+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ykn | ||||||
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Title | Crystal structure of (6-4) photolyase from Vibrio cholerae | ||||||
Components | Cryptochrome/photolyase family protein | ||||||
Keywords | LYASE / Photolyase / DNA repair / DMRL / [4Fe-4S] cluster / FAD | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Vibrio cholerae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Cakilkaya, B. / Kavakli, I.H. / DeMirci, H. | ||||||
Funding support | Turkey, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2023 Title: The crystal structure of Vibrio cholerae (6-4) photolyase reveals interactions with cofactors and a DNA-binding region. Authors: Cakilkaya, B. / Kavakli, I.H. / DeMirci, H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ykn.cif.gz | 238 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7ykn.ent.gz | 185.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ykn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7ykn_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7ykn_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | 7ykn_validation.xml.gz | 26.2 KB | Display | |
Data in CIF | 7ykn_validation.cif.gz | 39.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/7ykn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/7ykn | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4djaS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 61669.031 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio cholerae (bacteria) Gene: D6U24_03430, ERS013165_01011, ERS013186_03677, ERS013198_00016, ERS013199_00375, ERS013202_01140, ERS013207_00426 Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A2V4NVF4 |
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-Non-polymers , 6 types, 563 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-DLZ / | #4: Chemical | ChemComp-FAD / | #5: Chemical | ChemComp-IMD / | #6: Chemical | ChemComp-SF4 / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.77 Å3/Da / Density % sol: 67.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: microbatch Details: 5%(v/v) PEG400, 2 M ammonium citrate/citric acid pH 7.5, 1 M sodium sulfate decahydrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU PhotonJet-R / Wavelength: 1.54 Å |
Detector | Type: RIGAKU HyPix-3000 / Detector: PIXEL / Date: Mar 10, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→24.62 Å / Num. obs: 32043 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 60.4 % / Biso Wilson estimate: 15.97 Å2 / CC1/2: 0.955 / CC star: 0.988 / Rmerge(I) obs: 1.382 / Rpim(I) all: 0.1776 / Rrim(I) all: 1.394 / Net I/σ(I): 5.61 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.58 Å / Rmerge(I) obs: 3.765 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3130 / CC1/2: 0.546 / CC star: 0.84 / Rpim(I) all: 0.4855 / Rrim(I) all: 3.796 / % possible all: 99.97 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4dja Resolution: 2.5→24.62 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.02 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 106.6 Å2 / Biso mean: 22.4624 Å2 / Biso min: 8.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.5→24.62 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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