PDB-7yo8: Crystal structure of fission yeast Hfl1 LIR fused to human GABARAPL2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yo8

タイトル

Crystal structure of fission yeast Hfl1 LIR fused to human GABARAPL2

要素

Transmembrane protein 184 homolog C30D11.06c,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 2

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Autophagy / Vacuole / Autophagosome

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of proteasomal protein catabolic process / protein localization to endoplasmic reticulum / intra-Golgi vesicle-mediated transport / vacuole organization / GABA receptor binding / phosphatidylethanolamine binding / positive regulation of ATP-dependent activity / fungal-type vacuole membrane / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.805 Å

データ登録者

Yamasaki, A. / Noda, N.N.

資金援助

日本, 4件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	18H03989	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	19H05707	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	17K18339	日本
Japan Science and Technology	JPMJCR20E3	日本

引用

ジャーナル: Autophagy / 年: 2023
タイトル: Development of new tools to study membrane-anchored mammalian Atg8 proteins.
著者: Park, S.W. / Jeon, P. / Yamasaki, A. / Lee, H.E. / Choi, H. / Mun, J.Y. / Jun, Y.W. / Park, J.H. / Lee, S.H. / Lee, S.K. / Lee, Y.K. / Song, H.K. / Lazarou, M. / Cho, D.H. / Komatsu, M. / ...

履歴

登録	2022年8月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yo8.cif.gz	90.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yo8.ent.gz	56.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yo8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/7yo8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/7yo8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yo9C 4co7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (3) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transmembrane protein 184 homolog C30D11.06c,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 2

17.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transmembrane protein 184 homolog C30D11.06c,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
34.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.850, 45.850, 152.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw

#1: タンパク質	Transmembrane protein 184 homolog C30D11.06c,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 2 / GABA(A) receptor-associated protein-like 2 / Ganglioside expression factor 2 / GEF-2 / General ...GABA(A) receptor-associated protein-like 2 / Ganglioside expression factor 2 / GEF-2 / General protein transport factor p16 / Golgi-associated ATPase enhancer of 16 kDa / GATE-16 / MAP1 light chain 3-related protein 分子量: 17252.773 Da / 分子数: 1 / 変異: F28S V29T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: SPAC30D11.06c, GABARAPL2, FLC3A, GEF2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09906, UniProt: P60520
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Transmembrane protein 184 homolog C30D11.06c,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 2 / GABA(A) receptor-associated protein-like 2 / Ganglioside expression factor 2 / GEF-2 / General ...

分子量: 17252.773 Da / 分子数: 1 / 変異: F28S V29T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母), (組換発現)

Homo sapiens (ヒト)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: SPAC30D11.06c, GABARAPL2, FLC3A, GEF2 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09906, UniProt: P60520

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 / 詳細: 8% PEG 3000, 0.1 M sodium citrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.805→43.91 Å / Num. obs: 15809 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.7 % / B_iso Wilson estimate: 26.42 Å² / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1542 / R_pim(I) all: 0.04473 / R_rim(I) all: 0.1607 / Net I/σ(I): 11

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.805-1.91	6.972	1.287	1.52	4612	0.597	1.389	99
1.91-2.05	7.23	0.72	3.14	4322	0.855	0.776	100
2.05-2.21	7.123	0.404	5.16	4029	0.943	0.436	100
2.21-2.42	6.884	0.255	7.19	3742	0.963	0.276	100
2.42-2.7	6.303	0.181	9.13	3369	0.975	0.197	100
2.7-3.12	7.111	0.14	12.27	2949	0.988	0.152	100
3.12-3.82	7.471	0.116	16.24	2522	0.99	0.125	100
3.82-5.38	7.384	0.098	18.7	1923	0.995	0.106	100
5.38-43.91	7.277	0.087	19.02	1077	0.995	0.093	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX	1.19.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4CO7

4co7

解像度: 1.805→43.91 Å / SU ML: 0.174 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.6936
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2054	791	5 %
R_work	0.1771	15016	-
obs	0.1785	15807	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.805→43.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1120	0	0	149	1269

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0061	1162
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7738	1570
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0572	173
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0065	203
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.4306	439

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.805-1.92	0.297	128	0.2507	2429	X-RAY DIFFRACTION	99.49
1.92-2.07	0.2324	128	0.1981	2431	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.27	0.2229	129	0.1745	2461	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.6	0.1987	131	0.179	2481	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-3.28	0.2116	133	0.1849	2534	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-43.91	0.1841	142	0.1608	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.91525314148	4.60029431669	4.22025824682	5.4977689791	4.96927999969	4.54575539845	-1.2662708921	0.312858554507	0.47050446355	-0.185530805513	0.163681759474	-0.0456949150077	-0.0233239802788	0.460797896999	1.20797066911	0.949633482802	-0.0211575432625	0.0340951394828	0.771913819282	-0.101410807615	0.669003649444	40.0367904235	3.35940592219	-13.5805305779
2	4.9997808128	-0.0826800511865	-3.23378370103	3.18382609672	-0.849164606514	8.17267161378	-0.228835301007	-0.584989515574	-0.874054821875	0.260083485081	-0.277703364872	0.0725573407645	1.36060677759	0.275134135935	0.228617215543	0.565077201583	0.0174133393611	0.117257728562	0.233876629184	-0.00747867850561	0.36406254597	27.6761072271	-2.36071665551	-11.0099264222
3	2.66195285327	0.881593156998	-4.32813056443	0.808864039947	-1.76949340926	7.23508119017	-0.0759041476452	1.0391848279	-0.274051886357	-1.05195059637	0.594036883122	0.114641252829	-0.255658526434	-1.03486455667	0.0343989976727	0.575142975794	-0.0897225962515	-0.0380652044173	0.45589217155	-0.0182716550588	0.326481706805	16.322201545	-2.45127648909	-0.613541733104
4	4.33887689595	0.87893911566	-1.92989563655	4.30041057572	-0.235282461229	5.66397985142	0.187702165675	-0.130618553899	0.821397365946	0.159051662258	-0.00206070305939	0.425712132431	-0.471842178678	-0.139767211082	-0.00209869439493	0.209890065797	0.0128900425022	-0.0190763713428	0.198739140157	-0.0444163236508	0.242902460481	13.7835752805	-4.14649676617	18.3480961324
5	2.04108296242	-0.918262037982	-0.444514953256	2.98896147175	1.31899160434	4.12972192377	-0.0139854326104	0.152456853769	0.111387677608	-0.341207979899	-0.0485945348202	0.117863859019	0.0209752616533	-0.215567589742	0.128848030488	0.169313249288	-0.0211489195286	-0.004925916612	0.171997062296	-0.0120299141726	0.215588416575	9.99331684898	-13.8793484179	5.44589947668
6	1.7831974133	-0.326794644811	-0.0304726677969	3.02532380112	1.35292344339	4.25666940167	-0.0567957474906	0.0448399316456	-0.188499246895	0.0332262886252	-0.169385544857	0.408630988506	0.161698412786	-0.251850200253	0.242168134805	0.173686373919	-0.0189871141343	0.0433469882764	0.227298012025	-0.0517764961135	0.257274794683	5.45544467011	-20.8706697251	8.56981683158
7	2.2761301458	-0.203922296106	0.374004824495	3.04698079597	1.03065337376	3.99843605689	-0.104650409973	0.0377630949411	-0.116990349034	-0.0275701258079	0.0892112116361	0.125006938656	0.0390027088799	0.0333084683481	0.0811301815317	0.165562208488	0.0166141368363	0.0434768165644	0.162590415686	-0.0134085418671	0.211299353029	13.4928018781	-25.1179534918	3.55044483545
8	4.70492623757	-0.0391409889526	-1.6086389077	5.82781040702	-0.727917565136	3.60341926804	-0.16263188046	-0.658983072371	0.0975763919931	0.585565276762	-0.0436083448327	-0.317691926582	0.14085229307	0.411367075405	0.167567613521	0.28689692942	0.0145800769058	0.00699296414553	0.311999639484	0.00965465540234	0.260418679346	16.6139330187	-20.5460320178	17.6107666218
9	2.09246140501	-0.676843009618	-1.47768585826	2.74810618322	0.534929304496	3.9835742914	0.0778077067237	0.202998531558	-0.0235998434097	-0.10243562886	-0.246396701756	0.0992146056119	0.362935900193	-0.364364188109	0.114052621194	0.114301668661	0.0284370182657	-0.0109334122559	0.142942301086	0.0200715598462	0.145900194089	16.8013591089	-18.2116999561	0.948396483161

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 7 )	1 - 7	1 - 7
2	2	chain 'A' and (resid 8 through 17 )	8 - 17	8 - 17
3	3	chain 'A' and (resid 18 through 35 )	18 - 35	18 - 31
4	4	chain 'A' and (resid 36 through 49 )	36 - 49	32 - 45
5	5	chain 'A' and (resid 50 through 72 )	50 - 72	46 - 68
6	6	chain 'A' and (resid 73 through 93 )	73 - 93	69 - 89
7	7	chain 'A' and (resid 94 through 115 )	94 - 115	90 - 111
8	8	chain 'A' and (resid 116 through 123 )	116 - 123	112 - 119
9	9	chain 'A' and (resid 124 through 144 )	124 - 144	120 - 140

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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