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- PDB-7yk3: Crystal structure of DarTG toxin-antitoxin complex from Mycobacte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yk3
タイトルCrystal structure of DarTG toxin-antitoxin complex from Mycobacterium tuberculosis
要素
  • DNA ADP-ribosyl glycohydrolase
  • DNA ADP-ribosyl transferase
キーワードTOXIN / DarT-DarG complex / Toxin-Antitoxin complex / Mycobacterium tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-ribosyl-[dinitrogen reductase] hydrolase activity / purine nucleoside metabolic process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / DNA damage response / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
ssDNA thymidine ADP-ribosyltransferase, DarT / ssDNA thymidine ADP-ribosyltransferase, DarT / DNA ADP-ribosyl transferase (DarT) domain profile. / : / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA ADP-ribosyl transferase / DNA ADP-ribosyl glycohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Deep, A. / Kaur, J. / Singh, L. / Thakur, K.G.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR) インド
Department of Science & Technology (DST, India)EMR/2016/003728 インド
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structural insights into DarT toxin neutralization by cognate DarG antitoxin: ssDNA mimicry by DarG C-terminal domain keeps the DarT toxin inhibited.
著者: Deep, A. / Singh, L. / Kaur, J. / Velusamy, M. / Bhardwaj, P. / Singh, R. / Thakur, K.G.
履歴
登録2022年7月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / refine
Item: _refine.pdbx_starting_model
改定 1.32023年11月15日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.42024年12月18日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details / Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA ADP-ribosyl transferase
B: DNA ADP-ribosyl glycohydrolase
C: DNA ADP-ribosyl transferase
D: DNA ADP-ribosyl glycohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5526
ポリマ－95,3624
非ポリマー1902
水5,927329
1
A: DNA ADP-ribosyl transferase
B: DNA ADP-ribosyl glycohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7763
ポリマ－47,6812
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area17490 Å2
手法PISA
2
C: DNA ADP-ribosyl transferase
D: DNA ADP-ribosyl glycohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7763
ポリマ－47,6812
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area17410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.530, 54.550, 93.090
Angle α, β, γ (deg.)105.03, 93.10, 102.69
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 DNA ADP-ribosyl transferase / DarT / Toxin DarT / DarT domain-containing protein


分子量: 26844.420 Da / 分子数: 2 / 変異: E183A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: darT, Rv0059 / プラスミド: pET DuetN-Rv0059 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta(DE3)
参照: UniProt: O53604, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: タンパク質 DNA ADP-ribosyl glycohydrolase / DarG / Antitoxin DarG / Macro domain-containing protein


分子量: 20836.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: darG, Rv0060 / プラスミド: pETDuetN-Rv0060 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: O53605, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 16.49 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M NaHEPES, 20% w/v PEG 10000 / PH範囲: 6.5 - 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月21日 / 詳細: LN2 closed loop cooling
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→34.48 Å / Num. obs: 34943 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.135 / Χ2: 0.55 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 103813
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.649 / Num. measured all: 9078 / Num. unique obs: 3045 / CC1/2: 0.606 / Rpim(I) all: 0.455 / Rrim(I) all: 0.798 / Χ2: 0.52 / Net I/σ(I) obs: 2.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
AimlessCCP4i 7.0.053データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7OMY for DarT and RoseTTAFold predicted model for DarG

7omy


解像度: 2.2→34.48 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 27.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2499 1726 4.95 %
Rwork0.1788 --
obs0.1823 34901 92.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→34.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6361 0 10 329 6700
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086522
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98874
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.779916
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052977
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091150
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.260.37011470.32672739X-RAY DIFFRACTION90
2.26-2.340.29021230.24542673X-RAY DIFFRACTION89
2.34-2.420.2941210.20542598X-RAY DIFFRACTION86
2.42-2.520.3061440.20322804X-RAY DIFFRACTION93
2.52-2.630.30311550.20452774X-RAY DIFFRACTION93
2.63-2.770.28321470.20242817X-RAY DIFFRACTION94
2.77-2.950.23751670.18982819X-RAY DIFFRACTION95
2.95-3.170.25891340.18062614X-RAY DIFFRACTION87
3.17-3.490.25131490.1672808X-RAY DIFFRACTION95
3.49-40.22841460.15262927X-RAY DIFFRACTION96
4-5.030.20711500.14482828X-RAY DIFFRACTION94
5.03-34.480.20771430.15492774X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.95561.01910.400710.02335.47368.4966-0.12330.48260.0514-0.9384-0.070.3096-0.3713-0.30060.16280.2074-0.0258-0.04530.18490.0840.189323.244546.135210.8242
25.57874.3202-3.1182.5696-2.88524.89830.1443-0.52570.71820.6731-0.05560.0157-0.55820.0408-0.05210.2810.0042-0.09950.2935-0.06070.351527.269243.372728.6061
32.10540.04070.15465.4801-2.1312.769-0.08970.04830.1206-0.03880.12090.3889-0.0662-0.1361-0.03840.1765-0.0434-0.03630.1462-0.05610.232422.3342.163219.4149
46.42032.2954-0.36376.63350.88653.5721-0.29250.76780.1784-0.51270.07440.42790.116-0.36030.18630.2286-0.0078-0.04410.1858-0.00430.190817.280332.746114.2789
54.8578-4.40841.10589.4756-1.50147.17240.02370.21110.68-0.67260.17250.0352-0.6956-0.414-0.18010.4119-0.0066-0.02920.22950.05190.463120.187556.677811.4077
65.51264.8724-4.1734.241-6.09899.25290.0927-0.43270.27320.3153-0.13740.0141-0.4234-0.01690.01990.22810.03610.01550.1731-0.07330.28275.831429.779741.0467
74.3757.1393-3.87022.0623-6.02564.6629-0.2120.4077-0.1086-0.42170.44020.01670.072-0.4821-0.18650.22920.0182-0.0070.2458-0.05520.31066.807135.1328.8418
88.6734-1.6712-0.56417.03570.69620.4332-0.1766-0.52960.01720.31690.1097-0.36020.34580.1032-0.07540.21750.0319-0.00810.1883-0.03380.09276.825519.969236.2626
94.74521.0718-0.10863.66593.79042.1482-0.1004-0.3044-0.54250.5002-0.22540.23021.5339-0.50550.27290.2925-0.0031-0.00090.1903-0.00990.27774.381613.969435.1835
102.1035-3.1508-6.9722.12787.88752.1351-0.36740.9034-0.53350.2662-0.4051.72990.5146-1.52670.68940.3352-0.06540.03140.4704-0.02810.4134-5.62620.037538.4385
114.9705-0.9914-3.63496.2969-2.98884.9475-0.26140.5209-0.7552-0.8719-0.41931.67090.0286-1.49740.62480.25470.0454-0.0680.5178-0.09210.5767-6.584726.559232.979
123.50810.66353.29911.3996-1.94587.5471-0.0153-0.60580.51470.72650.010.2222-0.8045-0.7837-0.01250.49320.05920.07610.3705-0.12330.24610.232831.821351.582
137.61541.0096-5.35861.6104-2.8117.26540.402-1.00290.21570.4851-0.2868-0.0747-0.71031.3442-0.03650.2976-0.0084-0.01460.2419-0.05410.16913.822225.283342.3582
143.236-0.2297-0.05099.645-2.69913.396-0.072-0.2616-0.24470.45020.21660.75430.43050.2554-0.04140.30290.04930.01870.1866-0.04710.152913.447516.355930.2439
152.15251.3711-1.50155.1036-3.56514.7099-0.35870.0196-0.3828-0.24480.0547-0.39620.82430.25360.31360.34460.02220.07890.2207-0.08970.267516.456612.877922.242
165.1156-1.4711-1.40666.7488-1.62042.12390.02520.0715-0.56290.2893-0.1028-0.73510.36761.6648-0.0110.23650.0965-0.03630.2505-0.08390.403422.91118.553629.5024
174.33130.26870.48968.41033.4837.2208-0.33370.55650.5151-0.6059-0.20690.0225-0.86180.32720.50410.3705-0.1365-0.16240.42140.16470.331614.163654.691752.4247
186.16960.97592.31260.23340.11921.4552-0.3714-0.90840.86261.9747-0.0737-1.3064-2.11650.19640.27070.7196-0.2587-0.39210.51840.0860.933315.536462.500668.2645
1910.2767-3.2377-6.63795.03131.76624.8517-0.1905-0.93780.4124-0.01960.1911-0.4562-0.18030.82250.040.2524-0.0625-0.12610.4180.05060.29919.759248.43471.7292
203.6579-4.0030.68125.73811.76645.0876-0.1040.10290.36290.1443-0.1338-0.0437-0.22930.15880.21420.2341-0.1015-0.0490.23170.07430.312812.15555.08660.3896
216.1972.8285-0.19366.8443-0.29955.8547-0.12420.47070.2094-0.3364-0.01140.03910.34380.07870.12930.21630.01820.00720.20.00470.14969.998941.610959.4449
227.5349-5.11133.91167.9009-3.53626.2224-0.4661-0.06660.8868-1.0765-0.4418-0.8518-0.57651.00310.78010.4773-0.1904-0.19490.61540.34450.732618.356761.411953.1441
239.90382.6881-0.15565.37384.29767.5730.69250.31510.51430.8374-1.2433-1.0693-1.6869-0.07590.49770.9737-0.1652-0.33560.36690.24180.6697.892271.251852.6154
245.87170.1601-2.1494.3419-0.43765.21760.179-0.9718-0.0924-0.0045-0.0789-0.41290.9123-0.0901-0.22430.7629-0.1266-0.33280.67740.17320.606910.932464.600648.4908
253.65544.4066-4.34628.4782-5.66957.5109-0.18580.15930.09060.03520.25870.1142-0.2805-0.5855-0.01920.16720.0294-0.07150.3956-0.11230.2876-3.000743.885780.8181
265.15-3.597-1.3145.7751.29724.0676-0.3083-0.0692-0.56590.260.08970.76480.6007-0.81710.21060.3144-0.1396-0.00770.44750.01480.2771-8.221632.00581.6211
273.9075-2.18052.08842.7844-3.03545.8937-0.13150.24140.10310.2313-0.18480.44680.1114-1.22330.33850.28080.00130.03450.5088-0.1340.3622-11.080842.542585.0813
281.9386-2.2619-2.74792.56531.45737.2179-0.2406-0.2053-0.06060.31960.1616-0.25990.88940.30340.1090.328-0.0158-0.04760.27430.0030.16135.541829.258575.9739
299.7619-0.5371-0.40064.8048-2.45699.2125-0.2016-0.7953-0.03820.36220.1654-0.70190.03040.81240.26830.270.0324-0.03280.2827-0.00140.220613.535129.852974.3254
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 21 through 56 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 57 through 95 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 96 through 162 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 163 through 201 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 202 through 243 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 0 through 21 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 22 through 31 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 32 through 45 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 46 through 62 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 63 through 72 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 73 through 96 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 97 through 112 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 113 through 132 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 133 through 148 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 149 through 173 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 174 through 187 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 21 through 56 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 57 through 73 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 74 through 95 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 96 through 147 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 148 through 201 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 202 through 213 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 214 through 227 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 228 through 241 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 0 through 31 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 32 through 82 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 83 through 112 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 113 through 173 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 174 through 187 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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