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- PDB-7ykn: Crystal structure of (6-4) photolyase from Vibrio cholerae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ykn
タイトルCrystal structure of (6-4) photolyase from Vibrio cholerae
要素Cryptochrome/photolyase family protein
キーワードLYASE / Photolyase / DNA repair / DMRL / [4Fe-4S] cluster / FAD
機能・相同性
機能・相同性情報


4 iron, 4 sulfur cluster binding / lyase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photolyase PhrB-like / : / Deoxyribodipyrimidine photo-lyase-related protein / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DLZ / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / IMIDAZOLE / IRON/SULFUR CLUSTER / Cryptochrome/photolyase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Cakilkaya, B. / Kavakli, I.H. / DeMirci, H.
資金援助 トルコ, 1件
組織認可番号国
Other government118C270 トルコ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: The crystal structure of Vibrio cholerae (6-4) photolyase reveals interactions with cofactors and a DNA-binding region.
著者: Cakilkaya, B. / Kavakli, I.H. / DeMirci, H.
履歴
登録2022年7月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cryptochrome/photolyase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3867
ポリマ－61,6691
非ポリマー1,7176
水10,034557
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)200.751, 200.751, 77.023
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cryptochrome/photolyase family protein / DNA photolyase / (6-4) photolyase


分子量: 61669.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌)
遺伝子: D6U24_03430, ERS013165_01011, ERS013186_03677, ERS013198_00016, ERS013199_00375, ERS013202_01140, ERS013207_00426
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2V4NVF4

-
非ポリマー , 6種, 563分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-DLZ / 1-deoxy-1-(6,7-dimethyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropteridin-8(2H)-yl)-D-ribitol / 6,7-dimethyl-8-(1'-D-ribityl) lumazine / 6,7-ジメチル-8-リビチルルマジン


分子量: 326.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H18N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 557 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 5%(v/v) PEG400, 2 M ammonium citrate/citric acid pH 7.5, 1 M sodium sulfate decahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-3000 / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→24.62 Å / Num. obs: 32043 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 60.4 % / Biso Wilson estimate: 15.97 Å2 / CC1/2: 0.955 / CC star: 0.988 / Rmerge(I) obs: 1.382 / Rpim(I) all: 0.1776 / Rrim(I) all: 1.394 / Net I/σ(I): 5.61
反射 シェル解像度: 2.5→2.58 Å / Rmerge(I) obs: 3.765 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3130 / CC1/2: 0.546 / CC star: 0.84 / Rpim(I) all: 0.4855 / Rrim(I) all: 3.796 / % possible all: 99.97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
CrysalisProデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4dja

4dja


解像度: 2.5→24.62 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2832 1068 3.34 %
Rwork0.2254 30902 -
obs0.2274 31970 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 106.6 Å2 / Biso mean: 22.4624 Å2 / Biso min: 8.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→24.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4120 0 101 557 4778
Biso mean--17.61 24.49 -
残基数----507
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.610.35051320.288737793911100
2.61-2.750.37251320.276838343966100
2.75-2.920.27951310.245437853916100
2.92-3.150.2961320.22738233955100
3.15-3.460.28641330.229338583991100
3.46-3.960.39211310.25943810394199
3.96-4.990.17961350.161739104045100
4.99-24.620.20751420.182641034245100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.42351.0558-0.46732.20290.20740.7126-0.0543-0.0641-0.15020.05730.0237-0.1815-0.43810.19040.05890.2095-0.10520.00780.1209-0.00140.1644-58.574340.7956-1.8303
20.78020.1475-0.02490.75980.09580.6288-0.04530.09960.1865-0.19060.124-0.0393-0.28150.2987-0.05190.1911-0.08460.0190.1651-0.00990.1923-58.594542.3785-5.0368
31.940.36090.83934.9897-1.88651.2104-0.21560.3847-0.2898-0.53270.1877-0.34540.31390.3074-0.00050.2319-0.01360.08440.1469-0.05870.2493-62.462614.7188-15.8401
41.0310.621-0.07820.7851-0.1140.7306-0.1227-0.1135-0.1341-0.14960.07730.42510.01740.10750.03340.1071-0.011-0.05080.0390.00450.1709-78.095620.20610.4475
51.07470.6419-0.34330.3649-0.1440.9068-0.02320.0620.0855-0.0672-0.02630.22020.01230.01930.0090.1157-0.0234-0.02010.0619-0.01490.1602-80.719326.72433.1789
61.1947-0.1370.20880.4572-0.04740.5948-0.06950.04050.0322-0.08850.0444-0.0153-0.0193-0.07160.02660.1554-0.0349-0.00970.0542-0.00840.1292-76.739523.7404-8.1268
72.94690.87730.12291.52120.14971.11050.00410.1608-0.1425-0.1734-0.00380.0111-0.0763-0.127-0.00250.13260.0087-0.02690.11260.01130.0922-86.11224.6351-15.7801
83.08620.90450.54853.33011.03445.4656-0.28170.6986-0.1287-0.31840.20510.01160.09510.15610.05970.2121-0.0448-0.03950.3386-0.01550.0976-96.238619.2665-28.4323
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 45 )A2 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 46 through 135 )A46 - 135
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 136 through 162 )A136 - 162
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 163 through 215 )A163 - 215
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 216 through 266 )A216 - 266
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 267 through 368 )A267 - 368
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 369 through 461 )A369 - 461
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 462 through 516 )A462 - 516

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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