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万見
- PDB-7yll: Crystal structure of TTEDbh -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yll
タイトルCrystal structure of TTEDbh
要素DNA polymerase IV
キーワードTRANSFERASE / polymerase of DinB subfamily / translesion synthesis / DNA binding protein / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


SOS response / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA polymerase IV
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.60000921196 Å
データ登録者Yan, X. / Tian, L. / Gao, H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Structure and function of extreme TLS DNA polymerase TTEDbh from Thermoanaerobacter tengcongensis.
著者: Tian, L.F. / Gao, H. / Yang, S. / Liu, Y.P. / Li, M. / Xu, W. / Yan, X.X.
履歴
登録2022年7月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1083
ポリマ－43,9881
非ポリマー1192
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area360 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area17420 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)105.196, 105.196, 74.211
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Space group name HallP4n2n
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-532-

HOH

21A-646-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase IV / Pol IV


分子量: 43988.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter tengcongensis (strain DSM 15242 / JCM 11007 / NBRC 100824 / MB4) (バクテリア)
株: DSM 15242 / JCM 11007 / NBRC 100824 / MB4 / 遺伝子: dinB, TTE0254 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P58965, DNA-directed DNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 500 mM NaCl, 5 mM Mg3(PO4)2, 18% [w/v] PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→14.88 Å / Num. obs: 22314 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 46.7017201672 Å2 / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 133.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.77 Å / Num. unique obs: 2185 / CC1/2: 0.998

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12-2829_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RDI

2rdi


解像度: 2.60000921196→14.8769609907 Å / SU ML: 0.310977302148 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33649243903 / 位相誤差: 26.6724387516
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265306133501 662 5.00832198517 %
Rwork0.229796337959 12556 -
obs0.231538208837 13218 99.9395130803 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.012083344 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.60000921196→14.8769609907 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2589 0 6 162 2757
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008206622205972637
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.396558012973561
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0807025188084415
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00867601648747447
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.91034268611003
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.601-2.79950.357084946061460.2693100402722447X-RAY DIFFRACTION100
2.7995-3.0790.3736144207831220.2831768551542465X-RAY DIFFRACTION99.9613601236
3.079-3.51940.3129363807181220.2507999489682493X-RAY DIFFRACTION99.9617737003
3.5194-4.41480.2217089795151270.210841131172518X-RAY DIFFRACTION99.9622071051
4.4148-14.87690.2214883373791450.208236566562633X-RAY DIFFRACTION99.820337765

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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