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- PDB-7ylf: Crystal structure of the chicken Toll-like receptor 15 TIR domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ylf
タイトルCrystal structure of the chicken Toll-like receptor 15 TIR domain (2-mercaptoethanol adduct)
要素Toll-like receptor 15Toll様受容体
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / innate immune receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Toll様受容体 / transmembrane signaling receptor activity / 炎症 / 自然免疫系 / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Toll様受容体 / TIR domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / ロイシンリッチリピート / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat, typical subtype ...Toll様受容体 / TIR domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / ロイシンリッチリピート / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Toll-like receptor 15
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ko, K.Y. / Song, W.S. / Yoon, S.I.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2019R1A2C1002100 韓国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2023
タイトル: Structural analysis of the Toll-like receptor 15 TIR domain.
著者: Ko, K.Y. / Song, W.S. / Park, J. / Lee, G.S. / Yoon, S.I.
履歴
登録2022年7月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1935
ポリマ－20,8131
非ポリマー3804
水84747
1
A: Toll-like receptor 15
ヘテロ分子

A: Toll-like receptor 15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,38610
ポリマ－41,6262
非ポリマー7618
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-2/31
Buried area3690 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area14370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.299, 64.299, 95.782
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1044-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Toll-like receptor 15 / Toll様受容体


分子量: 20812.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TLR15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E5L3Q3
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.21 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Ammonium sulfate, NaCl, sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2021年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 18382 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 31.66 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 32.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 902 / CC1/2: 0.778 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7NUW

7nuw


解像度: 1.9→27.84 Å / SU ML: 0.1859 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.867
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2325 838 4.57 %
Rwork0.2013 17499 -
obs0.2029 18337 98.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1172 0 21 47 1240
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00691247
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81561695
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054177
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054207
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3234730
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-2.020.26691410.252865X-RAY DIFFRACTION98.59
2.02-2.180.24181110.21752891X-RAY DIFFRACTION98.82
2.18-2.390.25961380.21992900X-RAY DIFFRACTION98.86
2.39-2.740.28351220.22582910X-RAY DIFFRACTION98.99
2.74-3.450.23611680.21842904X-RAY DIFFRACTION98.91
3.45-27.840.20831580.17373029X-RAY DIFFRACTION97.73
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.11971841714-0.368580652341-0.3965821325124.09687446264-0.359139691343.55141417325-0.169694665459-0.2072339260140.06131856848570.3723962939120.2207319422190.295472854894-0.144818010373-0.500644941494-0.04361821370130.2482700239020.0777078570020.03454833917750.2816907342820.02663172889060.21744864495324.8691133697-0.206477860326-18.0042321262
24.52377454625.69410893343-0.9406178011068.015518179770.8579343513895.459765887120.226721305435-0.618825699906-0.2046956252040.527886389796-0.108211565113-0.2172324406070.294541189791-0.0320194515467-0.1270568478710.2935835021240.008083559307160.0001240306365270.2645178039770.06458799999530.23247097061430.3840990055-3.02111061656-29.9237567635
33.98355261695-1.963101724050.3864092283945.20576467711.873963107726.41119726210.08609039017080.394985063397-0.2064318777630.3434239495330.0959715317829-0.2004284922310.8269853003310.311379201421-0.1061783766050.4187152995550.113568440274-0.08955358240030.3055167169920.02935495052230.29298985069733.0542005404-14.0255057225-24.5833751273
46.00674998172-1.381286221570.3690295446743.96415752186-0.4718916456577.20619380637-0.196761925863-0.332851809153-0.3829764510810.3149082613840.3540611440090.2846317588560.701818546503-0.879075436098-0.1191460143840.373069135761-0.007057491010790.01171411401270.3143041253370.1363303625620.28179603210628.4241410805-14.767711766-9.9963716064
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 704 through 774 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 775 through 787 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 788 through 821 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 822 through 850 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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