PDB-7yod: Crystal structure of A68P single mutant of O-acetylserine sulfhyd...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yod

タイトル

Crystal structure of A68P single mutant of O-acetylserine sulfhydrylase from Haemophilus influenzae in complex with high-affinity inhibitory peptide from serine acetyltransferase of Salmonella typhimurium at 2.1 A

要素

Cysteine synthase
peptide from serine acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / A68P single mutant / O-acetyl-L-serine sulfhydrylase / Haemophilus influenzae / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine synthase / cystathionine beta-synthase activity / cysteine synthase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.101 Å

データ登録者

Kumar, N. / Rahisuddin, R. / Saini, N. / Singh, A.K.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of A68P single mutant of O-acetylserine sulfhydrylase from Haemophilus influenzae in complex with high-affinity inhibitory peptide from serine acetyltransferase of ...
著者: Kumar, N. / Rahisuddin, R. / Saini, N. / Singh, A.K.

履歴

登録	2022年8月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yod.cif.gz	71.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yod.ent.gz	52.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yod.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yod_validation.pdf.gz	415.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yod_full_validation.pdf.gz	417 KB	表示
XML形式データ	7yod_validation.xml.gz	8.6 KB	表示
CIF形式データ	7yod_validation.cif.gz	11.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/7yod ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/7yod	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1y7lS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Cysteine synthase

B: peptide from serine acetyltransferase

34.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cysteine synthase

B: peptide from serine acetyltransferase

A: Cysteine synthase

B: peptide from serine acetyltransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
69.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.599, 112.599, 45.822
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

#1: タンパク質	Cysteine synthase / CSase / O-acetylserine (thiol)-lyase / OAS-TL / O-acetylserine sulfhydrylase / O-acetyl-L-serine sulfhydrylase 分子量: 33677.504 Da / 分子数: 1 / 変異: A68P / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌) 遺伝子: cysK, HI_1103 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P45040, cysteine synthase
#2: タンパク質・ペプチド	peptide from serine acetyltransferase 分子量: 900.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.14 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.1M HEPES, 1.3M Sodium citrate / PH範囲: 7.3-7.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54179 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年5月26日
放射	モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.101→39.81 Å / Num. obs: 16969 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 1.1 % / B_iso Wilson estimate: 32.49 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 37.22
反射シェル	解像度: 2.101→2.176 Å / Num. unique obs: 1671 / CC_1/2: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1Y7L

1y7l

解像度: 2.101→39.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 5.578 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.208
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2553	824	4.856 %
R_work	0.222	16143	-
all	0.224	-	-
obs	-	16967	99.959 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.309 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.031 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.031 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.062 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.101→39.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2307	0	0	37	2344

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	2341
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.519	1.633	3171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.322	5	308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.146	22.784	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.131	15	403
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.543	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	322
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1713
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	1633
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.112	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.211	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.001	3.578	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.039	5.349	1544
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.714	3.874	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.174	5.648	1627
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.649	67.828	10190

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.101-2.155	0.335	41	0.218	1182	X-RAY DIFFRACTION	99.674
2.155-2.214	0.31	75	0.21	1141	X-RAY DIFFRACTION	100
2.214-2.278	0.315	63	0.206	1114	X-RAY DIFFRACTION	100
2.278-2.348	0.25	50	0.212	1107	X-RAY DIFFRACTION	100
2.348-2.425	0.31	44	0.227	1070	X-RAY DIFFRACTION	100
2.425-2.51	0.233	69	0.225	1011	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.605	0.25	56	0.221	961	X-RAY DIFFRACTION	100
2.605-2.711	0.296	44	0.219	961	X-RAY DIFFRACTION	100
2.711-2.832	0.255	43	0.228	923	X-RAY DIFFRACTION	100
2.832-2.97	0.231	37	0.243	897	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.13	0.269	52	0.245	808	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.32	0.187	48	0.218	800	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.548	0.32	37	0.212	732	X-RAY DIFFRACTION	100
3.548-3.832	0.2	26	0.223	707	X-RAY DIFFRACTION	100
3.832-4.197	0.219	36	0.223	645	X-RAY DIFFRACTION	100
4.197-4.691	0.276	29	0.203	576	X-RAY DIFFRACTION	100
4.691-5.413	0.258	29	0.22	511	X-RAY DIFFRACTION	100
5.413-6.622	0.304	19	0.248	452	X-RAY DIFFRACTION	100
6.622-9.333	0.215	16	0.215	349	X-RAY DIFFRACTION	100
9.333-39.81	0.234	10	0.232	198	X-RAY DIFFRACTION	98.5782

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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