+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ymb | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of Alcohol dehydrogenase from Candida glabrata(CgADH)complexed with NADPH | ||||||
![]() | NADPH-dependent methylglyoxal reductase GRE2 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ketoreducatse | ||||||
機能・相同性 | 3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase / 3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family / 3-beta-hydroxy-delta5-steroid dehydrogenase (NAD+) activity / steroid biosynthetic process / NAD(P)-binding domain superfamily / Chem-NDP / NADPH-dependent methylglyoxal reductase GRE2![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sun, Z.W. / Liu, Y.F. / Xu, G.C. / Ni, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: rational desigen of CgADH from Candida glabrata for stereocomplementary reduction of azacyclone. 著者: Sun, Z.W. / Ni, Y. / Xu, G.C. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 89.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 64.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 805.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 807.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5b6kS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39062.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-NDP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.75 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M sodium acetate pH 4.6, 30% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 150 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月29日 / 詳細: multilayer |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.739→24.59 Å / Num. obs: 32695 / % possible obs: 95.05 % / 冗長度: 2.93 % / Rsym value: 0.156 / Net I/av σ(I): 66.672 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.89 Å / Rmerge(I) obs: 0.289 / Num. unique obs: 1678 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5B6K 解像度: 1.8→24.59 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.95 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 58.8 Å2 / Biso mean: 21.0281 Å2 / Biso min: 6.45 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→24.59 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
|