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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yls | ||||||
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タイトル | Structure of a bacteria protein complex | ||||||
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![]() | METAL BINDING PROTEIN / a bacteria protein complex / FLAVOPROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3-phenylpropionate catabolic process / dioxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / iron ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, H. / Ma, Y.J. / Yu, G.M. / Li, X.Z. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of a bacteria protein complex 著者: Zhang, H. / Ma, Y.J. / Yu, G.M. / Li, X.Z. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 432 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 296.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 18952.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Vapar_1494 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 49656.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Vapar_1493 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 5種, 478分子 ![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-FES / | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 化合物 | ChemComp-FE / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.4 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: liquid diffusion 詳細: 2-Methyl-2,4-pentanediol, Sodium cacodylate trihydrate, Magnesium acetate tetrahydrate, 1,3-Propanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→135.61 Å / Num. obs: 77237 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 26.8 % / Biso Wilson estimate: 25.23 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.93 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.864 Å / Num. unique obs: 7635 / CC1/2: 0.888 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Alphafold2 解像度: 1.8→37.61 Å / SU ML: 0.1186 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.4141 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.88 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 46.086138973 Å / Origin y: 15.9230939606 Å / Origin z: 44.9212675198 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |