PDB-7ynx: Crystal structure of Pirh2 bound to poly-Ala peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ynx

タイトル

Crystal structure of Pirh2 bound to poly-Ala peptide

要素

RING finger and CHY zinc finger domain-containing protein 1

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / E3 LIGASE / LIGASE

機能・相同性

機能・相同性情報

error-free translesion synthesis / ubiquitin ligase complex / protein autoubiquitination / positive regulation of protein ubiquitination / rescue of stalled ribosome / Translesion Synthesis by POLH / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin protein ligase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Dong, C. / Yan, X. / Li, Y.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31900865	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32071193	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81874039	中国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Recognition of an Ala-rich C-degron by the E3 ligase Pirh2.
著者: Wang, X. / Li, Y. / Yan, X. / Yang, Q. / Zhang, B. / Zhang, Y. / Yuan, X. / Jiang, C. / Chen, D. / Liu, Q. / Liu, T. / Mi, W. / Yu, Y. / Dong, C.

履歴

登録	2022年8月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月17日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / entity Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.details
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ynx.cif.gz	94.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ynx.ent.gz	70.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ynx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ynx_validation.pdf.gz	5.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ynx_full_validation.pdf.gz	5.7 MB	表示
XML形式データ	7ynx_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	7ynx_validation.cif.gz	24.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/7ynx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/7ynx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RING finger and CHY zinc finger domain-containing protein 1

B: RING finger and CHY zinc finger domain-containing protein 1

ヘテロ分子

47.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RING finger and CHY zinc finger domain-containing protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: RING finger and CHY zinc finger domain-containing protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.470, 80.270, 84.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	RING finger and CHY zinc finger domain-containing protein 1 / Androgen receptor N-terminal-interacting protein / CH-rich-interacting match with PLAG1 / E3 ...Androgen receptor N-terminal-interacting protein / CH-rich-interacting match with PLAG1 / E3 ubiquitin-protein ligase Pirh2 / RING finger protein 199 / RING-type E3 ubiquitin transferase RCHY1 / Zinc finger protein 363 / p53-induced RING-H2 protein / hPirh2 分子量: 22918.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: the last 6 residues mimic poly-ala degron / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RCHY1, ARNIP, CHIMP, PIRH2, RNF199, ZNF363 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96PM5, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.35 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES pH7.5, 0.1 M NaCl, 1.6 M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 1.28277 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.28277 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→37.52 Å / Num. obs: 21662 / % possible obs: 81.14 % / 冗長度: 12.7 % / R_merge(I) obs: 0.2467 / Net I/σ(I): 8.62
反射シェル	解像度: 2.3→2.382 Å / R_merge(I) obs: 1.328 / Num. unique obs: 2119

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→37.52 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2636	1787	9.1 %
R_work	0.2157	17847	-
obs	0.2201	19634	90.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 97.71 Å² / B_iso mean: 32.4996 Å² / B_iso min: 13.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→37.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2966	0	53	155	3174
B_iso mean	-	-	55.06	35.1	-
残基数	-	-	-	-	376

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.36	0.3339	109	0.259	1198	1307	81
2.36-2.43	0.348	127	0.2568	1233	1360	82
2.43-2.51	0.3026	114	0.2611	1279	1393	86
2.51-2.6	0.3329	131	0.2396	1255	1386	85
2.6-2.7	0.2837	134	0.2449	1277	1411	86
2.7-2.83	0.3095	137	0.2414	1333	1470	90
2.83-2.98	0.2823	133	0.2297	1365	1498	90
2.98-3.16	0.282	145	0.2208	1419	1564	94
3.16-3.41	0.2984	146	0.2116	1420	1566	95
3.41-3.75	0.2578	147	0.1985	1463	1610	97
3.75-4.29	0.2129	142	0.1793	1499	1641	97
4.29-5.4	0.2155	154	0.1938	1522	1676	98
5.4-37.52	0.236	168	0.2226	1584	1752	97

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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