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- PDB-7ylo: Conversion of indole-3-acetic acid into indole-3-aldehyde in bact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ylo
タイトルConversion of indole-3-acetic acid into indole-3-aldehyde in bacteria Metabolic network of tryptophan around the indole-3-aldehyde formation
要素Dyp-type peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / peroxidase / LyP / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Dyp-type peroxidase, C-terminal / Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Limosilactobacillus fermentum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Cheng, J. / Luo, Y. / Zhu, J. / Tan, R. / Wang, N. / Lebedev, A.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Molecular Insights into the One-Carbon Loss Oxidation of Indole-3-acetic Acid
著者: Cheng, J. / Wang, N. / Yu, L. / Luo, Y. / Liu, A.K. / Tang, S. / Xu, J.Y. / Wang, Y.S. / Zhu, J. / Lebedev, A. / Tian, C.L. / Tan, R.X.
履歴
登録2022年7月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dyp-type peroxidase
B: Dyp-type peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8374
ポリマ－72,6042
非ポリマー1,2332
水4,179232
1
A: Dyp-type peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9192
ポリマ－36,3021
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dyp-type peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9192
ポリマ－36,3021
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)135.179, 135.179, 83.979
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 3 - 313 / Label seq-ID: 3 - 313

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Global NCS restraints between domains: 1 2)
NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-1, -2.0E-5, -1.9E-5), (-2.0E-5, 1, -6.3E-5), (1.9E-5, -6.3E-5, -1)135.179565, 0.00376, 62.98473

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要素

#1: タンパク質 Dyp-type peroxidase / Iron-dependent peroxidase / Peroxidase


分子量: 36302.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Limosilactobacillus fermentum (バクテリア)
遺伝子: BUW47_03110, C1Y38_03730, DBX48_02645, GC247_08580, GDZ34_00450, GJA14_02385, LACFE_CDS1279
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0G9GI91
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.98 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.0 M lithium sulfate, 0.1 M sodium citrate (pH 5.6) and 0.5 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→67.59 Å / Num. obs: 36030 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 17.6 % / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.168 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 1.83→1.87 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 2.304 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 687 / CC1/2: 0.372 / Rpim(I) all: 0.655 / Rrim(I) all: 2.41 / Χ2: 0.77 / % possible all: 58.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0350精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.83→67.589 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.215 / WRfactor Rwork: 0.184 / SU B: 2.794 / SU ML: 0.078 / Average fsc free: 0 / Average fsc work: 0 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.31 / ESU R Free: 0.225
詳細: Hydrogens have been added in their riding positions. The model represents an ordered domain of a partially disordered crystal. Reflections L=2N+1 were severely affected by crystal disorder ...詳細: Hydrogens have been added in their riding positions. The model represents an ordered domain of a partially disordered crystal. Reflections L=2N+1 were severely affected by crystal disorder and could not be measured. Reflections L=2N were not affected by crystal disorder and were used for structure solution and refinement. Scaling and merging was done in point group 6 2 2, c=42.0A. Refinement was conducted against 50% complete P 3 2 1 data set, c=84A, see associated manuscript for details.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2376 1800 4.996 %
Rwork0.2018 34230 -
all0.204 --
obs-36030 46.201 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 22.268 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.458 Å20.229 Å20 Å2
2--0.458 Å2-0 Å2
3----1.486 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→67.589 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4984 0 86 232 5302
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0125202
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0164462
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5031.6797094
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5691.57610396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6255620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg11.5131032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.35610782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.99410280
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2742
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026066
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021080
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.2990
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.170.24156
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.22518
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0740.22522
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2201
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1920.215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1710.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2030.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8642.2622486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8632.2622486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6813.3833104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6813.3833105
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3722.552716
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3672.5492714
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6533.7353990
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6483.7353990
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.81128.5285748
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.79528.5145742
Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight positional; tight thermal / Rms dev Biso : 0.10112 Å2 / Rms dev position: 0.00437 Å / Weight Biso : 0.5 / Weight position: 0.05

Dom-ID
1
2
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection all% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.83-1.8780.411740.31615870.32568929.19670.3
1.878-1.9290.4511120.4217690.421555933.8370.415
1.929-1.9850.3061290.26420420.266544539.87140.239
1.985-2.0460.2991090.22424290.227525548.29690.196
2.046-2.1130.3011310.23223730.236513048.81090.196
2.113-2.1870.2621240.18623000.19492349.23830.159
2.187-2.270.3731110.31722130.32479548.46720.297
2.27-2.3620.2871200.24721580.249458249.71630.206
2.362-2.4670.2681100.17520980.179442749.87580.152
2.467-2.5870.305750.16420070.168421049.45370.142
2.587-2.7270.2171210.1718870.173404049.7030.148
2.727-2.8920.188750.17218390.172383249.94780.156
2.892-3.0920.212800.20216930.202356549.73350.188
3.092-3.3390.238850.20815860.21335449.82110.2
3.339-3.6560.217700.18114780.182312149.59950.177
3.656-4.0860.167810.16913350.169279350.69820.173
4.086-4.7160.141630.13411810.135248450.08050.142
4.716-5.7690.221650.1739880.176212049.66980.182
5.769-8.1290.23500.2017850.203166550.15020.208
8.129-67.5890.168150.2094820.20799350.05040.222

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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