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- PDB-7yls: Structure of a bacteria protein complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yls
タイトルStructure of a bacteria protein complex
要素
  • Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit
  • Rieske (2Fe-2S) domain protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / a bacteria protein complex / FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


3-phenylpropionate catabolic process / dioxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Ring hydroxylating beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain ...Ring hydroxylating beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / NTF2-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Rieske (2Fe-2S) domain protein / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Variovorax paradoxus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zhang, H. / Ma, Y.J. / Yu, G.M. / Li, X.Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other government 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a bacteria protein complex
著者: Zhang, H. / Ma, Y.J. / Yu, G.M. / Li, X.Z.
履歴
登録2022年7月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit
B: Rieske (2Fe-2S) domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1108
ポリマ－68,6092
非ポリマー5016
水8,503472
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area25630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.613, 135.613, 135.613
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number195
Space group name H-MP23
Space group name HallP223
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y,-z,x
#5: z,-x,-y
#6: -y,z,-x
#7: -z,-x,y
#8: -z,x,-y
#9: y,-z,-x
#10: x,-y,-z
#11: -x,y,-z
#12: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-348-

HOH

21A-440-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit


分子量: 18952.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Variovorax paradoxus (バクテリア)
遺伝子: Vapar_1494 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C5CSP7
#2: タンパク質 Rieske (2Fe-2S) domain protein


分子量: 49656.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Variovorax paradoxus (バクテリア)
遺伝子: Vapar_1493 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C5CSP6

-
非ポリマー , 5種, 478分子

#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.4 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: liquid diffusion
詳細: 2-Methyl-2,4-pentanediol, Sodium cacodylate trihydrate, Magnesium acetate tetrahydrate, 1,3-Propanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→135.61 Å / Num. obs: 77237 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 26.8 % / Biso Wilson estimate: 25.23 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.93
反射 シェル解像度: 1.8→1.864 Å / Num. unique obs: 7635 / CC1/2: 0.888

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHENIX1.20_4459位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alphafold2

解像度: 1.8→37.61 Å / SU ML: 0.1186 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.4141
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1681 3815 4.94 %
Rwork0.1518 73400 -
obs0.1526 77215 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4784 0 23 472 5279
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01294929
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23346674
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0668696
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0161882
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.5066663
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.820.25871300.20132710X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.840.20321390.18722715X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.870.17611450.17972654X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.90.18891510.18152693X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.920.2238940.17892752X-RAY DIFFRACTION100
1.92-1.950.18391360.16462711X-RAY DIFFRACTION100
1.95-1.990.19241200.16332703X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.020.19951420.15652697X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.060.16681650.14292688X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.10.14611240.14582714X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.140.17281490.14932665X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.190.18791600.14872694X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.240.15851440.15222712X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.290.19741320.1492705X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.360.17471300.15072709X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.420.17351250.15792757X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.50.16571390.14942685X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.590.19791440.15252729X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.70.17451300.15222710X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.820.18071500.14842711X-RAY DIFFRACTION100
2.82-2.970.15331730.152708X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.150.14451510.14882727X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.40.15991620.13952687X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.740.17291530.13722730X-RAY DIFFRACTION100
3.74-4.280.13631560.13092757X-RAY DIFFRACTION100
4.28-5.390.16641310.1392788X-RAY DIFFRACTION99.97
5.39-37.610.17471400.19172889X-RAY DIFFRACTION99.77
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 46.086138973 Å / Origin y: 15.9230939606 Å / Origin z: 44.9212675198 Å
111213212223313233
T0.258814801143 Å20.0743285130377 Å20.0697040021739 Å2-0.16422143571 Å20.0605533343903 Å2--0.22688011976 Å2
L0.673583199732 °2-0.29496997878 °20.0637760961938 °2-0.46615527527 °2-0.149982404152 °2--0.665330753527 °2
S-0.0355572563343 Å °-0.0552778191666 Å °-0.134034718807 Å °0.00687117822263 Å °0.011584318272 Å °0.00848774778571 Å °0.168568255121 Å °0.032273159051 Å °0.00844175972927 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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