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- PDB-7yoa: High-resolution crystal structure of the mouse alpha-defensin cry... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yoa
タイトルHigh-resolution crystal structure of the mouse alpha-defensin cryptdin 14
要素Alpha-defensin 14
キーワードANTIBIOTIC / defensin / antimicrobial peptide / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


disruption of plasma membrane integrity in another organism / innate immune response in mucosa / secretory granule / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / midbody / antibacterial humoral response / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / intracellular membrane-bounded organelle ...disruption of plasma membrane integrity in another organism / innate immune response in mucosa / secretory granule / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / midbody / antibacterial humoral response / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / intracellular membrane-bounded organelle / protein homodimerization activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Mammalian defensins signature. / Alpha-defensin, C-terminal / Mammalian defensin / Alpha-defensin propeptide / Alpha-defensin / Defensin propeptide / Beta/alpha-defensin, C-terminal / Defensin/corticostatin family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Yang, Y. / Lu, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Infect.Immun. / 年: 2023
タイトル: Mouse alpha-Defensins: Structural and Functional Analysis of the 17 Cryptdin Isoforms Identified from a Single Jejunal Crypt.
著者: Wang, Q. / Yang, Y. / Luo, G. / Zhou, Y. / Tolbert, W.D. / Pazgier, M. / Liao, C. / Lu, W.
履歴
登録2022年8月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-defensin 14
B: Alpha-defensin 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9597
ポリマ－8,4782
非ポリマー4805
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area5170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.436, 54.436, 99.457
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Alpha-defensin 14 / Defensin-related cryptdin-14


分子量: 4239.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P50712
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.19 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate;1.5 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→50 Å / Num. obs: 17321 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 35.4 % / Biso Wilson estimate: 11.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.054 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.67-1.7290.3184600.9890.0560.3230.99788.5
1.7-1.7329.70.2834730.9910.0490.2880.98792.9
1.73-1.7632.10.2694980.9930.0470.2730.98195
1.76-1.832.60.245220.9950.0420.2441.04698.1
1.8-1.8433.30.25100.9970.0340.2031.03699.4
1.84-1.8838.20.1825250.9970.0290.1841.053100
1.88-1.9338.60.165180.9980.0260.1621.012100
1.93-1.9838.30.1265290.9990.0210.1280.995100
1.98-2.0437.70.1125120.9990.0180.1130.978100
2.04-2.136.80.0995380.9990.0170.1010.963100
2.1-2.1834.20.0875370.9990.0150.0890.93899.8
2.18-2.2737.60.0785240.9990.0130.0790.968100
2.27-2.3738.40.075340.9990.0110.0710.91100
2.37-2.4937.90.065330.9990.010.060.905100
2.49-2.6537.40.0555310.9990.0090.0550.875100
2.65-2.8634.10.055500.9990.0090.0510.82999.8
2.86-3.1438.10.04454810.0070.0450.82100
3.14-3.637.20.04155010.0070.0410.866100
3.6-4.5333.50.0435780.9990.0070.0430.91799.8
4.53-5031.70.0446410.9990.0080.0450.98299.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
HKL-30007.21データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-30007.21データ削減
PHASER2.7.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GW9

2gw9


解像度: 1.67→27.22 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.34 / 位相誤差: 27.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2544 863 4.98 %RANDOM
Rwork0.2226 16458 --
obs0.2241 17321 90.55 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.31 Å2 / Biso mean: 28.7786 Å2 / Biso min: 9.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.67→27.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数538 0 25 31 594
Biso mean--46.08 31.31 -
残基数----66
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.67-1.780.30541130.27841874198762
1.78-1.910.31571090.27172581269085
1.91-2.10.29141730.24192922309597
2.11-2.410.28531440.251330243168100
2.41-3.030.22091760.23130213197100
3.04-27.220.22891480.179730363184100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9522-0.0116-0.71374.143-1.08852.42350.0146-0.51280.25030.31290.1445-0.003-0.1794-0.0798-0.140.02030.0030.04640.2785-0.06150.16138.2871-20.5802-0.798
25.7914-1.5286-1.88874.297-0.06363.38060.12090.13750.2186-0.078-0.16040.00010.0564-0.06240.0390.0034-0.01920.05360.2421-0.09020.1265-4.1999-23.64511.1442
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 3 through 35)A3 - 35
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 3 through 35)B3 - 35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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