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- PDB-7yk4: ox40-antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yk4
タイトルox40-antibody
要素
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4
  • antibody-H
  • antibody-L
キーワードANTITUMOR PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / ox40 and antibody complex / ANTITUMOR PROTEIN / ANTITUMOR PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tumor necrosis factor receptor activity / TNFs bind their physiological receptors / positive regulation of immunoglobulin production / T cell proliferation / positive regulation of B cell proliferation / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / virus receptor activity / inflammatory response / immune response / external side of plasma membrane ...tumor necrosis factor receptor activity / TNFs bind their physiological receptors / positive regulation of immunoglobulin production / T cell proliferation / positive regulation of B cell proliferation / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / virus receptor activity / inflammatory response / immune response / external side of plasma membrane / negative regulation of DNA-templated transcription / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 4 / Tumour necrosis factor receptor 4, N-terminal / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Putative ephrin-receptor like
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Zhou, A.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81870309 中国
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2022
タイトル: Structural Basis of a Novel Agonistic Anti-OX40 Antibody.
著者: Zhang, J. / Jiang, X. / Gao, H. / Zhang, F. / Zhang, X. / Zhou, A. / Xu, T. / Cai, H.
履歴
登録2022年7月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: antibody-H
L: antibody-L
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4
I: antibody-H
M: antibody-L
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,8237
ポリマ－132,6026
非ポリマー2211
水181
1
H: antibody-H
L: antibody-L
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5224
ポリマ－66,3013
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5440 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area22810 Å2
手法PISA
2
I: antibody-H
M: antibody-L
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3013
ポリマ－66,3013
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area21690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.769, 124.769, 194.902
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: 抗体 antibody-H


分子量: 25742.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 antibody-L


分子量: 23531.135 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4 / ACT35 antigen / OX40L receptor / TAX transcriptionally-activated glycoprotein 1 receptor / ox40


分子量: 17027.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF4, TXGP1L / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P43489
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M potassium sodium tartrate, 14% PEG 3350, 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9979 Å
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→48.73 Å / Num. obs: 40452 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 87.76 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.797 Å / Rmerge(I) obs: 0.992 / Num. unique obs: 40392

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
REFMAC1.16_3549精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→48.73 Å / SU ML: 0.4542 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 36.868
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2985 2056 5.09 %RANDOM
Rwork0.2331 38331 --
obs0.2363 40387 94.03 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 114.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7403 0 14 1 7418
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00747587
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.087210344
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0741184
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00511330
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.32772752
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.760.48641080.4722047X-RAY DIFFRACTION76.26
2.76-2.830.47011130.41912267X-RAY DIFFRACTION84.97
2.83-2.910.40771270.39142309X-RAY DIFFRACTION86.54
2.91-2.990.43921210.36842389X-RAY DIFFRACTION89.42
2.99-3.090.41031360.3382396X-RAY DIFFRACTION90.07
3.09-3.20.33791250.29932509X-RAY DIFFRACTION92.71
3.2-3.330.35741390.27512561X-RAY DIFFRACTION95.54
3.33-3.480.3441310.24662629X-RAY DIFFRACTION97.18
3.48-3.660.30541360.24122664X-RAY DIFFRACTION98.66
3.66-3.890.32481360.24412691X-RAY DIFFRACTION99.05
3.89-4.190.30221590.21592689X-RAY DIFFRACTION99.51
4.19-4.620.23771670.18182701X-RAY DIFFRACTION99.65
4.62-5.280.26631660.18162732X-RAY DIFFRACTION99.97
5.28-6.650.27861610.20962775X-RAY DIFFRACTION99.93
6.65-48.730.2811310.23222972X-RAY DIFFRACTION99.71
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -33.0256194596 Å / Origin y: -31.3828561399 Å / Origin z: -47.0764267477 Å
111213212223313233
T0.832788950321 Å20.0653710383007 Å2-0.0986763467683 Å2-0.732775936904 Å2-0.0606404506531 Å2--0.793200211671 Å2
L0.930267774419 °20.340854291247 °20.689371030774 °2-1.04075420171 °20.971855608908 °2--1.97978238436 °2
S-0.0330839045023 Å °-0.243534025684 Å °0.187152885013 Å °-0.401121381924 Å °-0.27803263149 Å °0.205810074766 Å °-0.572396169095 Å °-0.366207826612 Å °0.193990147378 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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