PDB-7ylo: Conversion of indole-3-acetic acid into indole-3-aldehyde in bact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ylo

タイトル

Conversion of indole-3-acetic acid into indole-3-aldehyde in bacteria Metabolic network of tryptophan around the indole-3-aldehyde formation

要素

Dyp-type peroxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / peroxidase / LyP / BIOSYNTHETIC PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Limosilactobacillus fermentum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Cheng, J. / Luo, Y. / Zhu, J. / Tan, R. / Wang, N. / Lebedev, A.A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Molecular Insights into the One-Carbon Loss Oxidation of Indole-3-acetic Acid
著者: Cheng, J. / Wang, N. / Yu, L. / Luo, Y. / Liu, A.K. / Tang, S. / Xu, J.Y. / Wang, Y.S. / Zhu, J. / Lebedev, A. / Tian, C.L. / Tan, R.X.

履歴

登録	2022年7月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2025年1月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ylo.cif.gz	147.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ylo.ent.gz	111.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ylo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/7ylo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/7ylo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dyp-type peroxidase

B: Dyp-type peroxidase

ヘテロ分子

73.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dyp-type peroxidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dyp-type peroxidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.179, 135.179, 83.979
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 3 - 313 / Label seq-ID: 3 - 313

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Global NCS restraints between domains: 1 2)
NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-1, -2.0E-5, -1.9E-5), (-2.0E-5, 1, -6.3E-5), (1.9E-5, -6.3E-5, -1)	135.179565, 0.00376, 62.98473

#1: タンパク質	Dyp-type peroxidase / Iron-dependent peroxidase / Peroxidase 分子量: 36302.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Limosilactobacillus fermentum (バクテリア) 遺伝子: BUW47_03110, C1Y38_03730, DBX48_02645, GC247_08580, GDZ34_00450, GJA14_02385, LACFE_CDS1279 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0G9GI91
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.98 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.0 M lithium sulfate, 0.1 M sodium citrate (pH 5.6) and 0.5 M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→67.59 Å / Num. obs: 36030 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 17.6 % / CC_1/2: 0.98 / R_merge(I) obs: 0.163 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.168 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 1.83→1.87 Å / 冗長度: 12.3 % / R_merge(I) obs: 2.304 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 687 / CC_1/2: 0.372 / R_pim(I) all: 0.655 / R_rim(I) all: 2.41 / Χ²: 0.77 / % possible all: 58.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0350	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 1.83→67.589 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / WR_factor R_free: 0.215 / WR_factor R_work: 0.184 / SU B: 2.794 / SU ML: 0.078 / Average fsc free: 0 / Average fsc work: 0 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.31 / ESU R Free: 0.225
詳細: Hydrogens have been added in their riding positions. The model represents an ordered domain of a partially disordered crystal. Reflections L=2N+1 were severely affected by crystal disorder ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2376	1800	4.996 %
R_work	0.2018	34230	-
all	0.204	-	-
obs	-	36030	46.201 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.268 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.458 Å²	0.229 Å²	0 Å²
2-	-	0.458 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.486 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→67.589 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4984	0	86	232	5302

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	5202
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	4462
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.503	1.679	7094
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.569	1.576	10396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.625	5	620
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.513	10	32
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.356	10	782
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.994	10	280
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	742
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6066
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	990
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.17	0.2	4156
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	2518
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	2522
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.192	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.171	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.864	2.262	2486
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.863	2.262	2486
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.681	3.383	3104
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.681	3.383	3105
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.372	2.55	2716
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.367	2.549	2714
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.653	3.735	3990
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.648	3.735	3990
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.811	28.528	5748
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.795	28.514	5742

Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight positional; tight thermal / Rms dev B_iso : 0.10112 Å² / Rms dev position: 0.00437 Å / Weight B_iso : 0.5 / Weight position: 0.05

Dom-ID
1
2

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.83-1.878	0.411	74	0.316	1587	0.32	5689	29.1967	0.3
1.878-1.929	0.451	112	0.42	1769	0.421	5559	33.837	0.415
1.929-1.985	0.306	129	0.264	2042	0.266	5445	39.8714	0.239
1.985-2.046	0.299	109	0.224	2429	0.227	5255	48.2969	0.196
2.046-2.113	0.301	131	0.232	2373	0.236	5130	48.8109	0.196
2.113-2.187	0.262	124	0.186	2300	0.19	4923	49.2383	0.159
2.187-2.27	0.373	111	0.317	2213	0.32	4795	48.4672	0.297
2.27-2.362	0.287	120	0.247	2158	0.249	4582	49.7163	0.206
2.362-2.467	0.268	110	0.175	2098	0.179	4427	49.8758	0.152
2.467-2.587	0.305	75	0.164	2007	0.168	4210	49.4537	0.142
2.587-2.727	0.217	121	0.17	1887	0.173	4040	49.703	0.148
2.727-2.892	0.188	75	0.172	1839	0.172	3832	49.9478	0.156
2.892-3.092	0.212	80	0.202	1693	0.202	3565	49.7335	0.188
3.092-3.339	0.238	85	0.208	1586	0.21	3354	49.8211	0.2
3.339-3.656	0.217	70	0.181	1478	0.182	3121	49.5995	0.177
3.656-4.086	0.167	81	0.169	1335	0.169	2793	50.6982	0.173
4.086-4.716	0.141	63	0.134	1181	0.135	2484	50.0805	0.142
4.716-5.769	0.221	65	0.173	988	0.176	2120	49.6698	0.182
5.769-8.129	0.23	50	0.201	785	0.203	1665	50.1502	0.208
8.129-67.589	0.168	15	0.209	482	0.207	993	50.0504	0.222

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関連情報:EMDBヘッダ

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