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- PDB-7ym5: Crystal structure of the Salmonella effector SseK1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ym5
タイトルCrystal structure of the Salmonella effector SseK1
要素Type III secretion system effector arginine glycosyltransferase SseK1
キーワードTOXIN / salmonella / effector / arginine glycosylation
機能・相同性transferase activity / : / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Type III secretion system effector arginine glycosyltransferase SseK1
機能・相同性情報
生物種Salmonella enterica (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Kim, U.J. / Park, J.B. / Yoo, Y. / Cho, H.S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Catalytic DxD motif caged in Asx-turn and Met-aromatic interaction attenuates the pathogenic glycosylation of SseK2/NleB2 effectors.
著者: Koh, E. / Kim, U. / Cho, H.S.
履歴
登録2022年7月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2023年8月2日ID: 6AGU
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type III secretion system effector arginine glycosyltransferase SseK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8793
ポリマ－35,4201
非ポリマー4592
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area880 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area14730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.995, 115.995, 101.042
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Space group name HallP622(x,y,z+1/3)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+2/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+1/3

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要素

#1: タンパク質 Type III secretion system effector arginine glycosyltransferase SseK1


分子量: 35420.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌)
遺伝子: G9F52_004249 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A741VJQ1
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.74 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Bis-Tris propane-HCl pH 7.0 1.0M ammonium citrate tribasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→44.98 Å / Num. obs: 5663 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 28 % / Biso Wilson estimate: 112.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1506 / Rpim(I) all: 0.02896 / Rrim(I) all: 0.1534 / Net I/σ(I): 23.08
反射 シェル解像度: 3.45→3.573 Å / Rmerge(I) obs: 1.212 / Mean I/σ(I) obs: 4.26 / Num. unique obs: 553 / CC1/2: 0.963 / CC star: 0.991 / Rpim(I) all: 0.2205 / Rrim(I) all: 1.232

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACv1.0精密化
iMOSFLMデータ削減
pointlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.45→44.98 Å / SU ML: 0.6022 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 36.3045
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2898 567 10 %
Rwork0.2831 9018 -
obs0.2838 5653 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 113.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.45→44.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2466 0 26 1 2493
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01152548
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.70563439
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.116360
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064445
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1883937
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.45-3.630.39291440.37871302X-RAY DIFFRACTION99.86
3.63-3.860.41381430.33561284X-RAY DIFFRACTION99.86
3.86-4.160.32481450.29241284X-RAY DIFFRACTION99.86
4.16-4.570.29461440.27321271X-RAY DIFFRACTION99.58
4.58-5.230.24631430.28891284X-RAY DIFFRACTION99.86
5.24-6.590.32471420.32961292X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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