PDB-7yl9: Cryo-EM structure of complete transmembrane channel E289A mutant ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yl9

タイトル

Cryo-EM structure of complete transmembrane channel E289A mutant Vibrio cholerae Cytolysin

要素

Hemolysin

キーワード

TOXIN / Vibrio cholerae Cytolysin (VCC) / Pore forming toxin (PFT) / cryo-EM / membrane / transmembrane channel / mutant PFT

機能・相同性

機能・相同性情報

cytolysis in another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å

データ登録者

Mondal, A.K. / Sengupta, N. / Singh, M. / Biswas, R. / Lata, K. / Lahiri, I. / Dutta, S. / Chattopadhyay, K.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem.
タイトル: Cryo-EM structure of complete transmembrane channel E289A mutant Vibrio cholerae Cytolysin
著者: Mondal, A.K. / Sengupta, N. / Singh, M. / Biswas, R. / Lata, K. / Lahiri, I. / Dutta, S. / Chattopadhyay, K.

履歴

登録	2022年7月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yl9.cif.gz	679 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yl9.ent.gz	565.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yl9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yl9_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yl9_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7yl9_validation.xml.gz	131.4 KB	表示
CIF形式データ	7yl9_validation.cif.gz	193.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/7yl9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/7yl9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	33215M M: このデータのモデリングに利用したマップデータ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (3) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (4) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (4)

登録構造単位

H: Hemolysin

I: Hemolysin

J: Hemolysin

K: Hemolysin

L: Hemolysin

M: Hemolysin

N: Hemolysin

460 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

#1: タンパク質	Hemolysin / Cytolysin 分子量: 65717.258 Da / 分子数: 7 / 変異: E289A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) 遺伝子: hlyA_3, hlyA_2, D6U24_17690, ERS013199_02025, ERS013202_03387 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H6SZL4
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Liposome embedded form of complete transmembrane channel VCC with E289A mutation タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 7500 nm
撮影	電子線照射量: 40 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
7	UCSF Chimera	モデルフィッティング
8	Coot	モデルフィッティング
14	PHENIX	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 42124 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: OTHER / 空間: REAL

原子モデル構築

PDB-ID: 3O44

3o44

Accession code: 3O44 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)