+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ylz | |||||||||
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Title | Unliganded form of hydroxyamidotransferase TsnB9 | |||||||||
Components | hydroxyamidotransferase | |||||||||
Keywords | LIGASE / trichostatin A / biosynthesis / TRANSFERASE | |||||||||
Function / homology | Function and homology information asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / asparagine biosynthetic process / glutamine metabolic process / ATP binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Streptomyces sp. RM72 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.72 Å | |||||||||
Authors | Nagata, R. / Nishiyama, M. / Kuzuyama, T. | |||||||||
Funding support | Japan, 2items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2023 Title: Substrate Recognition Mechanism of a Trichostatin A-Forming Hydroxyamidotransferase. Authors: Nagata, R. / Nishiyama, M. / Kuzuyama, T. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ylz.cif.gz | 396.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7ylz.ent.gz | 313.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ylz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7ylz_validation.pdf.gz | 453 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7ylz_full_validation.pdf.gz | 456.7 KB | Display | |
Data in XML | 7ylz_validation.xml.gz | 38.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7ylz_validation.cif.gz | 52.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/7ylz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/7ylz | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 70418.469 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces sp. RM72 (bacteria) / Gene: tsnB9 / Production host: Streptomyces albus (bacteria) / Strain (production host): G153 / References: UniProt: A0A1Y1BFV3 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 30% (w/v) PEG 8,000, 0.2 M ammonium sulfate, and 0.1 M sodium cacodylate trihydrate (pH 6.5) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: AR-NE3A / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 4, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.72→50 Å / Num. obs: 64632 / % possible obs: 91.8 % / Redundancy: 1.9 % / CC1/2: 0.986 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 6.42 |
Reflection shell | Resolution: 2.72→2.79 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / Num. unique obs: 5006 / CC1/2: 0.702 / Rsym value: 0.615 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: AlphaFold model Resolution: 2.72→33.611 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.881 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.851 / SU B: 41.766 / SU ML: 0.388 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.431 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.863 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.72→33.611 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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