PDB-7ylz: Unliganded form of hydroxyamidotransferase TsnB9

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ylz

タイトル

Unliganded form of hydroxyamidotransferase TsnB9

要素

hydroxyamidotransferase

キーワード

LIGASE / trichostatin A / biosynthesis / TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / asparagine biosynthetic process / glutamine metabolic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces sp. RM72 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.72 Å

データ登録者

Nagata, R. / Nishiyama, M. / Kuzuyama, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Substrate Recognition Mechanism of a Trichostatin A-Forming Hydroxyamidotransferase.
著者: Nagata, R. / Nishiyama, M. / Kuzuyama, T.

履歴

登録	2022年7月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ylz.cif.gz	396.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ylz.ent.gz	313.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ylz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ylz_validation.pdf.gz	453 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ylz_full_validation.pdf.gz	456.7 KB	表示
XML形式データ	7ylz_validation.xml.gz	38.1 KB	表示
CIF形式データ	7ylz_validation.cif.gz	52.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/7ylz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/7ylz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: hydroxyamidotransferase

B: hydroxyamidotransferase

ヘテロ分子

142 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: hydroxyamidotransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
70.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: hydroxyamidotransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
71.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.680, 76.570, 82.140
Angle α, β, γ (deg.)	101.153, 114.435, 109.556
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	hydroxyamidotransferase / Hydroxyamidotransferase TsnB9 分子量: 70418.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. RM72 (バクテリア) 遺伝子: tsnB9 / 発現宿主: Streptomyces albus (バクテリア) / 株 (発現宿主): G153 / 参照: UniProt: A0A1Y1BFV3
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% (w/v) PEG 8,000, 0.2 M ammonium sulfate, and 0.1 M sodium cacodylate trihydrate (pH 6.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.72→50 Å / Num. obs: 64632 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.986 / R_sym value: 0.099 / Net I/σ(I): 6.42
反射シェル	解像度: 2.72→2.79 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / Num. unique obs: 5006 / CC_1/2: 0.702 / R_sym value: 0.615

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold model

解像度: 2.72→33.611 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.881 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.851 / SU B: 41.766 / SU ML: 0.388 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.431 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2937	1691	5.016 %
R_work	0.2661	32019	-
all	0.268	-	-
obs	-	33710	96.207 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.863 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.407 Å²	0.538 Å²	-1.021 Å²
2-	-	3.152 Å²	0.37 Å²
3-	-	-	-1.944 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.72→33.611 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8691	0	50	46	8787

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	8939
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	7895
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.187	1.641	12166
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.086	1.575	18054
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.091	5	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.749	20.606	462
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.758	15	1273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.594	15	73
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.032	0.2	1162
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	10296
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2138
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.16	0.2	1694
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.157	0.2	7388
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.146	0.2	4203
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	4159
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.109	0.2	211
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.004	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.097	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.146	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.204	1.91	4601
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.204	1.91	4600
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.389	2.862	5739
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.389	2.862	5740
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.066	1.849	4338
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.063	1.831	4297
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.166	2.788	6427
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.165	2.762	6367
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	1.363	21.942	9563
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	1.363	21.941	9563

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.72-2.79	0.427	113	0.392	2405	X-RAY DIFFRACTION	97.6726
2.79-2.867	0.407	114	0.374	2340	X-RAY DIFFRACTION	98.16
2.867-2.95	0.33	102	0.338	2328	X-RAY DIFFRACTION	97.7474
2.95-3.04	0.345	107	0.306	2227	X-RAY DIFFRACTION	98.0672
3.04-3.14	0.339	101	0.292	2165	X-RAY DIFFRACTION	98.1377
3.14-3.25	0.295	102	0.257	2066	X-RAY DIFFRACTION	97.8339
3.25-3.372	0.291	116	0.282	2016	X-RAY DIFFRACTION	98.4757
3.372-3.509	0.411	86	0.328	1790	X-RAY DIFFRACTION	91.0238
3.509-3.665	0.39	72	0.307	1699	X-RAY DIFFRACTION	88.7275
3.665-3.843	0.266	92	0.274	1586	X-RAY DIFFRACTION	88.4089
3.843-4.051	0.255	105	0.252	1525	X-RAY DIFFRACTION	89.4131
4.051-4.295	0.232	101	0.214	1578	X-RAY DIFFRACTION	97.5029
4.295-4.591	0.237	109	0.191	1463	X-RAY DIFFRACTION	97.9439
4.591-4.957	0.238	79	0.206	1383	X-RAY DIFFRACTION	98.9175
4.957-5.427	0.284	64	0.242	1321	X-RAY DIFFRACTION	99.141
5.427-6.063	0.339	55	0.264	1177	X-RAY DIFFRACTION	99.1948
6.063-6.992	0.295	51	0.265	1048	X-RAY DIFFRACTION	99.1877
6.992-8.541	0.248	54	0.206	876	X-RAY DIFFRACTION	99.359
8.541-11.988	0.251	45	0.189	668	X-RAY DIFFRACTION	98.8904
11.988-33.611	0.27	23	0.276	358	X-RAY DIFFRACTION	92.9268

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6842	-0.1258	0.1733	0.0738	0.0296	0.5997	-0.0553	-0.1589	0.0464	-0.0089	0.0073	-0.0259	-0.0774	0.0493	0.048	0.0546	0.0593	0.0265	0.3087	-0.1382	0.2665	0.2139	-1.4964	-0.5372
2	0.6294	-0.1986	0.1226	0.3667	-0.312	0.5347	-0.0069	0.1436	0.0568	-0.0719	0.0103	-0.0079	-0.0041	0.0329	-0.0034	0.0938	0.0708	0.0187	0.3291	-0.1014	0.239	23.3201	-30.1345	28.8201
3	0.9165	-1.3704	0.8208	3.5798	-0.4263	1.2342	0.0515	0.0875	-0.0945	0.1399	0.0034	0.1977	0.1722	-0.0217	-0.0549	0.0646	-0.0043	0.0555	0.417	-0.0846	0.2386	1.8989	-42.2987	24.0935
4	0.1488	-0.1876	-0.4747	1.0021	-0.1862	2.3948	-0.0305	0.0908	-0.0027	0.0588	0.03	0.128	0.105	-0.3796	0.0006	0.0119	0.0103	0.0178	0.4281	-0.0696	0.2962	4.0419	-38.8858	37.7618
5	0.5495	0.2776	-0.3903	3.7616	0.9548	1.118	0.0118	-0.0925	0.1409	0.0038	0.1553	-0.3628	0.0634	-0.2277	-0.1671	0.0434	-0.0184	-0.0021	0.3421	-0.1302	0.2053	12.4978	-38.6818	51.5058
6	0.7337	-0.3708	0.1179	0.6861	0.1631	0.3019	0.0127	0.0435	-0.0583	0.0805	0.0256	0.0746	0.134	-0.1994	-0.0383	0.1599	-0.0371	-0.0069	0.4403	-0.0905	0.2671	6.3596	-44.7259	36.1136

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	2 - 611
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	2 - 279
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	B	280 - 361
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	B	362 - 415
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	B	416 - 468
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	B	469 - 611

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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