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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ym7 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the Salmonella effector SseK1 F187A mutant | |||||||||
![]() | Type III secretion system effector arginine glycosyltransferase SseK1 | |||||||||
![]() | TOXIN / salmonella / effector / arginine glycosylation | |||||||||
機能・相同性 | transferase activity / Type III secretion system effector arginine glycosyltransferase SseK1![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kim, U.J. / Park, J.B. / Yoo, Y. / Cho, H.S. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the Salmonella effector SseK1 著者: Kim, U.J. / Park, J.B. / Yoo, Y. / Cho, H.S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 127.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 99.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 439.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 452 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7ym5C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35107.641 Da / 分子数: 2 / 変異: F187A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: G3V45_004211, G4O83_004375, G4X61_004300 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.98 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Ammonium Sulfate 0.1 M MES:NaOH pH 6.5 30% (w/v) PEG 5000 MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→46.09 Å / Num. obs: 34504 / % possible obs: 98.73 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 49.68 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06397 / Rpim(I) all: 0.03048 / Rrim(I) all: 0.07112 / Net I/σ(I): 15.03 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.265 / Mean I/σ(I) obs: 1.33 / Num. unique obs: 3381 / CC1/2: 0.819 / CC star: 0.949 / Rpim(I) all: 0.577 / Rrim(I) all: 0.07112 / % possible all: 97.77 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 62.17 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.09 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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