIFFRACTION	100
3.251-3.427	0.198	41	0.161	597	X-RAY DIFFRACTION	100
3.427-3.634	0.256	26	0.167	587	X-RAY DIFFRACTION	100
3.634-3.885	0.21	26	0.16	530	X-RAY DIFFRACTION	100
3.885-4.195	0.259	28	0.153	499	X-RAY DIFFRACTION	100
4.195-4.594	0.216	26	0.155	464	X-RAY DIFFRACTION	100
4.594-5.134	0.154	15	0.158	433	X-RAY DIFFRACTION	100
5.134-5.925	0.31	12	0.178	387	X-RAY DIFFRACTION	100
5.925-7.246	0.207	14	0.21	320	X-RAY DIFFRACTION	100
7.246-10.205	0.179	7	0.136	262	X-RAY DIFFRACTION	100
10.205-40.75	0.152	9	0.135	146	X-RAY DIFFRACTION	99.359

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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