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- PDB-7yke: Crystal structure of chondroitin ABC lyase I in complex with chon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yke
タイトルCrystal structure of chondroitin ABC lyase I in complex with chondroitin disaccharide 4,6-sulfate
要素Chondroitin sulfate ABC endolyase
キーワードLYASE / Complex / Polysaccharide lyase family 8 / Carbohydrate-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


chondroitin-sulfate-ABC endolyase / chondroitin-sulfate-ABC endolyase activity / glycosaminoglycan catabolic process / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / periplasmic space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lyase, N-terminal / Lyase, catalytic / Chondroitin sulfate ABC endolyase / Chondroitin sulfate ABC lyase / Lyase, N terminal / Lyase, catalytic / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal beta-sandwich domain / Polysaccharide lyase family 8, central domain / Polysaccharide lyase family 8, super-sandwich domain ...Lyase, N-terminal / Lyase, catalytic / Chondroitin sulfate ABC endolyase / Chondroitin sulfate ABC lyase / Lyase, N terminal / Lyase, catalytic / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal / Polysaccharide lyase family 8, C-terminal beta-sandwich domain / Polysaccharide lyase family 8, central domain / Polysaccharide lyase family 8, super-sandwich domain / Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal / Chondroitin AC/alginate lyase / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chondroitin sulfate ABC endolyase
類似検索 - 構成要素
生物種Proteus vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Takashima, M. / Watanabe, I. / Miyanaga, A. / Eguchi, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Biochemical and crystallographic assessments of the effect of 4,6-O-disulfated disaccharide moieties in chondroitin sulfate E on chondroitinase ABC I activity.
著者: Watanabe, I. / Miyanaga, A. / Hoshi, H. / Suzuki, K. / Eguchi, T.
履歴
登録2022年7月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年5月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chondroitin sulfate ABC endolyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,3204
ポリマ－115,2161
非ポリマー1,1033
水13,349741
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area460 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area36300 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)49.069, 94.497, 229.356
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Chondroitin sulfate ABC endolyase / Chondroitin ABC endoeliminase / Chondroitin ABC lyase I / Chondroitin sulfate ABC lyase I / ChS ABC ...Chondroitin ABC endoeliminase / Chondroitin ABC lyase I / Chondroitin sulfate ABC lyase I / ChS ABC lyase I / Chondroitinase ABC I / cABC I / Endochondroitinase ABC


分子量: 115216.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Proteus vulgaris (バクテリア) / 参照: UniProt: P59807, chondroitin-sulfate-ABC endolyase
#2: 多糖 4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-4,6-di-O-sulfo-beta-D- ...4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-4,6-di-O-sulfo-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 539.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O_4*OSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a21eEA-1a_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GalpNAc4SO36SO3]{[(3+1)][b-D-4-deoxy-GlcpA]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 741 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: magnesium acetate, ammonium acetate, polyethylene glycol 3350, HEPES-Na

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月19日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 87996 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.88→1.91 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.886 / Num. unique obs: 4419 / CC1/2: 0.736 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7EIS

7eis


解像度: 1.88→49.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 6.421 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2127 4380 5 %RANDOM
Rwork0.1692 ---
obs0.1714 83515 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.23 Å2 / Biso mean: 27.84 Å2 / Biso min: 12.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20 Å20 Å2
2--1.14 Å20 Å2
3----1.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.88→49.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7720 0 69 741 8530
Biso mean--40.29 32.71 -
残基数----966
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0137979
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177156
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9281.65110828
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4741.58316689
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5815961
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.61223.667409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.727151352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8731533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.21043
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.028850
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021639
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.929 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 323 -
Rwork0.247 6092 -
all-6415 -
obs--99.98 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.728 Å / Origin y: -25.274 Å / Origin z: 31.92 Å
111213212223313233
T0.0364 Å20.0021 Å20.0099 Å2-0.009 Å2-0.0037 Å2--0.0246 Å2
L0.0347 °20.039 °20.0358 °2-0.0563 °20.0438 °2--0.2582 °2
S-0.007 Å °-0.0098 Å °0.009 Å °-0.0126 Å °-0.0091 Å °-0.0061 Å °0.0746 Å °-0.0155 Å °0.0161 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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